Sirkulerende DNA i kirurgisk behandlet NSCLC

Plasma flytende biopsi er et raskt voksende ikke-invasivt diagnostisk verktøy som kan brukes som et surrogat for tumorbiopsi eller sykdomsaktivitet. Sirkulerende cellefritt DNA (cfDNA) er et kort fragment av dobbelttrådet DNA som er tilstede i blod. Ultrasensitive mutasjonsspesifikke teknikker basert på polymerasekjedereaksjon (PCR) analyse er nødvendig for å oppdage mutasjoner og endringer i sirkulerende tumorceller. Tidlige studier basert på et lite antall pasienter indikerer at ctDNA-analyser kan brukes til molekylær testing, kreftdeteksjon, surrogat for tumorbelastning eller -aktivitet og behandlingsovervåking i solide svulster.

I den nåværende studien vil rollen til ctDNA fra plasma hos kirurgisk behandlede NSCLC-pasienter i tidlig stadium bli undersøkt. Etterforskerne tar sikte på å samle inn en prospektiv kohort på hundre pasienter med preoperative og oppfølgingsprøver samt diagnostiske vevsprøver. Etterforskerne antar at longitudinelle ctDNA-prøver kan brukes som prognostisk markør for tilbakefall og overlevelse. Å finne postkirurgisk positiv ctDNA kan hjelpe oss med å identifisere pasienter som vil ha nytte av adjuvant kjemoterapi før klinisk tilbakefall.

Studiedesign og etiske hensyn

Dette er en prospektiv, ikke-intervensjonell, enarmsstudie som vil bli utført i samarbeid med Helsinki Biobank. Det er anslått at en kohort på 100 pasienter vil gi rikelig utvalg, ettersom 30-40 % vil utvikle et tilbakefall i løpet av 5 års oppfølging. Det er inngått en foreløpig avtale med Helsinki Biobank om prøveinnsamling og lagring. Det vil ikke være flere studieavtaler ettersom alle kontrollbesøk og studieprøver er planlagt i henhold til normal klinisk protokoll. Pasientene vil bli rekruttert fra 1.5.2019 til 31.12.2020. De rekrutterte pasientene vil gi både et skriftlig informert samtykke for denne studien og et Helsinki Biobank-samtykke som dekker plasma- og kirurgiske prøver. Deltakerne kan trekke tilbake samtykket når som helst under studien. Biobankprøvene vil bli tatt samtidig med kliniske prøver, noe som minimerer ytterligere skade på deltakerne. En tillatelse fra en Helsingfors universitetssykehus (HUS) institusjonsvurderingskomité (HUS 60/2019) og etisk erklæring har blitt gitt (455/2019). Studien vil bli utført i samsvar med Helsinki-erklæringen.

Pasienter

Pasientene rekrutteres før operasjonen fra preoperativt multidisiplinært team (MDT) møte. Inklusjonskriteriene i denne studien er histologisk bekreftet NSCLC som er kvalifisert for kirurgisk behandling og naive for systemiske onkologiske behandlinger med enten formalinfiksert parafininnstøpt vev eller fersk frossen vevsprøve tilgjengelig.

De kliniske pasientdataene vil bli samlet inn fra elektroniske medisinske journaler (EMR) på hvert tidspunkt (f. preoperativ, operativ, oppfølging). Hver pasient blir evaluert i MDT-møter før og etter operasjonen, hvor både det kliniske og det patologiske stadiet bestemmes. I tillegg vil radiologisk konsolidering/tumorratio bli beregnet fra preoperativ datatomografi (CT)-skanning. Disse dataene vil bli overført til en sikker, sertifisert elektronisk database (Granitics Unify Med) med tilgang kun av gruppeforskere.

Innsamling av blod- og vevsprøver

Blod- og vevsprøvene vil bli tatt samtidig med kliniske prøver. Etterforskerne tar sikte på å samle inn kirurgisk fjernede vevsprøver samt preoperative og oppfølgende cfDNA-prøver fra alle pasienter. I tillegg til kirurgiske prøver vil det bli tatt vevsprøver fra metastatiske lesjoner inkludert obduksjonsprøver hos avdøde pasienter. Hvis den ikke allerede er tatt, vil standard Biobank-blodprøve bli tatt samtidig med preoperative prøver.

Plasmaprøver vil bli tatt på tidspunktet for pasientens kliniske blodprøver. En preoperativ prøve vil bli tatt 1-2 dager før operasjonen. Den første postoperative oppfølgingsprøven tas ved operasjonsbesøket 4-6 uker etter operasjonen. Den andre og tredje oppfølgingsprøven vil bli tatt etter 6 og 12 måneder under klinisk oppfølgingsbesøk. På hvert tidspunkt vil cfDNA-prøver samles inn i dupliserte spesialiserte oppsamlingsrør som inneholder fikseringsmidler for å stabilisere DNA fra fragmentering (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT). Blodprøven vil bli sentrifugert for å trekke ut plasma. Plasma- og vevsprøver vil bli lagret ved -80 celsius i Helsinki Biobank.

Studieresultater Preoperative ctDNA-mutasjoner vil bli matchet til klinisk viktige endepunkter som sykdomsfri overlevelse, tumorstørrelse, histologi, TNM-stadium og total overlevelse. Det kliniske kreftresidivet vil bli hentet fra radiologiske eller tumorvevsprøver. Sykdomsfri overlevelse vil bli vurdert fra operasjon til sykdomsresidiv i MDT-møter eller død. Total overlevelse vurderes fra operasjon til død som følge av en hvilken som helst årsak.

Genetisk analyse

Kvantitativ og mutasjonsspesifikk ctDNA-analyse vil bli gjort via tumor/somatisk eksomgenompanel som inkluderer 23.000 genpanel med 50 millioner baser. Germline DNA-isolering vil bli gjort fra buffy coat tatt fra pasientens blodprøve (B-Bio-0). For det første, for å oppnå ekte somatiske mutasjoner, slettes kimlinjevariasjonen fra ctDNA. For det andre vil ctDNA sammenlignes med tumorvevs-DNA-mutasjoner for å utelukke falske positive funn. For det tredje vil lignende eller nye mutasjoner samlet inn fra oppfølgingsprøver bli brukt til å oppdage postkirurgisk restsykdom eller tilbakefall av kreft.

Sekvenseringen vil bli gjort i samarbeid med Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM), med deres proprietære genpanel.