DNA circolante nel NSCLC trattato chirurgicamente

La biopsia liquida al plasma sta rapidamente emergendo come strumento diagnostico non invasivo che potrebbe essere utilizzato come surrogato per la biopsia del tumore o l'attività della malattia. Il DNA circolante libero da cellule (cfDNA) è un breve frammento di DNA a doppio filamento presente nel sangue. Per rilevare mutazioni e alterazioni nelle cellule tumorali circolanti sono necessarie tecniche ultrasensibili specifiche per le mutazioni basate sull'analisi della reazione a catena della polimerasi (PCR). I primi studi basati su un piccolo numero di pazienti indicano che le analisi del ctDNA potrebbero essere utilizzate per test molecolari, rilevamento del cancro, surrogato del carico o dell'attività del tumore e monitoraggio del trattamento nei tumori solidi.

In questo studio verrà indagato il ruolo del ctDNA dal plasma nei pazienti con NSCLC in fase iniziale trattati chirurgicamente. Gli investigatori mirano a raccogliere una coorte prospettica di un centinaio di pazienti con campioni preoperatori e di follow-up, nonché campioni di tessuto diagnostico. I ricercatori ipotizzano che i campioni longitudinali di ctDNA potrebbero essere utilizzati come marker prognostici per recidiva e sopravvivenza. Trovare ctDNA positivo postoperatorio potrebbe aiutarci a identificare i pazienti che trarrebbero beneficio dalla chemioterapia adiuvante prima della recidiva clinica.

Progettazione dello studio e considerazioni etiche

Questo è uno studio prospettico, non interventistico, a braccio singolo che sarà condotto in collaborazione con Helsinki Biobank. Si stima che una coorte di 100 pazienti fornirà un'ampia dimensione del campione, poiché il 30-40% svilupperà una recidiva durante il follow-up di 5 anni. È stato stipulato un accordo preliminare con Helsinki Biobank per la raccolta e la conservazione dei campioni. Non ci saranno ulteriori appuntamenti di studio poiché tutte le visite di controllo e i campioni di studio sono programmati secondo il normale protocollo clinico. I pazienti saranno reclutati dal 1.5.2019 al 31.12.2020. I pazienti reclutati forniranno sia un consenso informato scritto per questo studio sia un consenso della Biobanca di Helsinki che copre campioni di plasma e chirurgici. I partecipanti possono revocare il consenso in qualsiasi momento dello studio. I campioni della Biobanca verranno prelevati contemporaneamente ai campioni clinici, riducendo al minimo il danno aggiuntivo per i partecipanti. È stata concessa un'autorizzazione del comitato di revisione dell'istituto dell'ospedale universitario di Helsinki (HUS) (HUS 60/2019) e una dichiarazione etica (455/2019). Lo studio sarà condotto in conformità con la Dichiarazione di Helsinki.

Pazienti

I pazienti vengono reclutati prima dell'intervento chirurgico dalla riunione del team multidisciplinare preoperatorio (MDT). I criteri di inclusione in questo studio sono NSCLC confermato istologicamente idoneo per il trattamento chirurgico e naïve per trattamenti oncologici sistemici con tessuto incluso in paraffina fissato in formalina o campione di tessuto fresco congelato disponibile.

I dati clinici del paziente saranno raccolti dalle cartelle cliniche elettroniche (EMR) in ogni momento (ad es. preoperatorio, operatorio, follow-up). Ogni paziente viene valutato in riunioni MDT prima e dopo l'intervento, dove viene determinata sia la fase clinica che quella patologica. Inoltre, il rapporto consolidamento radiologico/tumore sarà calcolato dalle scansioni di tomografia computerizzata (TC) preoperatoria. Questi dati saranno trasferiti in un database elettronico sicuro e certificato (Granitics Unify Med) accessibile solo ai ricercatori del gruppo.

Raccolta di campioni di sangue e tessuto

I campioni di sangue e tessuto saranno prelevati contemporaneamente ai campioni clinici. Gli investigatori mirano a raccogliere campioni di tessuto rimossi chirurgicamente, nonché campioni di cfDNA preoperatori e di follow-up da tutti i pazienti. Oltre ai campioni chirurgici, verranno raccolti campioni di tessuto da lesioni metastatiche, inclusi campioni autoptici in pazienti deceduti. Se non già prelevato, il campione di sangue standard della Biobanca sarà prelevato contemporaneamente ai prelievi preoperatori.

I campioni di plasma verranno prelevati al momento dei prelievi clinici di sangue del paziente. Un campione preoperatorio verrà prelevato 1-2 giorni prima dell'intervento. Il primo campione di follow-up post-operatorio verrà prelevato durante la visita chirurgica 4-6 settimane dopo l'operazione. Il secondo e il terzo campione di follow-up verranno prelevati a 6 e 12 mesi durante la visita clinica di follow-up. Ad ogni punto temporale, i campioni di cfDNA saranno raccolti in provette di raccolta specializzate duplicate contenenti fissativi per stabilizzare il DNA dalla frammentazione (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT). Il campione di sangue sarà centrifugato per estrarre il plasma. I campioni di plasma e tessuto saranno conservati a -80 gradi centigradi nella biobanca di Helsinki.

Risultati dello studio Le mutazioni preoperatorie del ctDNA saranno abbinate a endpoint clinicamente importanti come la sopravvivenza libera da malattia, le dimensioni del tumore, l'istologia, lo stadio TNM e la sopravvivenza globale. La recidiva clinica del cancro sarà ottenuta da campioni di tessuto radiologico o tumorale. La sopravvivenza libera da malattia sarà valutata dall'intervento chirurgico alla recidiva della malattia nelle riunioni MDT o alla morte. La sopravvivenza globale viene valutata dall'intervento chirurgico alla morte per qualsiasi causa.

Analisi genetica

L'analisi quantitativa e specifica della mutazione del ctDNA sarà effettuata tramite un pannello del genoma dell'esoma tumorale/somatico che include un pannello di 23.000 geni con 50 milioni di basi. L'isolamento del DNA della linea germinale verrà effettuato dal buffy coat prelevato dal campione di sangue dei pazienti (B-Bio-0). In primo luogo, per ottenere vere mutazioni somatiche, la variazione della linea germinale viene eliminata dal ctDNA. In secondo luogo, il ctDNA sarà confrontato con le mutazioni del DNA del tessuto tumorale per escludere risultati falsi positivi. In terzo luogo, mutazioni simili o nuove raccolte da campioni di follow-up verranno utilizzate per rilevare la malattia residua postoperatoria o la recidiva del cancro.

Il sequenziamento sarà effettuato in collaborazione con l'Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM), con il loro pannello genetico proprietario.