- ICH GCP
- Rejestr badań klinicznych w USA
- Badanie kliniczne NCT03482141
Użyteczność kliniczna prenatalnego sekwencjonowania całego egzomu (PWES)
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) zmienia paradygmat klinicznych badań genetycznych. W przeciwieństwie do wysoce ukierunkowanych testów pojedynczego genu, NGS umożliwia badanie paneli genów, egzomu i całego genomu. W obliczu szerokiego wachlarza dostępnych obecnie badań molekularnych, lekarze zlecający stają przed dylematem wyboru najlepszego narzędzia diagnostycznego dla pacjentów z podejrzeniem chorób genetycznych. Testy pojedynczego genu są często najbardziej odpowiednie w przypadku stanów o charakterystycznych cechach klinicznych i minimalnej heterogeniczności locus. Testy panelu genów oparte na NGS, które można uzupełnić analizą mikromacierzy chromosomowych (CMA) i innymi metodami pomocniczymi, zapewniają kompleksowe i wykonalne podejście do dobrze udokumentowanych, ale genetycznie heterogenicznych zaburzeń. Sekwencjonowanie całego egzomu (WES) i sekwencjonowanie całego genomu (WGS) mają tę zaletę, że umożliwiają równoległe badanie większości genów w ludzkim genomie. Dla niektórych metoda WES jest preferowana w stosunku do wcześniej stosowanych metod ze względu na wyższą wydajność diagnostyczną, krótszy czas do postawienia diagnozy i lepszą efektywność kosztową.
Możliwość badania egzomu otwiera zarówno nowe możliwości, jak i nowe wyzwania. Na przykład wszystkie regiony kodujące znanych genów muszą zostać przeanalizowane podczas stosowania WES do niezdiagnozowanych przypadków z niejasnymi wzorami dziedziczenia. Obecne ograniczenia możliwości interpretacji wariantów i trafności klinicznej rodzą pytania o przydatność kliniczną WES jako samodzielnego lub pierwszego wyboru testu diagnostycznego. Dodatkowe wyzwania obejmują poradnictwo przed i po teście z odpowiednią i solidną świadomą zgodą, konfigurację i walidację analizy bioinformatycznej, interpretację i klasyfikację wariantów, potrzebę zasad i protokołów dotyczących wykrywania i zgłaszania drugorzędnych ustaleń niezwiązanych z prezentowanym wskazaniem, wymóg za walidację wyników WES, zapewnienie zgodności ze standardami kontroli jakości, przechowywanie i dostępność danych oraz kwestie zwrotu kosztów.
Obecne standardy kliniczne zalecają oferowanie mikromacierzy chromosomowych (CMA) w warunkach prenatalnych, gdy anomalie strukturalne płodu zostaną wykryte za pomocą ultrasonografii prenatalnej. W tych przypadkach istotne klinicznie warianty liczby kopii odnotowano u 6,0-9,1% płodów z prawidłowym kariotypem. Proces świadomej zgody na prenatalną CMA jest jednak trudny, zwłaszcza w przypadkach nieprawidłowości ultrasonograficznych, ponieważ rodzice przyswajają trudne wiadomości i są w znacznym stresie. Kobiety zgłaszały, że są „zaślepione” pozytywnymi wynikami CMA lub czują, że wyniki te są „toksycznymi informacjami” - informacjami, których nie chciałyby mieć, szczególnie w przypadkach niepewnych informacji genetycznych lub niemożliwych do interpretacji wariantów. Niemniej jednak w tym samym badaniu kobiety, które zostały skierowane na CMA z powodu nieprawidłowości ultrasonograficznych, zgłaszały rzadsze reakcje negatywne, ponieważ przewidywały już nieprawidłowe wyniki.
Wprowadzenie WES do prenatalnej opieki klinicznej nad niedostatecznie reprezentowanymi populacjami rodzi dodatkowe problemy i rozważania dotyczące zakresu płatności, dostępu i standardów opieki. Oprócz samej złożoności testu i jego wyników, klinicyści i systemy opieki zdrowotnej muszą wziąć pod uwagę wiele kwestii, w tym: ubezpieczenie prywatne i publiczne; różnice językowe i kulturowe oraz ich konsekwencje dla poradnictwa genetycznego i relacji lekarz-pacjent; możliwość dostępu do dalszych badań i opieki klinicznej; możliwość dostępu do odpowiedniego leczenia i usług; a zwłaszcza w warunkach prenatalnych, lokalne, stanowe i krajowe przepisy dotyczące aborcji oraz podejmowanie decyzji dotyczących przerwania ciąży. Te i inne kwestie będą miały wpływ nie tylko na podejmowanie przez pacjentów decyzji dotyczących WES, ale także na ich potrzeby po teście dotyczące obserwacji, poradnictwa i wsparcia pacjentów. Znaczenie systematycznej oceny użyteczności klinicznej NGS ma kluczowe znaczenie dla określenia, w jakich kontekstach klinicznych i związanych z opieką zdrowotną WES będzie przydatna, oraz dla rozpoczęcia badań nad tymi kwestiami.
Badacz ma na celu zbadanie użyteczności klinicznej WES, w tym ocenę różnych wyników związanych ze zdrowiem i rozrodczością w niezdiagnozowanych przypadkach prenatalnych.
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Faza
- Nie dotyczy
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
California
-
San Francisco, California, Stany Zjednoczone, 94143
- University of California San Francisco
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
Akceptuje zdrowych ochotników
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Kobiety w ciąży z rozpoznaniem ultrasonograficznym poważnej anomalii strukturalnej (lub wielu anomalii) w głównym układzie narządów (serca, ośrodkowego układu nerwowego, klatki piersiowej, układu moczowo-płciowego, żołądkowo-jelitowego / ściany brzusznej, szkieletu i / lub mnogich anomalii)
- Kliniczne obawy dotyczące potencjalnej podstawowej choroby genetycznej
- Ukończono lub planuje się ukończyć pobieranie próbek kosmówki lub amniopunkcję z analizą chromosomów lub mikromacierzą
- Dostępna próbka matki
Kryteria wyłączenia:
- Wcześniejszy WES wykonany ze wskazania klinicznego lub badawczego
- Brak fenotypowego wskazania prawdopodobnej etiologii genetycznej
- Matka nie chce lub nie może dostarczyć okazu
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Główny cel: Diagnostyczny
- Przydział: Nie dotyczy
- Model interwencyjny: Zadanie dla jednej grupy
- Maskowanie: Brak (otwarta etykieta)
Broń i interwencje
Grupa uczestników / Arm |
Interwencja / Leczenie |
---|---|
Inny: Sekwencjonowanie całego egzomu
W przypadku pacjentek prenatalnych (ciąży z wadami strukturalnymi płodu) przeprowadzane będzie sekwencjonowanie całego egzomu (WES).
Wszyscy pacjenci zostaną poddani sekwencjonowaniu egzomu i będą postępować zgodnie z tymi samymi procedurami.
|
Badacze będą przyjmowali kobiety w ciąży z wadami płodu wykrytymi w badaniu USG.
Do pacjentek będzie podchodził specjalista matczyno-płodowy, który udzielił pacjentce porady w sprawie wykrytej wady płodu.
Pisemna świadoma zgoda zostanie uzyskana przez prenatalnego doradcę genetycznego.
Wielu pacjentów zostanie poddanych prenatalnym badaniom diagnostycznym w zewnętrznym laboratorium; w takich przypadkach do celów tego badania zostaną użyte komórki lub wyekstrahowany DNA z oryginalnej próbki płodu.
Proces uzyskiwania zgody na prenatalny WES będzie obejmował doradztwo przed badaniem oraz możliwość wyboru, czy otrzymać niepewne wyniki i ustalenia wtórne.
Po przeprowadzeniu sekwencjonowania całego egzomu wyniki zostaną udostępnione rodzicom.
Pacjentom zapewniona zostanie rutynowa opieka medyczna.
W ramach badań zbadana zostanie skuteczność sekwencjonowania jako narzędzia dostarczania informacji genetycznych rodzicom, gdy badanie prenatalne ujawni płód z anomalią strukturalną.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
---|---|---|
Wydajność diagnostyczna eksomu prenatalnego u pacjentów z wadami strukturalnymi płodu
Ramy czasowe: Kontrolę przeprowadzono po 6 miesiącach od zwrotu wyników egzom.
|
Liczba pacjentek prenatalnych (ciąż z anomalią strukturalną), które uzyskały pozytywny wynik egzomu wśród tych, które miały wykonany test egzomu.
Dodatni wynik egzomu definiuje się jako identyfikację definitywnych lub prawdopodobnych pozytywnych wariantów, które wyjaśniają fenotyp prenatalny.
|
Kontrolę przeprowadzono po 6 miesiącach od zwrotu wyników egzom.
|
Współpracownicy i badacze
Śledczy
- Główny śledczy: Mary Norton, MD, University of California, San Francisco
Publikacje i pomocne linki
Publikacje ogólne
- Yang Y, Muzny DM, Reid JG, Bainbridge MN, Willis A, Ward PA, Braxton A, Beuten J, Xia F, Niu Z, Hardison M, Person R, Bekheirnia MR, Leduc MS, Kirby A, Pham P, Scull J, Wang M, Ding Y, Plon SE, Lupski JR, Beaudet AL, Gibbs RA, Eng CM. Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med. 2013 Oct 17;369(16):1502-11. doi: 10.1056/NEJMoa1306555. Epub 2013 Oct 2.
- Rego S, Hoban H, Outram S, Zamora AN, Chen F, Sahin-Hodoglugil N, Anguiano B, Norstad M, Yip T, Lianoglou B, Sparks TN, Norton ME, Koenig BA, Slavotinek AM, Ackerman SL. Perspectives and preferences regarding genomic secondary findings in underrepresented prenatal and pediatric populations: A mixed-methods approach. Genet Med. 2022 Jun;24(6):1206-1216. doi: 10.1016/j.gim.2022.02.004. Epub 2022 Apr 8.
- Norton ME, Rink BD. Changing indications for invasive testing in an era of improved screening. Semin Perinatol. 2016 Feb;40(1):56-66. doi: 10.1053/j.semperi.2015.11.008. Epub 2015 Dec 24.
- Cowan RS. Aspects of the history of prenatal diagnosis. Fetal Diagn Ther. 1993 Apr;8(Suppl. 1):10-7. doi: 10.1159/000263869.
- Chervenak FA, McCullough LB. Ethical issues in perinatal genetics. Semin Fetal Neonatal Med. 2011 Apr;16(2):70-3. doi: 10.1016/j.siny.2010.10.004. Epub 2010 Nov 3.
- Donley G, Hull SC, Berkman BE. Prenatal whole genome sequencing: just because we can, should we? Hastings Cent Rep. 2012 Jul-Aug;42(4):28-40. doi: 10.1002/hast.50. Epub 2012 Jun 20.
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Ukończenie studiów (Rzeczywisty)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- 17-22420
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .
Badania kliniczne na Anomalie szkieletowe
-
AEterna ZentarisSarcoma Alliance for Research through CollaborationZakończonyChrzęstniakomięsaki | Mięsaki miękkiej części pęcherzyków płucnych | Extra Skeletal Myxoid Chondrosarcomas
Badania kliniczne na Sekwencjonowanie całego egzomu (WES)
-
Hospices Civils de LyonNieznany