Keringő DNS sebészetileg kezelt NSCLC-ben

A plazma folyékony biopszia gyorsan terjedő, nem invazív diagnosztikai eszköz, amely helyettesítőként használható a tumorbiopsziához vagy a betegség aktivitásához. A keringő sejtmentes DNS (cfDNS) egy rövid, kétszálú DNS fragmentum, amely a vérben jelen van. A keringő tumorsejtek mutációinak és elváltozásainak kimutatásához polimeráz-láncreakció (PCR) elemzésen alapuló ultraszenzitív mutáció-specifikus technikák szükségesek. A kisszámú betegen alapuló korai tanulmányok azt mutatják, hogy a ctDNS-elemzések felhasználhatók molekuláris tesztelésre, rák kimutatására, a tumorterhelés vagy aktivitás helyettesítésére, valamint szolid tumorok kezelésének monitorozására.

A jelen tanulmányban a plazmából származó ctDNS szerepét vizsgáljuk műtétileg kezelt korai stádiumú NSCLC betegekben. A kutatók célja, hogy egy száz fős leendő betegcsoportot gyűjtsenek össze preoperatív és követési mintákkal, valamint diagnosztikai szövetmintákkal. A kutatók azt feltételezik, hogy a longitudinális ctDNS-minták prognosztikai markereként használhatók a kiújulás és a túlélés szempontjából. A műtét utáni pozitív ctDNS megtalálása segíthet azonosítani azokat a betegeket, akiknél előnyös lenne az adjuváns kemoterápia a klinikai kiújulás előtt.

Tanulmánytervezés és etikai megfontolások

Ez egy prospektív, nem intervenciós, egykarú vizsgálat, amelyet a Helsinki Biobankkal együttműködve végeznek el. Becslések szerint a 100 betegből álló kohorsz bőséges mintát fog biztosítani, mivel az 5 éves követés során 30-40%-uk fog kiújulni. A mintagyűjtésről és tárolásról előzetes megállapodást kötöttek a Helsinki Biobankkal. Nem kerül sor további vizsgálati időpontokra, mivel az összes kontrolllátogatás és vizsgálati minta a normál klinikai protokoll szerint történik. A betegek felvétele 2019.5.1-től 2020.12.31-ig történik. A felvett betegek írásos beleegyező nyilatkozatot adnak ehhez a vizsgálathoz, valamint a Helsinki Biobank hozzájárulását, amely plazma- és műtéti mintákra vonatkozik. A résztvevők a hozzájárulásukat a vizsgálat során bármikor visszavonhatják. A Biobank mintákat a klinikai mintákkal egyidejűleg veszik, minimálisra csökkentve a résztvevőket érő további károkat. A Helsinki Egyetemi Kórház (HUS) intézmény felülvizsgálati bizottságának engedélye (HUS 60/2019) és etikai nyilatkozata (455/2019) megtörtént. A tanulmányt a Helsinki Nyilatkozatnak megfelelően végezzük.

Betegek

A betegeket a műtét előtt toborozzák a preoperatív multidiszciplináris team (MDT) ülésén. A vizsgálatba való bevonási kritérium a szövettanilag igazolt NSCLC, amely alkalmas a sebészeti kezelésre, és naiv szisztémás onkológiai kezelésre, akár formalin-fixált paraffinba ágyazott szövettel, akár frissen fagyasztott szövetmintával.

A klinikai betegek adatait az elektronikus egészségügyi feljegyzésekből (EMR) gyűjtik minden időpontban (pl. preoperatív, műtéti, követési). Minden beteget a műtét előtt és után MDT üléseken értékelnek, ahol meghatározzák a klinikai és a patológiás stádiumot. Ezenkívül a preoperatív számítógépes tomográfiás (CT) vizsgálatokból számítják ki a radiológiai konszolidáció/tumor arányt. Ezeket az adatokat egy biztonságos, hitelesített elektronikus adatbázisba (Granitics Unify Med) továbbítják, amelyhez csak csoportkutatók férhetnek hozzá.

Vér- és szövetminta gyűjtése

A vér- és szövetmintákat a klinikai mintákkal egyidejűleg veszik. A kutatók célja, hogy minden betegtől sebészeti úton eltávolított szövetmintákat, valamint preoperatív és nyomon követett cfDNS-mintákat gyűjtsenek. A műtéti minták mellett szövetmintákat is gyűjtenek az áttétes elváltozásokból, beleértve az elhunyt betegek boncolási mintáit is. Ha még nem vették, akkor a normál Biobank vérmintát a műtét előtti mintákkal egyidejűleg veszik.

A plazmamintákat a páciens klinikai vérmintáinak vételekor veszik. A műtét előtti mintavétel 1-2 nappal a műtét előtt történik. Az első posztoperatív követési minta a műtét után 4-6 héttel a műtéti vizit alkalmával történik. A második és harmadik követési mintát 6 és 12 hónapos korban veszik a klinikai ellenőrző látogatás során. Minden időpontban a cfDNS-mintákat duplikált speciális gyűjtőcsövekbe gyűjtik, amelyek rögzítőszereket tartalmaznak a DNS fragmentáció elleni stabilizálására (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT). A vérmintát centrifugálják a plazma kinyeréséhez. A plazma- és szövetmintákat -80 Celsius fokon tárolják a Helsinki Biobankban.

A vizsgálat eredményei A preoperatív ctDNS mutációkat olyan klinikailag fontos végpontokhoz kell igazítani, mint a betegségmentes túlélés, a tumor mérete, a szövettan, a TNM-stádium és az általános túlélés. A klinikai rák kiújulását radiológiai vagy daganatos szövetmintákból nyerik. A betegségmentes túlélést a műtéttől a betegség kiújulásáig az MDT üléseken vagy a halálozásig értékelik. A teljes túlélést a műtéttől a halálig bármilyen ok miatt értékelik.

Genetikai elemzés

A kvantitatív és mutációspecifikus ctDNS-elemzést tumor/szomatikus exome genom panelen keresztül végezzük, amely 23 000 génpanelt tartalmaz 50 millió bázissal. A csíravonal DNS izolálása a betegek vérmintájából (B-Bio-0) vett buffy coat-ból történik. Először is, a valódi szomatikus mutációk eléréséhez a csíravonal-variációt töröljük a ctDNS-ből. Másodszor, a ctDNS-t összehasonlítják a tumorszövet DNS-mutációival, hogy kizárják a hamis pozitív eredményeket. Harmadszor, a nyomon követett mintákból gyűjtött hasonló vagy új mutációkat a műtét utáni maradék betegség vagy a rák kiújulásának kimutatására használják fel.

A szekvenálást a Finnországi Molekuláris Medicina Intézettel (FIMM) együttműködve végzik, az ő szabadalmaztatott génpanelekkel.