ADN circulant dans le NSCLC traité chirurgicalement

La biopsie liquide plasmatique est un outil de diagnostic non invasif en émergence rapide qui pourrait être utilisé comme substitut de la biopsie tumorale ou de l'activité de la maladie. L'ADN acellulaire circulant (cfDNA) est un court fragment d'ADN double brin présent dans le sang. Des techniques spécifiques aux mutations ultrasensibles basées sur l'analyse de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) sont nécessaires pour détecter les mutations et les altérations dans les cellules tumorales en circulation. Les premières études basées sur un petit nombre de patients indiquent que les analyses d'ADNct pourraient être utilisées pour les tests moléculaires, la détection du cancer, la substitution de la charge ou de l'activité tumorale et le suivi du traitement des tumeurs solides.

Dans la présente étude, le rôle de l'ADNct du plasma chez les patients atteints de CPNPC à un stade précoce traités chirurgicalement sera étudié. Les enquêteurs visent à collecter une cohorte prospective d'une centaine de patients avec des échantillons préopératoires et de suivi ainsi qu'un échantillon de tissu diagnostique. Les enquêteurs émettent l'hypothèse que des échantillons longitudinaux d'ADNct pourraient être utilisés comme marqueur pronostique de récidive et de survie. La découverte d'ADNct positif post-chirurgical pourrait nous aider à identifier les patients qui bénéficieraient d'une chimiothérapie adjuvante avant la récidive clinique.

Conception de l'étude et considérations éthiques

Il s'agit d'une étude prospective, non interventionnelle, à un seul bras qui sera menée en collaboration avec Helsinki Biobank. On estime qu'une cohorte de 100 patients fournira une taille d'échantillon suffisante, car 30 à 40 % développeront une récidive au cours des 5 ans de suivi. Un accord préliminaire avec Helsinki Biobank concernant la collecte et le stockage des échantillons a été conclu. Il n'y aura pas de rendez-vous d'étude supplémentaires car toutes les visites de contrôle et les échantillons d'étude sont programmés selon le protocole clinique normal. Les patients seront recrutés du 1.5.2019 au 31.12.2020. Les patients recrutés fourniront à la fois un consentement éclairé écrit pour cette étude et un consentement d'Helsinki Biobank qui couvre le plasma et les échantillons chirurgicaux. Les participants peuvent retirer leur consentement à tout moment de l'étude. Les échantillons de la Biobanque seront prélevés simultanément avec les échantillons cliniques, minimisant ainsi les dommages supplémentaires pour les participants. Une autorisation du comité d'examen de l'établissement de l'hôpital universitaire d'Helsinki (HUS) (HUS 60/2019) et une déclaration éthique ont été accordées (455/2019). L'étude sera menée conformément à la Déclaration d'Helsinki.

Les patients

Les patients sont recrutés avant la chirurgie à partir de la réunion préopératoire de l'équipe multidisciplinaire (EMD). Les critères d'inclusion dans cette étude sont les CPNPC histologiquement confirmés éligibles pour un traitement chirurgical et naïfs pour les traitements oncologiques systémiques avec soit un tissu fixé au formol inclus en paraffine, soit un échantillon de tissu frais congelé disponible.

Les données cliniques des patients seront collectées à partir des dossiers médicaux électroniques (DME) à chaque instant (par ex. préopératoire, opératoire, suivi). Chaque patient est évalué lors de réunions MDT avant et après la chirurgie, où le stade clinique et pathologique est déterminé. De plus, le rapport consolidation radiologique/tumeur sera calculé à partir des tomodensitogrammes (TDM) préopératoires. Ces données seront transférées dans une base de données électronique sécurisée et certifiée (Granitics Unify Med) accessible uniquement aux chercheurs du groupe.

Prélèvement d'échantillons de sang et de tissus

Les échantillons de sang et de tissus seront prélevés en même temps que les échantillons cliniques. Les enquêteurs visent à collecter des échantillons de tissus prélevés chirurgicalement ainsi que des échantillons de cfDNA préopératoires et de suivi de tous les patients. En plus des échantillons chirurgicaux, des échantillons de tissus seront prélevés sur des lésions métastatiques, y compris des échantillons d'autopsie chez des patients décédés. S'il n'a pas déjà été prélevé, l'échantillon de sang standard de la Biobank sera prélevé simultanément aux échantillons préopératoires.

Des échantillons de plasma seront prélevés au moment des prélèvements sanguins cliniques du patient. Un échantillon préopératoire sera prélevé 1 à 2 jours avant la chirurgie. Le premier échantillon de suivi postopératoire sera prélevé lors de la visite chirurgicale 4 à 6 semaines après l'opération. Les deuxième et troisième échantillons de suivi seront prélevés à 6 et 12 mois lors de la visite de suivi clinique. À chaque instant, des échantillons de cfDNA seront collectés dans des tubes de collecte spécialisés en double contenant des fixateurs pour stabiliser l'ADN de la fragmentation (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT). L'échantillon de sang sera centrifugé pour extraire le plasma. Les échantillons de plasma et de tissus seront stockés à -80 degrés Celsius à la biobanque d'Helsinki.

Résultats de l'étude Les mutations préopératoires de l'ADNct seront associées à des paramètres cliniquement importants tels que la survie sans maladie, la taille de la tumeur, l'histologie, le stade TNM et la survie globale. La récidive clinique du cancer sera obtenue à partir de prélèvements radiologiques ou de tissus tumoraux. La survie sans maladie sera évaluée de la chirurgie à la récidive de la maladie lors des réunions MDT ou au décès. La survie globale est évaluée de la chirurgie au décès quelle qu'en soit la cause.

Analyse génétique

L'analyse quantitative et spécifique de l'ADNc sera effectuée via un panel de génomes tumoraux/exomes somatiques comprenant un panel de 23 000 gènes avec 50 millions de bases. L'isolement de l'ADN germinal sera effectué à partir de la couche leucocytaire prélevée sur l'échantillon de sang des patients (B-Bio-0). Premièrement, pour obtenir de véritables mutations somatiques, la variation germinale est supprimée de l'ADNct. Deuxièmement, l'ADNct sera comparé aux mutations de l'ADN des tissus tumoraux pour exclure les faux positifs. Troisièmement, des mutations similaires ou nouvelles collectées à partir d'échantillons de suivi seront utilisées pour détecter une maladie résiduelle post-chirurgicale ou une récidive du cancer.

Le séquençage sera effectué en collaboration avec l'Institut de médecine moléculaire de Finlande (FIMM), avec leur panel de gènes exclusif.