Biomarqueurs métagénomiques oraux dans la polyarthrite rhumatoïde
La polyarthrite rhumatoïde (PR) est une maladie auto-immune chronique et potentiellement grave qui touche 2 millions de personnes aux États-Unis. Le rôle des facteurs environnementaux dans la modulation de la pathogenèse de l'auto-immunité a été clairement décrit et pourtant les mécanismes d'action spécifiques restent mal compris. Un nombre croissant de preuves implique le microbiote des surfaces muqueuses dans le développement de maladies auto-immunes. Diverses études ont clairement lié la PR à la maladie parodontale. Ce dernier est lié au complexe rouge qui comprend la bactérie buccale Porphyromonas gingivalis. Et pourtant, il n'y a pas eu d'analyse systématique du microbiote buccal dans la PR pour déterminer s'il existe des marqueurs spécifiques de P. gingivalis (et d'autres bactéries buccales) liés à la PR.
Dans cette étude, les chercheurs caractériseront la composition microbienne orale (microbiome) et le contenu génétique (métagénome) de l'ADN isolé à partir d'échantillons oraux obtenus de patients atteints (i) de PR à un stade précoce avant les traitements biologiques et (ii) de sous-groupes de patients atteints de PR qui sont répond ou non au traitement anti-TNF-alpha. L'aspect innovant de cette étude va au-delà de l'identification des espèces bactériennes buccales, au niveau des souches et des gènes associés à ces groupes. L'hypothèse générale est qu'il existe une variation microbienne orale entre les individus qui influence le développement de l'auto-immunité et des maladies auto-immunes.
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Description détaillée
Il s'agit d'une étude de recherche multidisciplinaire avec cinq chercheurs de disciplines différentes, mais complémentaires, pour établir cette nouvelle collaboration. Il existe un potentiel de traduction élevé pour les informations obtenues grâce à ce projet basé sur la collaboration d'un rhumatologue, d'un dentiste, de biologistes buccaux et d'experts en maladies infectieuses ayant une expertise en immunologie, microbiologie et génomique. En bref, les participants à la PR seront recrutés par le rhumatologue. Un total de 100 participants seront recrutés pour deux groupes à étudier ; un groupe de sujets atteints de PR et l'autre groupe seront des témoins sains. Ces deux groupes seront divisés dans les groupes suivants pour la participation à l'étude : Groupe 1 : sera composé de 25 sujets adultes atteints de PR qui n'ont pas été traités avec des produits biologiques qui seront comparés à 25 témoins sains issus de membres du même âge appariés du même ménage . Le groupe 2 sera composé de 25 sujets adultes atteints de PR répondant à un traitement anti-TNF de première ligne qui seront comparés à 25 sujets du même âge et du même sexe atteints de PR résistants à deux anti-TNF ou plus. Les participants seront programmés pour une visite d'étude de recherche à l'unité de recherche de la clinique dentaire de l'Université de Floride. Au cours de l'examen, les éléments suivants auront lieu : le questionnaire d'évaluation de la santé multidimensionnelle (MDHAQ), l'examen dentaire, la collecte de salive et la plaque dentaire seront retirés de différentes surfaces dentaires pour le supragingival.
Le supragingival sera soumis à un séquençage en profondeur dans le laboratoire de génomique. Tester deux objectifs spécifiques : 1) tester l'hypothèse selon laquelle les profils de microbiome oral basés sur les données d'ARN 16S sont associés au développement de la PR ou à la réponse à un traitement spécifique, et 2) tester l'hypothèse selon laquelle les gènes, variants et les capacités fonctionnelles (métagénome) sont associées à la PR ou à la réponse thérapeutique. À la fin de cette étude pilote, les chercheurs auront systématiquement identifié des biomarqueurs bactériens (par ex. espèces, sous-espèces, gènes) qui sont en corrélation avec la PR et peuvent servir de cibles potentielles pour le traitement de la maladie. Ces marqueurs pourraient être développés dans de nouvelles cibles médicamenteuses pour le traitement de la PR dans de futures études.
Type d'étude
Inscription (Réel)
Contacts et emplacements
Lieux d'étude
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Florida
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Gainesville, Florida, États-Unis, 32610
- University of Florida College of Dentistry-Periodontics
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Gainesville, Florida, États-Unis, 32611
- Randall Malcom VA Medical Center
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Sexes éligibles pour l'étude
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- avec au moins 10 dents naturelles sans couronne (à l'exclusion des troisièmes molaires) doivent être présentes.
Critère d'exclusion:
- avoir moins de 10 dents;
- ont été traités avec des antibiotiques au cours des 3 derniers mois, y compris les patients qui nécessitent une prophylaxie antibiotique avant le traitement dentaire ;
- sont des personnes immunodéprimées (VIH, SIDA, traitement médicamenteux immunosuppresseur);
- participer à une autre étude clinique impliquant l'utilisation de produits dentaires une semaine avant le début de la période de sevrage ou pendant la période d'étude ; et
- ne veulent pas ou ne peuvent pas donner leur consentement éclairé et suivent les instructions de collecte.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Cas-témoins
- Perspectives temporelles: Transversale
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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PR - naïf aux produits biologiques
Ce groupe sera composé de 25 sujets adultes atteints de polyarthrite rhumatoïde (PR) qui n'ont pas été traités avec des produits biologiques (naïfs aux produits biologiques).
Au cours de l'examen, les éléments suivants auront lieu : le questionnaire d'évaluation de la santé multidimensionnelle (MDHAQ), l'examen dentaire, la collecte de salive et la plaque dentaire seront retirés de différentes surfaces dentaires pour le supragingival.
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Tous les participants auront la plaque dentaire retirée de différentes surfaces dentaires pour supragingival.
Les groupes PR recevront le questionnaire d'évaluation de la santé multidimensionnelle (MDHAQ) pour la fonction physique, la douleur et l'état global.
Autres noms:
Tous les participants auront une collecte de salive.
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Contrôles sains
Ce groupe sera composé de 25 sujets adultes qui seront des témoins sains issus de membres du même ménage que les 25 naïfs aux produits biologiques et du même âge.
Au cours de l'examen, les éléments suivants auront lieu : un examen dentaire, une collecte de salive et la plaque dentaire seront retirés de différentes surfaces dentaires pour le supragingival.
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Tous les participants auront la plaque dentaire retirée de différentes surfaces dentaires pour supragingival.
Tous les participants auront une collecte de salive.
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PR sensible aux anti-TNF
Ce groupe sera composé de 25 sujets adultes atteints de polyarthrite rhumatoïde (PR) qui ont répondu à un traitement anti-TNF-alpha de première intention.
Au cours de l'examen, les éléments suivants auront lieu : le questionnaire d'évaluation de la santé multidimensionnelle (MDHAQ), l'examen dentaire, la collecte de salive et la plaque dentaire seront retirés de différentes surfaces dentaires pour le supragingival.
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Tous les participants auront la plaque dentaire retirée de différentes surfaces dentaires pour supragingival.
Les groupes PR recevront le questionnaire d'évaluation de la santé multidimensionnelle (MDHAQ) pour la fonction physique, la douleur et l'état global.
Autres noms:
Tous les participants auront une collecte de salive.
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PR non sensible aux anti-TNF
Ce groupe sera composé de 25 sujets adultes atteints de polyarthrite rhumatoïde (PR) qui sont résistants à au moins deux thérapies anti-TNF-alpha et qui ont le même âge que le groupe PR répondant aux anti-TNF.
Au cours de l'examen, les éléments suivants auront lieu : le questionnaire d'évaluation de la santé multidimensionnelle (MDHAQ), l'examen dentaire, la collecte de salive et la plaque dentaire seront retirés de différentes surfaces dentaires pour le supragingival.
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Tous les participants auront la plaque dentaire retirée de différentes surfaces dentaires pour supragingival.
Les groupes PR recevront le questionnaire d'évaluation de la santé multidimensionnelle (MDHAQ) pour la fonction physique, la douleur et l'état global.
Autres noms:
Tous les participants auront une collecte de salive.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Le microbiome oral sera catalogué dans chaque groupe pour son association avec la PR.
Délai: Jour 1
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Un test de somme des rangs de Wilcoxon sera calculé sur chaque profil pour identifier le contenu différentiel des gènes métagénomiques entre chaque paire de groupes (patients PR et témoins).
Les rôles fonctionnels microbiens potentiels des orthologues du KEGG et des marqueurs des groupes d'orthologues du lait de poule dans le microbiote oral des patients atteints de PR seront également évalués.
Tous les résultats seront corrigés pour les tests multiples en utilisant une approche de taux de fausse découverte.
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Jour 1
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Des analyses métagénomiques seront effectuées pour trouver des marqueurs bactériens oraux entre les groupes.
Délai: 18 mois
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Un test de somme des rangs de Wilcoxon sera calculé sur chaque profil pour identifier le contenu différentiel des gènes métagénomiques entre chaque groupe.
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18 mois
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Michael R Bubb, MD, University of Florida
- Chercheur principal: Edward K Chan, Ph.D., University of Florida
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Estimation)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- IRB201500286
- 11712325 (Autre subvention/numéro de financement: Department of Defense)
- 12.420 (Autre subvention/numéro de financement: Department of Defense)
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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