Kiertävä DNA kirurgisesti käsitellyssä NSCLC:ssä

Plasman nestebiopsia on nopeasti nousemassa ei-invasiivinen diagnostinen työkalu, jota voitaisiin käyttää tuumoribiopsian tai sairauden aktiivisuuden korvikkeena. Verenkierrossa oleva soluton DNA (cfDNA) on lyhyt fragmentti kaksijuosteinen DNA, jota on veressä. Ultraherkkiä mutaatiospesifisiä tekniikoita, jotka perustuvat polymeraasiketjureaktio (PCR) -analyysiin, tarvitaan mutaatioiden ja muutosten havaitsemiseksi kiertävissä kasvainsoluissa. Varhaiset tutkimukset, jotka perustuvat pieneen määrään potilaita, osoittavat, että ctDNA-analyysejä voitaisiin käyttää molekyylitestaukseen, syövän havaitsemiseen, korvaamaan kasvaimen kuormitusta tai aktiivisuutta ja hoidon seurantaa kiinteissä kasvaimissa.

Tässä tutkimuksessa tutkitaan plasmasta peräisin olevan ctDNA:n roolia kirurgisesti hoidetuilla varhaisen vaiheen NSCLC-potilailla. Tutkijoiden tavoitteena on kerätä sadan potilaan tuleva kohortti ennen leikkausta ja seurantaa sekä diagnostisia kudosnäytteitä. Tutkijat olettavat, että pitkittäissuuntaisia ​​ctDNA-näytteitä voitaisiin käyttää uusiutumisen ja eloonjäämisen prognostisena markkerina. Leikkauksen jälkeisen positiivisen ctDNA:n löytäminen voisi auttaa meitä tunnistamaan potilaat, jotka hyötyisivät adjuvanttikemoterapiasta ennen kliinistä uusiutumista.

Opintojen suunnittelu ja eettiset näkökohdat

Tämä on prospektiivinen, ei-interventio, yhden käden tutkimus, joka tehdään yhteistyössä Helsingin Biopankin kanssa. On arvioitu, että 100 potilaan kohortilla on riittävä otoskoko, sillä 30–40 %:lle uusiutuminen kehittyy 5 vuoden seurannan aikana. Näytteiden keräämisestä ja varastoinnista on tehty esisopimus Helsingin Biopankin kanssa. Ylimääräisiä tutkimusaikoja ei järjestetä, koska kaikki kontrollikäynnit ja tutkimusnäytteet ajoitetaan normaalin kliinisen protokollan mukaisesti. Potilaita rekrytoidaan 1.5.2019-31.12.2020. Rekrytoidut potilaat antavat tähän tutkimukseen sekä kirjallisen tietoisen suostumuksen että Helsingin Biopankin suostumuksen, joka kattaa plasma- ja kirurgiset näytteet. Osallistujat voivat peruuttaa suostumuksensa milloin tahansa tutkimuksen aikana. Biopankin näytteet otetaan samanaikaisesti kliinisten näytteiden kanssa, mikä minimoi osallistujille aiheutuvat lisähaitat. Helsingin yliopistollisen sairaalan (HUS) laitoksen tarkastuslautakunnan lupa (HUS 60/2019) ja eettinen lausunto on myönnetty (455/2019). Tutkimus tehdään Helsingin julistuksen mukaisesti.

Potilaat

Potilaat rekrytoidaan ennen leikkausta preoperatiivisesta monitieteisestä tiimikokouksesta (MDT). Kriteerit tähän tutkimukseen ovat histologisesti varmistettu NSCLC, joka on kelvollinen kirurgiseen hoitoon ja naiivi systeemisissä onkologisissa hoidoissa joko formaliinilla kiinnitetyn parafiiniin upotetun kudoksen tai tuoreen pakastetun kudosnäytteen kanssa.

Kliiniset potilastiedot kerätään sähköisistä potilaskertomuksista (EMR) jokaisena ajankohtana (esim. preoperatiivinen, leikkaus, seuranta). Jokainen potilas arvioidaan ennen leikkausta ja sen jälkeen MDT-kokouksissa, joissa selvitetään sekä kliininen että patologinen vaihe. Lisäksi radiologinen konsolidaatio/kasvain-suhde lasketaan ennen leikkausta tietokonetomografialla (TT). Nämä tiedot siirretään suojattuun, sertifioituun sähköiseen tietokantaan (Granitics Unify Med), johon pääsevät vain ryhmätutkijat.

Veri- ja kudosnäytteiden kerääminen

Veri- ja kudosnäytteet otetaan samanaikaisesti kliinisten näytteiden kanssa. Tutkijoiden tavoitteena on kerätä kaikilta potilailta kirurgisesti poistettuja kudosnäytteitä sekä preoperatiivisia ja seuranta-cfDNA-näytteitä. Leikkausnäytteiden lisäksi kerätään kudosnäytteitä metastaattisista leesioista, mukaan lukien ruumiinavausnäytteet kuolleilta potilailta. Jos sitä ei ole vielä otettu, Biopankin standardiverinäyte otetaan samanaikaisesti preoperatiivisten näytteiden kanssa.

Plasmanäytteet otetaan potilaan kliinisten verinäytteiden aikana. Preoperatiivinen näyte otetaan 1-2 päivää ennen leikkausta. Ensimmäinen leikkauksen jälkeinen seurantanäyte otetaan leikkauskäynnillä 4-6 viikkoa leikkauksen jälkeen. Toinen ja kolmas seurantanäyte otetaan 6 ja 12 kuukauden iässä kliinisen seurantakäynnin aikana. Joka ajankohtana cfDNA-näytteet kerätään kahteen kertaan erikoistuneisiin keräysputkiin, jotka sisältävät kiinnitysaineita DNA:n stabiloimiseksi fragmentaatiolta (2 x 10 ml Streck cfDNA BCT). Verinäyte sentrifugoidaan plasman uuttamiseksi. Plasma- ja kudosnäytteitä säilytetään -80 celsiusasteessa Helsingin Biopankissa.

Tutkimustulokset Preoperatiiviset ctDNA-mutaatiot sovitetaan kliinisesti tärkeisiin päätepisteisiin, kuten sairaudesta vapaaseen eloonjäämiseen, kasvaimen kokoon, histologiaan, TNM-vaiheeseen ja kokonaiseloonjäämiseen. Kliininen syövän uusiutuminen saadaan radiologisista tai kasvainkudosnäytteistä. Taudista vapaata eloonjäämistä arvioidaan leikkauksesta taudin uusiutumiseen MDT-kokouksissa tai kuolemaan. Kokonaiseloonjäämistä arvioidaan leikkauksesta kuolemaan mistä tahansa syystä.

Geneettinen analyysi

Kvantitatiivinen ja mutaatiospesifinen ctDNA-analyysi tehdään kasvain/somaattisen eksomin genomipaneelin avulla, joka sisältää 23 000 geenipaneelia 50 miljoonalla emäksellä. Sukulinjan DNA-eristys tehdään potilaan verinäytteestä (B-Bio-0) otetusta buffy coatista. Ensinnäkin todellisten somaattisten mutaatioiden saavuttamiseksi ituradan variaatio poistetaan ctDNA:sta. Toiseksi ctDNA:ta verrataan kasvainkudoksen DNA-mutaatioihin väärien positiivisten löydösten sulkemiseksi pois. Kolmanneksi seurantanäytteistä kerättyjä vastaavia tai uusia mutaatioita käytetään leikkauksen jälkeisen jäännössairauden tai syövän uusiutumisen havaitsemiseen.

Sekvensointi tehdään yhteistyössä Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) kanssa heidän omalla geenipaneelillaan.