Transmission du virus mousseux simien à l'homme

CONTEXTE Une grande proportion, environ 75 %, des agents viraux qui sont apparus récemment chez l'homme proviennent d'autres animaux. Suite au contact initial entraînant une transmission interspécifique, ces virus ont souvent évolué et se sont propagés dans la population humaine ; divers mécanismes sont impliqués, mais la compréhension des étapes initiales de l'émergence des virus et des maladies associées est encore limitée dans de nombreux cas.

La surveillance microbiologique des populations à risque de transmission est nécessaire pour identifier et documenter l'initiation et les premiers stades du processus d'émergence.

Les primates non humains (NPH), qui partagent de nombreuses similitudes génétiques, physiologiques et microbiologiques avec les humains, sont une source potentielle de nombreux agents infectieux.

Cela a été clairement démontré pour plusieurs rétrovirus simiens : les VIH-1 et 2 seraient issus respectivement des virus du chimpanzé et du mangabey, en Afrique centrale et occidentale. La distribution des différents sous-types moléculaires du rétrovirus oncogène HTLV-1 en Afrique est principalement le résultat du schéma de transmission interspécifique du STLV-1 à partir de diverses espèces de PNH dans un passé lointain.

Les virus mousseux appartiennent à la famille des rétrovidae et au genre spumavirus. Ce sont des rétrovirus exogènes complexes et sont très courants chez de nombreuses espèces animales, notamment les primates, les chats, les bovins et les chevaux, chez lesquels ils provoquent des infections persistantes.

Les virus mousseux sont généralement non pathogènes, même chez les animaux infectés expérimentalement. Ils ne semblent pas causer de maladie chez les quelques humains qui ont été accidentellement infectés et suivis cliniquement et biologiquement à long terme (moins de 15 personnes ont été suivies à ce jour et elles étaient initialement en bonne santé, de sorte qu'il existe un biais de sélection). L'absence de pathogénicité in vivo contraste avec les forts effets cytopathogènes des virus spumeux in vitro où ils provoquent des syncytia dans les cultures cellulaires.

Contrairement aux lentivirus (VIH-SIV), les virus spumeux sont extrêmement stables génétiquement in vivo. L'analyse phylogénétique a mis en évidence une variabilité génétique, selon les espèces animales infectées. Ceci indique une longue coévolution de ces rétrovirus avec leurs hôtes naturels. Switzer et al. ont montré que les virus spumeux ont co-évolué avec les primates de l'ancien monde pendant au moins 30 millions d'années (Switzer et al. 2005). Ces données peuvent expliquer l'apparente absence de pathogénicité in vivo malgré une infection chronique.

Les caractéristiques moléculaires des virus spumeux ont été largement étudiées in vitro, mais on connaît actuellement peu de choses sur les caractéristiques de ces virus in vivo, et en particulier sur les déterminants épidémiologiques de l'infection. En effet, les modes de contamination et les caractéristiques de la primo-infection chez l'homme en conditions naturelles sont encore mal connues.

Les rares données épidémiologiques publiées concernent majoritairement des populations de PNH captifs : la séroprévalence des virus spumeux peut atteindre 75 % ou plus chez les adultes de ces populations. Plusieurs études ont montré que la salive des animaux infectés a des titres élevés de virus, évocateurs du mode de transmission. La muqueuse de l'oropharynx est un site important de réplication chez les singes verts et un article récent rapporte des niveaux élevés d'ARN viral dans la salive et des échantillons oropharyngés de macaques. Ces observations suggèrent que les morsures ou le contact avec la muqueuse buccale et la salive peuvent être des mécanismes de transmission, au moins dans certains cas. D'autres études dans des colonies de babouins en captivité suggèrent que la transmission peut être sexuelle et/ou de la mère à l'enfant par contact salivaire répété.

Une infection humaine par des virus spumeux a été signalée : 1 à 4 % des personnes professionnellement exposées aux PSN (comme les vétérinaires et le personnel qui travaille dans les animaleries, les zoos et les laboratoires de primatologie) en Amérique du Nord et, plus rarement, en Europe peuvent être infecté.

Un groupe américain a mis en évidence une infection par des virus spumeux, provenant de gorilles et de mandrills, chez certains chasseurs vivant au Cameroun (Wolfe et al. 2004). Quelques cas d'infection ont été mis en évidence chez des personnes en Asie du Sud-Est en contact avec des singes (en particulier des macaques) : personnes travaillant dans des temples, notamment en Indonésie, ou impliquées dans la chasse ou d'autres activités les mettant en contact étroit avec des singes. Des modèles mathématiques ont estimé qu'environ 6 visiteurs sur 1 000 dans les temples de Bali, en Indonésie, où il y a de nombreux macaques, ont été infectés par un virus spumeux simien (Engel et al. 2006).

La collaboration de longue date entre les chercheurs, le Centre Pasteur du Cameroun, l'IRD et l'Université de Yaoundé I, utilisant des techniques sérologiques et moléculaires (PCR), a mis en évidence des virus spumeux dans les populations sauvages de gorilles, chimpanzés, mandrills et drills. au Cameroun. Les populations adultes de PNH de ces régions sont fortement infectées par des virus spumeux, avec un virus spécifique pour chaque espèce (Calattini et al. 2004 , Calattini et al. 2006b).

Conformément à l'étude américaine citée plus haut, les chercheurs ont mis en évidence l'infection des chasseurs par les virus spumeux retrouvés chez les gorilles, les chimpanzés et les mandrills après avoir été en contact avec ces primates (Calattini et al. 2007).

L'unité EPVO de l'Institut Pasteur travaille en étroite collaboration avec le Centre Pasteur du Cameroun et l'IRD depuis plus de 15 ans sur de nombreuses études épidémiologiques dans le domaine des rétrovirus humains HTLV-1 (Mahieux et al. 2000b, Mauclere et al 1997), HTLV-2 (Gessain et al. 1995, Mauclere et al. 1995), les rétrovirus simiens STLV-1 et STLV-3 (Mahieux et al. 2000a, Meertens et al. 2002, Meertens et al. 2001, Meertens et al. 2003, Nerrienet et al. 2004, Nerrienet et al. 2001) et HTLV-3 (Calattini et al. 2009, Calattini et al. 2006a, Calattini et al. 2005).

Les populations humaines étudiées se trouvent principalement dans le sud du Cameroun. Les enquêteurs continueront à se concentrer sur plusieurs populations du sud du Cameroun pour recueillir de plus amples informations sur les facteurs de risque d'acquisition de rétrovirus spumeux suite à un contact avec des PSN.

Ces populations vivent à proximité ou dans des zones de forêt tropicale dense. Ils sont particulièrement menacés, en raison de la forte biodiversité des PSN dans ces régions. Le plus grand risque provient d'un contact relativement fréquent avec les PNH lors de la chasse, qui est destinée à la fois à la consommation et à la vente de viande de brousse.

OBJECTIFS Le projet présenté ici comprend quatre phases. Ces phases peuvent être réalisées simultanément.

Objectif principal (phases 1 et 2) L'objectif de ce travail est de réaliser une enquête sérologique et moléculaire pour évaluer la prévalence de l'infection par le virus de la mousse chez les personnes à risque de contact avec des singes et de caractériser les facteurs de risque de transmission interspécifique.

Ce projet correspond au suivi microbiologique et, en particulier, à l'étude des premiers stades de l'émergence virale.

Objectifs secondaires (phases 3 et 4)

1. Enquêter sur la possible transmission intrafamiliale de virus spumeux à partir de cas index, qui ont tous contracté le virus en se faisant piquer par un grand singe.
2. Enquêter sur les éventuelles anomalies biologiques (en particulier immuno-virologiques) et cliniques chez les personnes infectées par une étude cas-témoin. Cela nécessitera un minimum de 30 cas index et de 30 à 60 témoins, si possible.

ORGANISATION DE L'ETUDE L'intérêt et l'importance de ce travail sur l'émergence virale seront présentés aux autorités locales tant administratives que coutumières (chef de village). Les enquêteurs travailleront dans trois régions du sud du Cameroun : la région côtière (Bipindi/Lolodorf/Campo), une région plus centrale (Djoum/Oveng/Mintom/Akonolinga/Somolamo), et à l'Est dans la région d'Abong-Mang, Lomié et Messok.

Dans ces zones forestières, les enquêteurs travaillent dans les villages bantous (Ngoumba, Fang, Mvae, Zimé, etc.) et auprès des deux populations différentes de Pygmées, les Bakolas à l'Ouest et les Bakas à l'Est.

Les informations sont fournies à chaque individu et le consentement écrit de tous les participants est recueilli par les médecins.

Dans la phase 1 du projet, l'étude est proposée à tous les adultes. Il n'y a pas de sélection. Un examen physique et une prise de sang dans un tube EDTA de 5/10 ml sont effectués.

Dans la phase 2, les enquêteurs rechercheront spécifiquement des adultes qui ont été en contact avec un PSN au cours de leur vie. Ces contacts peuvent inclure des morsures, des égratignures ou d'autres blessures pendant la chasse ou des rencontres occasionnelles avec des PSN. Un examen et une prise de sang dans un tube EDTA de 5/10 ml sont réalisés. Les données épidémiologiques sur les facteurs de risque sont recueillies au moyen d'un court questionnaire.

En phase 3, les enquêteurs effectueront une deuxième visite pour étendre l'enquête à la famille nucléaire des personnes infectées (conjoint et enfants). Un examen et une prise de sang dans un tube EDTA de 5/10 ml sont réalisés (Tableau 1).

Au cours de la Phase 4, des examens cliniques et biologiques complémentaires seront réalisés sur les personnes infectées au Centre Pasteur du Cameroun à Yaoundé (Phase 4). Au cours de cette visite, la salive est recueillie. Les échantillons oraux seront prélevés en frottant l'intérieur de la joue avec un écouvillon, puis en rinçant la bouche et en recueillant le liquide de rinçage dans une bouteille stérile. Du sang sera prélevé pour d'autres études. L'hébergement à Yaoundé, le transport et les repas des sujets seront pris en charge par l'EPVO.

L'étude familiale de détection d'une éventuelle transmission du virus, et l'étude clinique et biologique cas-témoins, seront réalisées lors de la deuxième phase, si suffisamment de personnes infectées sont détectées lors de la première enquête séro-épidémiologique et virologique.

L'unité EPVO de l'Institut Pasteur est entièrement responsable de l'organisation et de l'exécution du travail de terrain avec le soutien logistique de l'IRD (location d'un véhicule avec chauffeur) et du CPC (accueil au laboratoire de virologie). Le Pr Antoine Gessain coordonne le projet à Paris et au Cameroun, et le Dr Edouard Betsem organise les travaux au Cameroun.

Les échantillons sont aliquotés. Deux aliquotes de plasma et une préparation de buffy coat de sang périphérique sont congelés au Centre Pasteur au Cameroun. Dans certains cas, des cellules mononucléaires du sang périphérique seront obtenues sur Ficoll puis cultivées.

Ces prélèvements sont ensuite acheminés à l'Institut Pasteur de Paris par voie aérienne, selon les normes de transport en vigueur.

De retour à Paris, des tests biologiques et des analyses statistiques sont réalisés par les membres de l'unité EPVO.