Patients en bonne santé et effet des antibiotiques

Chaque année, la résistance aux antimicrobiens provoque plus de deux millions d'infections et 23 000 décès rien qu'aux États-Unis, ce qui représente un problème de santé publique mondial critique. Certains des organismes multirésistants (MDRO) les plus redoutés comprennent Clostridium difficile, les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE), les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), les MDRO Acinetobacter et les MDRO Pseudomonas aeruginosa ; il existe peu d'antimicrobiens efficaces contre ces MDRO, et les antimicrobiens disponibles ont souvent des toxicités limitantes. Le principal facteur de risque de colonisation par les MDRO et d'infections subséquentes par les MDRO est l'exposition aux antimicrobiens. L'utilisation d'antimicrobiens a été associée à une composition altérée et souvent moins diversifiée du microbiome fécal et à l'expansion du résistome. Un microbiome "sain" offre une "résistance à la colonisation" contre des bactéries potentiellement pathogènes ; les antimicrobiens perturbent cette communauté protectrice, fournissant une pression sélective qui favorise la colonisation, la persistance et la transmission des MDRO à d'autres.

Des méthodes pour prévenir de manière proactive la colonisation des MDRO, plutôt que de s'appuyer sur des approches réactives à ce problème, sont nécessaires de toute urgence. La gestion responsable des antimicrobiens est un élément clé des efforts de prévention du MDRO ; cependant, il n'existe aucune méthode pour déterminer quels antimicrobiens provoquent le plus grand degré de perturbation du microbiome. Une meilleure compréhension de la manière exacte dont les antimicrobiens modifient le microbiome est nécessaire pour guider de manière optimale les futurs efforts de prévention des MDRO et la gestion des antimicrobiens. Le développement d'indices de perturbation du microbiome (MDI) aiderait à caractériser le risque associé à des antimicrobiens spécifiques et pourrait être utilisé pendant le développement d'antimicrobiens, la surveillance des patients sous antimicrobiens et pour faciliter les efforts de prévention des infections afin de contenir la propagation des MDRO. De plus, les MDI peuvent être utilisés comme alerte lorsque les perturbations du microbiome atteignent un niveau critique et que la colonisation des MDRO est imminente. À ce stade, des interventions visant à restaurer le microbiome pourraient être mises en œuvre.

La pneumonie communautaire (PAC) est l'une des principales causes de décès aux États-Unis, avec environ 900 000 cas chaque année chez les adultes de 65 ans et plus. De grandes quantités d'antimicrobiens sont utilisées dans le traitement des patients atteints de PAC parce que la maladie est relativement courante. Une meilleure compréhension de l'effet du traitement antimicrobien CAP sur le microbiome pourrait améliorer les options de traitement pour les patients atteints de CAP et protéger les patients CAP de la colonisation ou de l'infection par les MDRO.