Impact des polymorphismes des gènes IL-28B rs12979860 et rs4803217 associés à la dérégulation des miARN sur le carcinome hépatocellulaire lié au VHC

Introduction

Le carcinome hépatocellulaire (CHC) est la troisième cause de décès par cancer dans le monde. Malgré les améliorations du traitement du CHC, le pronostic des patients atteints de CHC reste sombre en raison d'une incidence élevée de récidive. Une meilleure compréhension de la pathogenèse du développement du CHC faciliterait le développement de résultats plus efficaces pour le diagnostic et le traitement du CHC à des stades précoces.

Actuellement, les altérations moléculaires des tumeurs sont examinées à l'échelle du génome, couvrant différentes dimensions, telles que l'expression des gènes, les modifications épigénétiques, les aberrations chromosomiques et, plus récemment, le séquençage de nouvelle génération. Un grand nombre de marqueurs moléculaires sont associés au développement du CHC. cela pourrait être utile en clinique; cependant, des différences raciales ont été signalées, et celles-ci doivent être examinées plus en profondeur.

On estime que 51,5 % des cas de CHC peuvent être attribués à une infection par le VHC. Parmi eux, nous devons mentionner les polymorphismes du gène IL28B, par ex. rs12979860 C/T et rs4803217. Le gène IL-28B code pour l'interféron-lamda 3 (IFN-λ3), qui appartient à la famille des IFN de type III comprenant l'IFN-λ1, l'IFN-λ2 et l'IFN-λ3. L'IFN-λ interagissant avec un récepteur transmembranaire induit de puissantes réponses antivirales médiées par l'activation des voies JAK-STAT et MAPK. Les polymorphismes de l'IL-28B sont liés à l'efficacité du processus inflammatoire au cours de l'infection par le VHC et aux mécanismes que le VHC adopte pour s'échapper par une immunité innée et adaptative. Fait intéressant, puisque l'IFN de type III s'est avéré inhiber à la fois la réplication du VHB et du VHC dans des modèles expérimentaux, au cours des dernières années, un certain nombre d'études ont évalué l'association entre les polymorphismes de l'IL-28B et le risque de développement du CHC et de la cirrhose du foie (LC). dans différentes populations; cependant, les résultats sont incohérents et non concluants. Pour ces raisons, une compréhension approfondie de l'impact des polymorphismes IL28B dans la survenue du CHC est obligatoire.

Fait intéressant, certains polymorphismes situés dans la région 3' non traduite (UTR) de l'IL28B, par ex. rs 4803217, semblent interférer avec la liaison des miARN, reconnus à ce jour comme d'importants régulateurs post-transcriptionnels.

Les miARN, en fait, sont de petits ARN interférents non codants d'une longueur de 21 à 30 nucléotides, qui peuvent favoriser la modulation de plus de 200 ARNm et sont largement associés aux cancers humains. Au cours des dernières années, les miARN ont acquis une importance croissante en tant que biomarqueurs potentiels pour plusieurs maladies, dont le cancer.

En particulier, la découverte de miARN extracellulaires, qui sont stables en circulation, pousse de nombreux chercheurs à leur évaluation visant à l'identification de nouveaux marqueurs diagnostiques utiles et moins invasifs également pour le CHC.

Objectifs

L'objectif global est d'étudier l'impact des polymorphismes des gènes IL-28B rs12979860 et rs4803217 associés à la dérégulation des miARN sur le carcinome hépatocellulaire lié au VHC.

Objectifs spécifiques:

1. Déterminer l'association du ou des polymorphismes IL 28B avec le risque de CHC chez les patients atteints d'hépatite C chronique.
2. Pour dépister un large panel de miARN afin de découvrir ceux qui sont dérégulés au cours de la progression de l'hépatite C chronique vers le CHC
3. Identifier une association entre le(s) polymorphisme(s) IL 28B et les principaux miARN dérégulés comme marqueur prédictif du CHC chez les patients atteints d'hépatite C chronique

Approche et méthodologie de recherche

Patients et méthodes:

Les patients:

Cette étude comprendra 405 Sujets répartis en 3 groupes :

Groupe 1. Ce groupe comprendra des patients atteints d'hépatite C chronique (nb =135) Groupe2. Ce groupe comprendra des patients atteints d'hépatite C chronique (nb =135) avec cirrhose (F4).

Groupe3. Ce groupe comprendra des patients atteints d'un CHC lié au VHC (n. = 135) Ceci est confirmé par la présence d'une lésion focale détectée par imagerie (tomodensitométrie (CT) et échographie) et une élévation de l'AFP sérique.

• La base du calcul de la taille de l'échantillon est la suivante :

• Protéine Alpha Feto : ses 41-60 %, sp 80-94 %
• Prévalence du CHC chez les patients infectés par le VHC : 5-10 %
• Le calcul est basé sur la spécificité de la protéine alpha feto à 87 % en moyenne

Un total de 405 cas avec une moyenne de 135 cas/groupe est requis, sur la base d'un niveau de confiance de 90 et d'une marge d'erreur de 5 %, prévalence du CHC chez les patients infectés par le VHC 7 %

Méthodes :

1. Les taux sériques de fétoprotéine α ont été systématiquement testés chez tous les patients atteints de cirrhose décompensée. Les niveaux d'AFP étaient généralement élevés dans les cas qui se sont révélés être des CHC, cependant, les niveaux variaient de 15 à 650 ng/ml. Le diagnostic de CHC a été confirmé par une tomodensitométrie (TDM) multidétecteur à 4 phases ou une imagerie par résonance magnétique (IRM) à contraste dynamique amélioré.
2. Quantification de l'ARN du VHC. Le plasma sera obtenu et l'ARN du VHC déterminé par RT-PCR du plasma à l'aide du test Cobas AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV (Roche Diagnostics, Branchburg, (NJ).

3. Polymorphisme IL28B :

   Les SNP rs12979860 et 4803217 seront déterminés dans le sang total par discrimination allélique à l'aide de sondes spécifiques par PCR en temps réel.

4. quantification des miARN

   Les ARN seront extraits du sérum à l'aide du kit miRNeasy Mini (Quiagen) conformément aux instructions du fabricant.

   La pureté de l'ARN sera évaluée par la concentration d'ARN et quantifiée par NanoDrop ND-1000 (Nanodrop, États-Unis).

   L'ADNc sera obtenu par les kits de transcription inverse miScript II (Quiagen) Une préamplification sera effectuée à l'aide des kits PCR miScript PreAMP (Quiagen) La matrice PCR en temps réel sera effectuée à l'aide des matrices PCR miScript miRNA, avec le mélange maître PCR SYBR Green (Quiagen).

5. Analyses statistiques:

Les analyses statistiques seront effectuées à l'aide du logiciel SPSS Statistics. Les valeurs P, 0,05 ont été considérées comme significatives.

Les comparaisons des SNP IL28B seront effectuées en stratifiant les patients selon les génotypes rs12979860CC et rs12979860CT/TT et l'analyse 4803217 miRNA PCR Array sera effectuée par un logiciel d'analyse de données spécifique spécifiquement fourni par Quiagen.