외과적으로 치료된 NSCLC에서 순환하는 DNA

플라즈마 액체 생검은 종양 생검 또는 질병 활동을 위한 대용으로 사용될 수 있는 비침습적 진단 도구로 빠르게 부상하고 있습니다. 순환 무세포 DNA(cfDNA)는 혈액에 존재하는 짧은 단편 이중 가닥 DNA입니다. 순환하는 종양 세포에서 돌연변이 및 변형을 검출하기 위해서는 PCR(polymerase-chain-reaction) 분석에 기반한 초고감도 돌연변이 특이적 기술이 필요합니다. 소수의 환자를 대상으로 한 초기 연구는 ctDNA 분석이 분자 테스트, 암 검출, 종양 부하 또는 활동에 대한 대리, 고형 종양의 치료 모니터링에 사용될 수 있음을 나타냅니다.

현재 연구에서 외과적으로 치료된 초기 NSCLC 환자에서 혈장의 ctDNA의 역할을 조사할 것입니다. 수사관은 수술 전 및 후속 샘플과 진단 조직 표본을 사용하여 100명의 환자로 구성된 전향적 코호트를 수집하는 것을 목표로 합니다. 연구자들은 종방향 ctDNA 샘플이 재발 및 생존에 대한 예후 마커로 사용될 수 있다고 가정합니다. 수술 후 양성 ctDNA를 찾는 것은 임상 재발 전에 보조 화학 요법으로 혜택을 볼 환자를 식별하는 데 도움이 될 수 있습니다.

연구 설계 및 윤리적 고려 사항

이것은 Helsinki Biobank와 공동으로 수행될 전향적, 비개입적, 단일 부문 연구입니다. 30-40%가 5년 추적 기간 동안 재발할 것이기 때문에 100명의 환자 코호트가 충분한 표본 크기를 제공할 것으로 추정됩니다. 샘플 수집 및 보관에 대한 Helsinki Biobank와 예비 계약이 체결되었습니다. 모든 통제 방문 및 연구 샘플이 정상적인 임상 프로토콜에 따라 일정이 잡혀 있기 때문에 추가 연구 약속은 없을 것입니다. 환자는 2019년 1월 5일부터 2020년 12월 31일까지 모집됩니다. 모집된 환자는 이 연구에 대한 서면 동의서와 혈장 및 수술 샘플을 다루는 Helsinki Biobank 동의서를 모두 제공합니다. 참가자는 연구 중 언제든지 동의를 철회할 수 있습니다. Biobank 샘플은 임상 샘플과 동시에 채취되어 참여자에게 추가 피해를 최소화합니다. 헬싱키 대학 병원(HUS) 기관 검토 위원회 허가(HUS 60/2019) 및 윤리 선언문이 승인되었습니다(455/2019). 이 연구는 헬싱키 선언에 따라 수행됩니다.

환자

환자는 수술 전 다학제 팀(MDT) 회의에서 수술 전에 모집됩니다. 이 연구에 포함 기준은 조직학적으로 확인된 NSCLC가 외과적 치료에 적합하고 포르말린 고정 파라핀 포매 조직 또는 이용 가능한 신선한 냉동 조직 샘플을 사용한 전신 종양 치료에 순진한 것입니다.

임상 환자 데이터는 각 시점(예: 수술 전, 수술, 추적). 각 환자는 임상 및 병리학 단계가 모두 결정되는 수술 전후의 MDT 회의에서 평가됩니다. 또한 수술 전 컴퓨터 단층 촬영(CT) 스캔에서 방사선학적 경화/종양 비율을 계산합니다. 이 데이터는 그룹 연구원만 액세스할 수 있는 안전한 인증 전자 데이터베이스(Granitics Unify Med)로 전송됩니다.

혈액 및 조직 샘플 수집

혈액 및 조직 샘플은 임상 샘플과 동시에 채취됩니다. 연구자들은 수술로 제거된 조직 샘플과 모든 환자의 수술 전 및 후속 cfDNA 샘플을 수집하는 것을 목표로 합니다. 수술 샘플 외에도 사망한 환자의 부검 샘플을 포함하여 전이성 병변에서 조직 샘플을 수집합니다. 아직 채취하지 않은 경우 표준 Biobank 혈액 샘플을 수술 전 샘플과 동시에 채취합니다.

혈장 샘플은 환자의 임상 혈액 샘플을 채취할 때 채취됩니다. 수술 전 샘플은 수술 1~2일 전에 채취합니다. 첫 번째 수술 후 후속 샘플은 수술 후 4-6주 후에 외과 방문 시 채취됩니다. 2차 및 3차 후속 샘플은 임상 후속 방문 동안 6개월 및 12개월에 채취될 것이다. 각 시점에서 cfDNA 샘플은 단편화로부터 DNA를 안정화하기 위한 고정제가 포함된 이중 특수 수집 튜브에 수집됩니다(2 x 10ml Streck cfDNA BCT). 혈액 샘플을 원심분리하여 혈장을 추출합니다. 혈장 및 조직 샘플은 Helsinki Biobank에 -80 섭씨로 보관됩니다.

연구 결과 수술 전 ctDNA 돌연변이는 무병 생존, 종양 크기, 조직학, TNM 단계 및 전체 생존과 같은 임상적으로 중요한 종점과 일치될 것입니다. 임상 암 재발은 방사선 또는 종양 조직 샘플에서 얻을 수 있습니다. 질병 없는 생존은 MDT 회의에서 수술에서 질병 재발 또는 사망까지 평가됩니다. 전체 생존은 모든 원인의 결과로 수술에서 사망까지 평가됩니다.

유전자 분석

정량 및 돌연변이 특이적 ctDNA 분석은 5천만 개의 염기가 있는 23,000개의 유전자 패널을 포함하는 종양/체세포 엑솜 게놈 패널을 통해 이루어집니다. 생식계열 DNA 분리는 환자의 혈액 샘플(B-Bio-0)에서 채취한 버피 코트에서 수행됩니다. 첫째, 진정한 체세포 돌연변이를 달성하기 위해 생식계열 변이가 ctDNA에서 삭제됩니다. 둘째, ctDNA는 위양성 소견을 배제하기 위해 종양 조직 DNA 돌연변이와 비교될 것입니다. 셋째, 후속 샘플에서 수집된 유사하거나 새로운 돌연변이를 사용하여 수술 후 잔여 질병 또는 암 재발을 감지합니다.

시퀀싱은 독점적인 유전자 패널링을 통해 핀란드 분자의학연구소(FIMM)와 협력하여 수행됩니다.