Циркулирующая ДНК при хирургическом лечении НМРЛ

Жидкостная биопсия плазмы является быстро развивающимся неинвазивным диагностическим инструментом, который можно использовать в качестве замены биопсии опухоли или активности заболевания. Циркулирующая внеклеточная ДНК (вкДНК) представляет собой короткий фрагмент двухцепочечной ДНК, присутствующий в крови. Для обнаружения мутаций и изменений в циркулирующих опухолевых клетках необходимы сверхчувствительные методы, специфичные для мутаций, основанные на анализе полимеразной цепной реакции (ПЦР). Ранние исследования, основанные на небольшом количестве пациентов, показывают, что анализы цДНК могут использоваться для молекулярного тестирования, обнаружения рака, суррогатных показателей опухолевой массы или активности, а также для мониторинга лечения при солидных опухолях.

В текущем исследовании будет изучена роль цтДНК из плазмы у пациентов с ранними стадиями НМРЛ, подвергшихся хирургическому лечению. Исследователи стремятся собрать предполагаемую когорту из ста пациентов с предоперационными и последующими образцами, а также диагностическими образцами тканей. Исследователи предполагают, что продольные образцы ctDNA могут использоваться в качестве прогностического маркера рецидива и выживания. Обнаружение послеоперационной положительной ctDNA может помочь нам выявить пациентов, которым будет полезна адъювантная химиотерапия до клинического рецидива.

Дизайн исследования и этические соображения

Это проспективное неинтервенционное исследование одной группы, которое будет проводиться в сотрудничестве с Хельсинкским биобанком. Подсчитано, что когорта из 100 пациентов обеспечит достаточный размер выборки, поскольку у 30-40% разовьется рецидив в течение 5 лет наблюдения. Заключена предварительная договоренность с Helsinki Biobank о сборе и хранении образцов. Дополнительных визитов для исследования не будет, так как все контрольные визиты и образцы для исследования запланированы в соответствии с обычным клиническим протоколом. Набор пациентов будет осуществляться с 01.05.2019 по 31.12.2020. Набранные пациенты предоставят как письменное информированное согласие на это исследование, так и согласие Хельсинкского биобанка, которое распространяется на плазму и хирургические образцы. Участники могут отозвать согласие в любой момент исследования. Образцы биобанка будут взяты одновременно с клиническими образцами, что сведет к минимуму дополнительный вред для участников. Получено разрешение Наблюдательного совета Хельсинкской университетской больницы (HUS) (HUS 60/2019) и этическое заявление (455/2019). Исследование будет проводиться в соответствии с Хельсинкской декларацией.

Пациенты

Пациенты набираются до операции на собрании предоперационной мультидисциплинарной бригады (MDT). Критериями включения в это исследование являются гистологически подтвержденный НМРЛ, пригодный для хирургического лечения и наивный для системного онкологического лечения с использованием либо фиксированной формалином ткани, залитой парафином, либо образца свежезамороженной ткани.

Клинические данные пациента будут собираться из электронных медицинских карт (EMR) в каждый момент времени (например, предоперационный, оперативный, послеоперационный). Каждый пациент оценивается на заседаниях MDT до и после операции, где определяется как клиническая, так и патологическая стадия. Кроме того, соотношение радиологических консолидаций/опухолей будет рассчитываться на основе предоперационной компьютерной томографии (КТ). Эти данные будут переданы в безопасную сертифицированную электронную базу данных (Granitics Unify Med) с доступом только для группы исследователей.

Сбор образцов крови и тканей

Образцы крови и тканей будут взяты одновременно с клиническими образцами. Исследователи стремятся собрать образцы тканей, удаленных хирургическим путем, а также предоперационные и последующие образцы вкДНК у всех пациентов. В дополнение к хирургическим образцам будут взяты образцы тканей из метастатических поражений, включая образцы вскрытия умерших пациентов. Стандартный образец крови Biobank, если он еще не взят, будет взят одновременно с предоперационными образцами.

Образцы плазмы будут взяты во время клинических образцов крови пациента. Предоперационный образец будет взят за 1-2 дня до операции. Первый послеоперационный контрольный образец будет взят во время хирургического визита через 4-6 недель после операции. Второй и третий контрольные образцы будут взяты через 6 и 12 месяцев во время контрольного клинического визита. В каждый момент времени образцы вкДНК будут собираться в дубликаты специализированных пробирок для сбора, содержащих фиксаторы для стабилизации ДНК от фрагментации (2 x 10 мл Streck cfDNA BCT). Образец крови будет центрифугирован для извлечения плазмы. Образцы плазмы и тканей будут храниться при температуре -80 по Цельсию в Хельсинкском биобанке.

Результаты исследования Предоперационные мутации ctDNA будут сопоставлены с клинически важными конечными точками, такими как безрецидивная выживаемость, размер опухоли, гистология, стадия TNM и общая выживаемость. Клинический рецидив рака будет получен из рентгенологических образцов или образцов опухолевой ткани. Безрецидивная выживаемость будет оцениваться от операции до рецидива заболевания на встречах MDT или смерти. Общая выживаемость оценивается от операции до смерти по любой причине.

Генетический анализ

Количественный и специфический для мутаций анализ цДНК будет проводиться с помощью панели генома опухоли/соматического экзома, которая включает панель 23 000 генов с 50 миллионами оснований. Выделение ДНК зародышевой линии будет производиться из лейкоцитарной пленки, взятой из образца крови пациентов (B-Bio-0). Во-первых, для достижения истинных соматических мутаций зародышевая вариация удаляется из ctDNA. Во-вторых, ctDNA будет сравниваться с мутациями ДНК опухолевой ткани, чтобы исключить ложноположительные результаты. В-третьих, аналогичные или новые мутации, собранные из контрольных образцов, будут использоваться для выявления послеоперационного остаточного заболевания или рецидива рака.

Секвенирование будет проводиться в сотрудничестве с Институтом молекулярной медицины Финляндии (FIMM) с их собственной генной панелью.