Utilité clinique du séquençage prénatal de l'exome entier (PWES)

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) change le paradigme des tests génétiques cliniques. Contrairement aux tests monogéniques hautement ciblés, le NGS permet d'examiner des panels de gènes, l'exome et l'ensemble du génome. Avec le large éventail de tests moléculaires désormais disponibles, les médecins prescripteurs sont confrontés à l'énigme de sélectionner le meilleur outil de diagnostic pour les patients suspects de maladies génétiques. Les tests monogéniques sont souvent plus appropriés pour les affections présentant des caractéristiques cliniques distinctives et une hétérogénéité de locus minimale. Les tests de panel de gènes basés sur le NGS, qui peuvent être complétés par une analyse des microréseaux chromosomiques (CMA) et d'autres méthodes auxiliaires, offrent une approche complète et réalisable pour les troubles bien documentés mais génétiquement hétérogènes. Le séquençage de l'exome entier (WES) et le séquençage du génome entier (WGS) ont l'avantage de permettre l'interrogation parallèle de la plupart des gènes du génome humain. Pour certains, le WES est préférable aux méthodes utilisées précédemment en raison d'un rendement diagnostique plus élevé, d'un délai de diagnostic plus court et d'un meilleur rapport coût-efficacité.

La possibilité d'étudier l'exome ouvre à la fois de nouvelles opportunités et de nouveaux défis. Par exemple, toutes les régions codantes de gènes connus doivent être analysées lors de l'application de WES à des cas non diagnostiqués avec des modèles d'hérédité peu clairs. Les limites actuelles des capacités d'interprétation des variantes et de la validité clinique soulèvent des questions sur l'utilité clinique du WES en tant que test de diagnostic autonome ou de premier choix. Les défis supplémentaires comprennent le conseil avant et après le test avec un consentement éclairé approprié et solide, la configuration et la validation de l'analyse bioinformatique, l'interprétation et la classification des variantes, le besoin de politiques et de protocoles concernant la découverte et la communication de résultats secondaires sans rapport avec l'indication présentée, une exigence pour la validation des résultats WES, l'assurance de la conformité aux normes de contrôle qualité, le stockage et l'accessibilité des données, et les questions de remboursement.

Les normes cliniques actuelles recommandent de proposer un microréseau chromosomique (CMA) dans le cadre prénatal lorsque des anomalies structurelles fœtales sont détectées par échographie prénatale. Dans ces cas, des variantes du nombre de copies cliniquement pertinentes ont été signalées chez 6,0 à 9,1 % des fœtus ayant un caryotype normal. Cependant, les processus de consentement éclairé pour la CMA prénatale sont difficiles, en particulier dans les cas d'anomalies échographiques, car les parents absorbent des nouvelles difficiles et subissent un stress considérable. Des femmes ont déclaré avoir été "aveuglées" par des résultats positifs à l'AMC, ou avoir le sentiment que ces résultats étaient des "informations toxiques" - des informations qu'elles souhaitaient ne pas avoir, en particulier dans les cas d'informations génétiques incertaines ou de variantes ininterprétables. Néanmoins, dans cette même étude, les femmes référées en CMA en raison d'anomalies échographiques ont signalé des réactions négatives moins fréquentes, car elles anticipaient déjà des résultats anormaux.

L'introduction du WES dans les soins cliniques prénatals des populations sous-représentées soulève des questions et des considérations supplémentaires concernant la couverture des paiements, l'accès et les normes de soins. Au-delà de la simple complexité du test et de ses résultats, les cliniciens et les systèmes de santé doivent tenir compte de nombreuses considérations, notamment : la couverture d'assurance privée et publique ; les différences linguistiques et culturelles et leurs implications pour le conseil génétique et les relations clinicien-patient ; possibilité d'accéder à des tests de suivi et à des soins cliniques ; la capacité d'accéder à un traitement et à des services appropriés ; et en particulier dans le cadre prénatal, les lois locales, étatiques et nationales sur l'avortement et la prise de décision concernant l'interruption de grossesse. Ces problèmes et d'autres affecteront non seulement la prise de décision des patients concernant le WES, mais également leurs besoins après le test en matière de suivi, de conseil et de soutien. L'importance d'évaluer systématiquement l'utilité clinique du NGS est essentielle pour déterminer dans quels contextes cliniques et de soins de santé WES sera utile et pour commencer la recherche sur ces considérations.

L'investigateur vise à examiner l'utilité clinique du WES, y compris l'évaluation d'une variété de résultats liés à la santé et à la reproduction dans les cas prénataux non diagnostiqués.