Cirkulerende DNA i kirurgisk behandlet NSCLC

Plasma flydende biopsi er et hurtigt voksende ikke-invasivt diagnostisk værktøj, der kan bruges som et surrogat for tumorbiopsi eller sygdomsaktivitet. Cirkulerende cellefrit DNA (cfDNA) er kort fragment dobbeltstrenget DNA, der er til stede i blod. Ultrasensitive mutationsspecifikke teknikker baseret på polymerasekædereaktion (PCR)-analyse er nødvendige for at påvise mutationer og ændringer i cirkulerende tumorceller. Tidlige undersøgelser baseret på et lille antal patienter indikerer, at ctDNA-analyser kunne bruges til molekylær testning, cancerdetektion, surrogat for tumorbyrde eller aktivitet og behandlingsmonitorering i solide tumorer.

I det aktuelle studie vil ctDNA's rolle fra plasma i kirurgisk behandlede tidligt stadium NSCLC-patienter blive undersøgt. Efterforskerne sigter mod at indsamle en prospektiv kohorte på hundrede patienter med præoperative og opfølgende prøver samt diagnostiske vævsprøver. Forskerne antager, at longitudinelle ctDNA-prøver kan bruges som prognostisk markør for tilbagefald og overlevelse. At finde postkirurgisk positivt ctDNA kunne hjælpe os med at identificere patienter, der ville have gavn af adjuverende kemoterapi før klinisk tilbagefald.

Studiedesign og etiske overvejelser

Dette er en prospektiv, ikke-interventionel, enkeltarmsundersøgelse, der vil blive udført i samarbejde med Helsinki Biobank. Det anslås, at en kohorte på 100 patienter vil give rigelig stikprøvestørrelse, da 30-40 % vil udvikle et recidiv i løbet af den 5-årige opfølgning. Der er indgået en foreløbig aftale med Helsinki Biobank om prøveindsamling og opbevaring. Der vil ikke være yderligere undersøgelsesaftaler, da alle kontrolbesøg og undersøgelsesprøver er planlagt i henhold til normal klinisk protokol. Patienterne vil blive rekrutteret fra 1.5.2019 til 31.12.2020. De rekrutterede patienter vil give både et skriftligt informeret samtykke til denne undersøgelse og et Helsinki Biobank-samtykke, der dækker plasma- og kirurgiske prøver. Deltagerne kan trække samtykket tilbage på et hvilket som helst tidspunkt af undersøgelsen. Biobankprøverne vil blive taget samtidigt med kliniske prøver, hvilket minimerer den yderligere skade på deltagerne. En Helsinki Universitetshospital (HUS) institutions tilladelse (HUS 60/2019) og etisk erklæring er blevet givet (455/2019). Undersøgelsen vil blive udført i overensstemmelse med Helsinki-erklæringen.

Patienter

Patienterne rekrutteres forud for operationen fra præoperativt multidisciplinært team (MDT) møde. Inklusionskriterierne i denne undersøgelse er histologisk bekræftet NSCLC, der er kvalificeret til kirurgisk behandling og naive til systemiske onkologiske behandlinger med enten formalinfikseret paraffinindlejret væv eller frisk frossen vævsprøve tilgængelig.

De kliniske patientdata vil blive indsamlet fra elektroniske lægejournaler (EMR) på hvert tidspunkt (f. præoperativ, operativ, opfølgning). Hver patient evalueres i MDT-møder før og efter operationen, hvor både det kliniske og det patologiske stadie bestemmes. Derudover vil radiologisk konsolidering/tumorforhold blive beregnet ud fra præoperative computertomografi (CT) scanninger. Disse data vil blive overført til en sikker, certificeret elektronisk database (Granitics Unify Med) med adgang kun for gruppeforskere.

Blod- og vævsprøvetagning

Blod- og vævsprøverne vil blive udtaget samtidigt med kliniske prøver. Efterforskerne sigter mod at indsamle kirurgisk fjernede vævsprøver samt præoperative og opfølgende cfDNA-prøver fra alle patienter. Ud over kirurgiske prøver vil der blive indsamlet vævsprøver fra metastatiske læsioner, herunder obduktionsprøver hos afdøde patienter. Hvis den ikke allerede er taget, vil standard Biobank-blodprøven blive taget samtidigt med præoperative prøver.

Plasmaprøver vil blive taget på tidspunktet for patientens kliniske blodprøver. En præoperativ prøve vil blive taget 1-2 dage før operationen. Den første postoperative opfølgningsprøve tages ved operationsbesøget 4-6 uger efter operationen. Den anden og tredje opfølgningsprøve vil blive taget efter 6 og 12 måneder under det kliniske opfølgningsbesøg. På hvert tidspunkt vil cfDNA-prøver blive opsamlet i duplikat specialiserede opsamlingsrør indeholdende fikseringsmidler for at stabilisere DNA fra fragmentering (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT). Blodprøven vil blive centrifugeret for at ekstrahere plasma. Plasma- og vævsprøver vil blive opbevaret ved -80 celsius i Helsinki Biobank.

Studieresultater Præoperative ctDNA-mutationer vil blive matchet til klinisk vigtige endepunkter såsom sygdomsfri overlevelse, tumorstørrelse, histologi, TNM-stadium og samlet overlevelse. Det kliniske kræfttilbagefald vil blive opnået fra radiologiske eller tumorvævsprøver. Sygdomsfri overlevelse vil blive vurderet fra operation til sygdomsgentagelse ved MDT-møder eller død. Samlet overlevelse vurderes fra operation til død som følge af enhver årsag.

Genetisk analyse

Kvantitativ og mutationsspecifik ctDNA-analyse vil blive lavet via tumor/somatisk exom-genompanel, der omfatter 23.000 genpanel med 50 millioner baser. Germline DNA-isolering vil blive udført fra buffy coat taget fra patientens blodprøve (B-Bio-0). For det første, for at opnå ægte somatiske mutationer, slettes kimlinjevariationen fra ctDNA'et. For det andet vil ctDNA blive sammenlignet med tumorvævs-DNA-mutationer for at udelukke falske positive fund. For det tredje vil lignende eller nye mutationer indsamlet fra opfølgningsprøver blive brugt til at påvise postkirurgisk resterende sygdom eller recidiv af cancer.

Sekvenseringen vil blive udført i samarbejde med Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM), med deres proprietære genpaneler.