Modifications du microbiome des voies respiratoires après un échange artificiel des voies respiratoires chez des patients pédiatriques gravement malades.

Les voies respiratoires artificielles, telles que les sondes endotrachéales et les trachéotomies, dans les unités de soins intensifs pédiatriques et néonatals (PICU, NICU respectivement) sauvent la vie des patients souffrant d'insuffisance respiratoire, entre autres conditions. Ces dispositifs ne sont pas sans risque d'infection : les infections nosocomiales (IAV), à savoir la pneumonie associée à la ventilation (PAV) et la trachéite associée à la ventilation (TVA), sont courantes. Le traitement d’une suspicion d’IAV représente près de la moitié de l’utilisation d’antibiotiques dans les unités de soins intensifs pédiatriques (USIP). L'IAV peut représenter un continuum depuis la colonisation trachéale, la progression vers l'inflammation trachéobronchique, puis la pneumonie. La colonisation de ces voies respiratoires est courante et la croissance bactérienne n'indique pas nécessairement une infection cliniquement significative. Les trachéotomies, qui sont des voies respiratoires artificielles destinées à un usage chronique, sont régulièrement échangées sur une base bimensuelle ou mensuelle, en partie pour perturber la formation de biofilm bactérien qui favorise la colonisation bactérienne et peut-être l'infection. Lorsque des patients atteints de trachéotomie sont admis pour une insuffisance respiratoire chronique aiguë ou un souci d'infection, ces voies respiratoires artificielles sont également régulièrement échangées dans certains établissements. Il reste cependant un besoin crucial de comprendre comment un échange artificiel des voies respiratoires modifie l'environnement bactérien de ces patients malades et en bonne santé. Cette recherche émet l'hypothèse que l'échange d'une voie respiratoire artificielle modifiera le microbiome des voies respiratoires artificielles, en modifiant la diversité microbienne et l'abondance relative des différentes espèces bactériennes des voies respiratoires artificielles. Cette étude impliquera la collecte prospective d'aspirations trachéales de patients porteurs de voies respiratoires artificielles. Nous dépisterons et recruterons tous les patients admis à l'USIN ou à l'USIP du Cohen Children's Medical Center (CCMC) qui subissent des trachéotomies et obtiendront des aspirations trachéales toutes les deux semaines pendant leur admission. Lorsqu'un échange de voies respiratoires artificielles se produit, des aspirations trachéales seront également obtenues dans les jours précédant et suivant. Les aspirations trachéales sont régulièrement obtenues à l'USIN et à l'USIP à partir de l'aspiration d'une voie respiratoire artificielle et constituent une activité à risque minime. Ces échantillons seront apportés aux instituts Feinstein pour la recherche médicale pour le séquençage de l'ADN ribosomal 16 s (16srDNA), qui permet une détection précise et sensible de l'abondance relative et une classification de la flore bactérienne. Les aspirations trachéales seront séparées en 4 groupes pour tenir compte de l'utilisation d'antibiotiques dans la semaine suivant le prélèvement des aspirations, qui comprennent : (1) Aucun antibiotique, changement des voies respiratoires ; (2) pas d'antibiotiques, pas de modification des voies respiratoires ; (3) antibiotiques, modification des voies respiratoires ; (4) antibiotiques, aucun changement des voies respiratoires. De plus, les données cliniques et épidémiologiques du dossier médical électronique seront obtenues.