Identification des agents pathogènes de la pneumonie bactérienne via la détection de l'ADN

Les échantillons d'expectorations normalement prélevés sur les patients atteints de pneumonie pour des tests microbiologiques de routine et des échantillons supplémentaires seront évalués via un test d'acide nucléaire développé dans notre laboratoire. Le test portera sur une variété de ces deux agents pathogènes, y compris Streptococcus pneumoniae, Hemophilus influenzae, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter, Mycoplasma pneumonia, Chlamydia pneumoniae et Legionella pneumophila, et les gènes courants résistants aux antibiotiques, tels que les gènes BLSE, MecA, OprD. Le but ultime est de disposer d'un panel d'analyses très précises et rapides (le jour même), qui seront réalisées en quelques heures pour l'identification.

L'acide nucléique pathogène extrait dans l'échantillon d'expectoration sera identifié par un test de détection d'acide nucléaire avec une puce de pompage microfluidique et des méthodes LAMP. Les espèces de bactéries et leur gène de résistance aux antibiotiques à détecter sont énumérés ci-dessus. Comme les extraits d'acide nucléique seront archivés, d'autres agents pathogènes pourront être étudiés à l'avenir si le test corrélé est développé. Tous les résultats obtenus par détection d'acide nucléaire seront comparés aux résultats des tests conventionnels énumérés ci-dessus. La sensibilité, la spécificité et les valeurs prédictives seront calculées. Dans les cas où des résultats discordants se produisent, des tests supplémentaires et/ou un examen des antécédents médicaux seront correctement effectués.