外科的に治療されたNSCLCにおける循環DNA

血漿液体生検は、腫瘍生検または疾患活動の代理として使用できる非侵襲的診断ツールとして急速に発展しています。 循環セルフリー DNA (cfDNA) は、血液中に存在する短い断片の二本鎖 DNA です。 ポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) 分析に基づく超高感度突然変異特定技術は、循環腫瘍細胞の突然変異と変化を検出するために必要です。 少数の患者に基づく初期の研究では、ctDNA 分析が分子検査、がんの検出、腫瘍量または活動の代理、および固形腫瘍の治療モニタリングに使用できることが示されています。

現在の研究では、外科的に治療された初期段階の NSCLC 患者における血漿由来の ctDNA の役割が調査されます。 研究者は、術前およびフォローアップのサンプルと診断​​用組織標本を使用して、100 人の患者の前向きコホートを収集することを目指しています。 研究者らは、縦方向の ctDNA サンプルが再発と生存の予後マーカーとして使用できるという仮説を立てています。 術後の陽性ctDNAを見つけることは、臨床的再発の前に補助化学療法の恩恵を受ける患者を特定するのに役立つ可能性があります.

研究デザインと倫理的配慮

これは、ヘルシンキ バイオバンクと共同で実施される前向き非介入単群試験です。 5 年間のフォローアップ中に 30 ～ 40% が再発するため、100 人の患者のコホートで十分なサンプル サイズが提供されると推定されます。 サンプルの収集と保管に関するヘルシンキ バイオバンクとの予備的な合意がなされました。 すべてのコントロール訪問と研究サンプルは通常の臨床プロトコルに従ってスケジュールされるため、追加の研究予定はありません。 患者は、2019 年 1 月 5 日から 2020 年 12 月 31 日まで募集されます。 募集された患者は、この研究のための書面によるインフォームドコンセントと、血漿および外科的サンプルをカバーするヘルシンキバイオバンクの同意の両方を提供します。 参加者は、研究中いつでも同意を取り消すことができます。 バイオバンクのサンプルは臨床サンプルと同時に採取され、参加者への追加の害を最小限に抑えます。 ヘルシンキ大学病院 (HUS) 機関審査委員会の許可 (HUS 60/2019) と倫理声明が付与されています (455/2019)。 この研究は、ヘルシンキ宣言に従って実施されます。

忍耐

患者は、術前の集学的チーム (MDT) ミーティングから手術前に募集されます。 この研究への包含基準は、組織学的に確認された NSCLC が外科的治療に適格であり、ホルマリン固定パラフィン包埋組織または利用可能な新鮮凍結組織サンプルのいずれかを使用した全身腫瘍学的治療のナイーブです。

臨床患者データは、各時点で電子医療記録 (EMR) から収集されます (例: 術前、手術、フォローアップ）。 各患者は手術の前後に MDT ミーティングで評価され、臨床段階と病理学的段階の両方が決定されます。 さらに、術前のコンピュータ断層撮影（CT）スキャンから、放射線学的硬化/腫瘍比が計算されます。 このデータは、グループの研究者のみがアクセスできる、安全で認定された電子データベース (Granitics Unify Med) に転送されます。

血液および組織サンプルの採取

血液と組織のサンプルは、臨床サンプルと同時に採取されます。 研究者は、すべての患者から手術前およびフォローアップの cfDNA サンプルだけでなく、外科的に除去された組織サンプルを収集することを目指しています。 外科的サンプルに加えて、死亡した患者の剖検サンプルを含む転移性病変から組織サンプルが収集されます。 まだ採取されていない場合は、標準バイオバンク血液サンプルが術前サンプルと同時に採取されます。

血漿サンプルは、患者の臨床血液サンプルの時点で採取されます。 術前サンプルは、手術の 1 ～ 2 日前に採取されます。 手術後の最初のフォローアップサンプルは、手術後4〜6週間の外科訪問時に採取されます。 2回目と3回目のフォローアップサンプルは、臨床フォローアップ訪問中に6か月と12か月に採取されます。 各時点で、断片化から DNA を安定化するための固定剤を含む複製専用コレクション チューブに cfDNA サンプルを収集します (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT)。 血液サンプルを遠心分離して血漿を抽出します。 血漿および組織サンプルは、ヘルシンキ バイオバンクで摂氏 -80 度で保存されます。

試験結果 術前の ctDNA 変異は、無病生存、腫瘍サイズ、組織学、TNM ステージ、全生存などの臨床的に重要なエンドポイントと一致します。 臨床的な癌の再発は、放射線または腫瘍組織サンプルから得られます。 無病生存率は、手術からMDT会議での疾患の再発または死亡まで評価されます。 全生存率は、手術から何らかの原因による死亡まで評価されます。

遺伝子解析

定量的および突然変異特異的な ctDNA 分析は、5,000 万塩基の 23,000 遺伝子パネルを含む腫瘍/体細胞エクソームゲノムパネルを介して行われます。 生殖細胞系 DNA の分離は、患者の血液サンプル (B-Bio-0) から採取されたバフィーコートから行われます。 まず、真の体細胞変異を達成するために、ctDNA から生殖細胞変異が削除されます。 次に、ctDNA を腫瘍組織の DNA 変異と比較して、偽陽性の所見を排除します。 第三に、フォロー アップのサンプルから収集された同様のまたは新しい突然変異は、術後の残存疾患または癌の再発を検出するために使用されます。

シーケンスはフィンランド分子医学研究所 (FIMM) と共同で行われ、FIMM 独自の遺伝子パネリングが行われます。