Cirkulerande DNA i kirurgiskt behandlad NSCLC

Plasma flytande biopsi är ett snabbt växande icke-invasivt diagnostiskt verktyg som kan användas som ett surrogat för tumörbiopsi eller sjukdomsaktivitet. Cirkulerande cellfritt DNA (cfDNA) är ett kort fragment av dubbelsträngat DNA som finns i blodet. Ultrakänsliga mutationsspecifika tekniker baserade på polymeraskedjereaktionsanalys (PCR) krävs för att detektera mutationer och förändringar i cirkulerande tumörceller. Tidiga studier baserade på ett litet antal patienter tyder på att ctDNA-analyser skulle kunna användas för molekylär testning, cancerdetektering, surrogat för tumörbörda eller aktivitet och behandlingsövervakning i solida tumörer.

I den aktuella studien kommer rollen av ctDNA från plasma i kirurgiskt behandlade NSCLC-patienter i tidigt stadium att undersökas. Utredarna siktar på att samla in en potentiell kohort på hundra patienter med preoperativa och uppföljande prover samt diagnostiska vävnadsprover. Utredarna antar att longitudinella ctDNA-prover skulle kunna användas som prognostisk markör för återfall och överlevnad. Att hitta postkirurgiskt positivt ctDNA kan hjälpa oss att identifiera patienter som skulle dra nytta av adjuvant kemoterapi innan kliniskt återfall.

Studiedesign och etiska överväganden

Detta är en prospektiv, icke-interventionell enarmsstudie som kommer att genomföras i samarbete med Helsingfors Biobank. Det uppskattas att en kohort på 100 patienter kommer att ge en stor urvalsstorlek, eftersom 30-40 % kommer att utveckla ett återfall under den 5-åriga uppföljningen. En preliminär överenskommelse med Helsingfors Biobank om provtagning och förvaring har träffats. Det kommer inga ytterligare studiebesök eftersom alla kontrollbesök och studieprover är schemalagda enligt normalt kliniskt protokoll. Patienterna kommer att rekryteras från 1.5.2019 till 31.12.2020. De rekryterade patienterna kommer att ge både ett skriftligt informerat samtycke för denna studie och ett samtycke från Helsingfors Biobank som omfattar plasma- och kirurgiska prover. Deltagarna kan dra tillbaka samtycket när som helst under studien. Biobanksproverna kommer att tas samtidigt med kliniska prover, vilket minimerar ytterligare skada för deltagarna. Tillstånd från Helsingfors Universitetssjukhus (HUS) tillstånd (HUS 60/2019) och etiskt utlåtande har beviljats ​​(455/2019). Studien kommer att genomföras i enlighet med Helsingforsdeklarationen.

Patienter

Patienterna rekryteras innan operationen från preoperativ multidisciplinary team (MDT) möte. Inklusionskriterierna i denna studie är histologiskt bekräftad NSCLC kvalificerad för kirurgisk behandling och naiva för systemiska onkologiska behandlingar med antingen formalinfixerad paraffininbäddad vävnad eller färskfryst vävnadsprov tillgängligt.

De kliniska patientuppgifterna kommer att samlas in från elektroniska journaler (EMR) vid varje tidpunkt (t.ex. preoperativ, operativ, uppföljning). Varje patient utvärderas i MDT-möten före och efter operationen, där både det kliniska och det patologiska stadiet bestäms. Dessutom kommer radiologisk konsolidering/tumörkvot att beräknas från preoperativ datortomografi (CT) skanningar. Dessa data kommer att överföras till en säker, certifierad elektronisk databas (Granitics Unify Med) med åtkomst endast av gruppforskare.

Blod- och vävnadsprovtagning

Blod- och vävnadsprover kommer att tas samtidigt med kliniska prover. Utredarna syftar till att samla in kirurgiskt avlägsnade vävnadsprover samt preoperativa och uppföljande cfDNA-prover från alla patienter. Utöver kirurgiska prover kommer vävnadsprover att samlas in från metastaserande lesioner inklusive obduktionsprover på avlidna patienter. Om det inte redan tagits, kommer standardblodprovet från Biobank att tas samtidigt med preoperativa prover.

Plasmaprover kommer att tas vid tidpunkten för patientens kliniska blodprov. Ett preoperativt prov tas 1-2 dagar före operationen. Det första postoperativa uppföljningsprovet tas vid operationsbesöket 4-6 veckor efter operationen. Det andra och tredje uppföljningsprovet kommer att tas vid 6 och 12 månader under det kliniska uppföljningsbesöket. Vid varje tidpunkt kommer cfDNA-prover att samlas in i dubbla specialiserade uppsamlingsrör som innehåller fixativ för att stabilisera DNA från fragmentering (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT). Blodprov kommer att centrifugeras för att extrahera plasma. Plasma- och vävnadsprover kommer att förvaras vid -80 grader Celsius i Helsingfors Biobank.

Studieresultat Preoperativa ctDNA-mutationer kommer att matchas till kliniskt viktiga effektmått såsom sjukdomsfri överlevnad, tumörstorlek, histologi, TNM-stadium och total överlevnad. Det kliniska cancerrecidivet kommer att erhållas från radiologiska eller tumörvävnadsprover. Sjukdomsfri överlevnad kommer att bedömas från operation till sjukdomsrecidiv vid MDT-möten eller dödsfall. Den totala överlevnaden bedöms från operation till död som ett resultat av vilken orsak som helst.

Genetisk analys

Kvantitativ och mutationsspecifik ctDNA-analys kommer att göras via tumör/somatisk exom-genompanel som inkluderar 23 000 genpanel med 50 miljoner baser. Germline DNA-isolering kommer att göras från buffy coat som tagits från patientens blodprov (B-Bio-0). För det första, för att uppnå sanna somatiska mutationer, raderas könslinjevariationen från ctDNA. För det andra kommer ctDNA att jämföras med tumörvävnads-DNA-mutationer för att utesluta falskt positiva fynd. För det tredje kommer liknande eller nya mutationer som samlats in från uppföljningsprover att användas för att upptäcka kvarvarande sjukdom efter operation eller återfall av cancer.

Sekvenseringen kommer att göras i samarbete med Institutet för molekylär medicin Finland (FIMM), med deras egenutvecklade genpaneler.