Évaluation du test Sentinel™ PCC4 pour le diagnostic, le pronostic et la surveillance du cancer de la prostate à Porto Rico

Le test Sentinel™ PCC4 est une nouvelle technologie de classification moléculaire qui fournit une évaluation du risque de maladie avancée basée sur l'expression d'une cohorte de 442 petits ARN non codants.

Au début de l'étude, miR Scientific organisera une téléconférence avec tous les médecins participants à Porto Rico (hôpital San Juan Bautista) pour décrire l'étude, la base du test et expliquer les différences entre ce test Sentinel™ PCC4 et les calculateurs couramment utilisés dans l'évaluation du risque de cancer de la prostate (les calculateurs de risque CAPRA et/ou D'Amico et toute autre méthodologie d'évaluation du risque que les uro-oncologues utilisent de façon routinière).

Après que les données cliniques (voir formulaire CRF) et le résultat Sentinel™ ont été compilés pour chacun des 50 premiers patients qui répondent aux critères d'inclusion/exclusion, le CSO et/ou le directeur médical de miR Scientific présidera une ou plusieurs téléconférences avec le médecins participants pour comparer les résultats du test Sentinel™ PCC4 et du test CAPRA et d'autres calculateurs d'évaluation des risques, discuter des forces et faiblesses relatives des tests et répondre à toute question concernant les performances du test Sentinel™ et les discordances (le cas échéant) entre les résultats de test. Il est important de noter que si les données cliniques et le Sentinel Score sont associés à des codes-barres spécifiques, ces données sont entièrement anonymisées et ne peuvent être associées à des patients spécifiques. En plus de préserver la confidentialité des PHI, cela garantit également que les informations relatives au score Sentinel™ PCC4 n'influenceront pas la norme actuelle de soins pour ces patients.

À la fin de chaque session, les médecins participants rempliront un questionnaire destiné à évaluer la qualité de la formation et les informations liées au résultat du test (voir annexe 1). Ce processus sera répété pour tous les 50 nouveaux patients inscrits pour les 200 premiers patients, puis à nouveau après que les données de 350 patients seront disponibles. L'analyse de l'ensemble des données complètes pour la cohorte de 500 patients sera également présentée à la fin de l'étude, et un questionnaire final sera administré.

Pour valider les performances du test miR Sentinel™ PCC4 pour l'identification des patients atteints d'un cancer de la prostate chez les hommes soupçonnés d'être atteints d'un cancer de la prostate pour lesquels une biopsie au trocart est réalisée, les résultats du miR Sentinel™ PCC4 avec un risque faible, intermédiaire et élevé cancer de la prostate (groupe de grade histopathologique 1, 2 ou 3-5) seront comparés aux résultats du score CAPRA. La sensibilité, la spécificité, les valeurs prédictives positives et négatives (VPP, VPN) seront établies.

Cette étude d'utilité clinique est une étude observationnelle de validation. Les patients suspects de cancer de la prostate et répondant aux critères d'inclusion/exclusion énumérés ci-dessous seront recrutés pour fournir un échantillon d'urine lors de leur visite au cabinet avant la biopsie au trocart. Le système de groupe de grade pathologique, y compris les résultats de chaque biopsie, sera regroupé comme aucun cancer, CAPRA à risque faible, intermédiaire ou élevé par les pathologistes des centres participants.

La performance du test miR Sentinel™ PCC4 pour classer l'état de la maladie d'un futur patient comme cancer de la prostate ou pas de cancer de la prostate et pour les patients atteints d'un cancer de la prostate comme ayant un cancer de la prostate à faible risque (nominalement groupe de grade 1) et à risque intermédiaire ( nominalement le groupe de grade 2) ou le cancer de la prostate à haut risque (nominalement le groupe de grade 3-5) seront établis. Les rapports de test seront fournis aux urologues consultants qui auront également le rapport clinique associé aux sujets inscrits.

Les discordances entre les biopsies au trocart et le test Sentinel™ PCC4 sont bien documentées dans Wang et al. (2020), voir tableau ci-dessous. Au début de l'étude, les urologues seront informés de l'interprétation du test Sentinel™ PCC4, et seront ensuite invités à comparer et contraster les informations fournies par le Sentinel™ PCC4 et le SOC (PSA +/- DRE et/ou rapport de pathologie), à ​​l'aide d'un questionnaire validé (voir instrument joint en annexe 1). Pour s'assurer que les urologues associés au projet comprennent la plateforme Sentinel™ PCC4, un examen des résultats comparatifs aura lieu lorsque les 50 premiers patients auront été comptabilisés étant donné que plus de 50 % des patients (> 25 patients) avaient subi un examen de base de confirmation biopsie à l'aiguille, et à nouveau pour chaque tranche de 50 patients supplémentaires (quel que soit le pourcentage de patients ayant subi une biopsie) jusqu'à ce que 200 patients soient comptabilisés, et lorsque 350 et 500 patients ont été comptabilisés, date à laquelle l'essai aura terminé son recrutement. L'instrument d'enquête sera administré après chaque examen pour déterminer si la familiarité avec le test Sentinel™ PCC4 donne confiance dans l'évaluation des risques.

Analyses statistiques:

Définitions. La notation générale P (A | B) = P(A , B)/P(B) est la probabilité de l'événement A sachant que l'événement B s'est produit ; c'est la probabilité (prévalence) de l'événement A parmi le sous-groupe de patients dans une population englobant tous ceux qui ont l'événement B.

1. Sensibilité = P (test de dépistage + | vraie maladie).
2. Spécificité = P (test de dépistage - | vraiment pas de maladie).
3. VPP = P (vraiment maladie | test de dépistage +).
4. VPN = P (vraiment aucune maladie | test de dépistage -).

Estimation de la taille de l'échantillon. L'étude prospective proposée servira à établir les performances du test miR Sentinel™ PCC4 sur un échantillon représentatif de patients suspects de cancer de la prostate pour lesquels une biopsie au trocart est demandée. Le test miR Sentinel™ PCC4 est formé sur des données rétrospectives comme décrit ci-dessus.

L'étude actuellement proposée vise à recruter 500 sujets qui ont visité des cliniques d'urologie en raison de suspicions de cancer de la prostate pour un bilan clinique dans le cadre de la SOC et qui ont fourni un échantillon d'urine lors d'une visite au bureau avant la biopsie.

Pour tout sous-groupe avec un minimum de 100 participants inscrits, si la sensibilité observée (empirique) du test PCC4 pour ce sous-groupe est de 95 %, alors l'intervalle de confiance unilatéral supérieur à 95 % pour la sensibilité réelle de la population sera de 90 % ou plus .

Cette étude prospective continuera à recruter des participants jusqu'à ce que le premier des 500 participants au total soit inscrit, ou qu'au moins 100 participants se soient inscrits dans chacun des quatre groupes : NEPC ; Groupe de niveau 1 ; Groupe de niveau 2 ; Groupe de classe 3 et plus.

Méthodologie statistique. Comme indiqué ci-dessous, cette étude clinique recrutera des patients visitant des cliniques d'urologie pour un bilan clinique basé sur toute suspicion de cancer de la prostate. L'étude évaluera les propriétés du test Sentinel™ PCC4 qui est basé sur l'utilisation d'un algorithme de classification exclusif pour identifier les futurs patients atteints d'un cancer de la prostate et pour classer le risque des patients atteints d'un cancer de la prostate.

L'algorithme de classification exclusif utilisé contrôle la sensibilité à la fois pour identifier les patients atteints d'un cancer de la prostate et pour identifier le cancer de la prostate à haut risque à un niveau prédéfini ou supérieur, noté 1-α ; par exemple, la valeur supposée dans ce plan est α=0,05 de sorte que la sensibilité est d'au moins 95 % dans la population. Notez que la valeur de α représente le taux de faux négatifs du test.

Pour décrire comment les seuils du test Sentinel™ PCC4 sont calculés pour contrôler la sensibilité, pour chaque participant dans l'ensemble de données d'entraînement, le résultat du test Sentinel™ PCC4 sera calculé en utilisant les membres restants de l'ensemble de données d'entraînement et uniquement le sncRNA du participant actuel séquence; c'est-à-dire que le véritable statut de la maladie de chaque participant dans l'ensemble de données de formation sera aveuglé, imitant ainsi le cadre de classification d'un futur patient. Les paramètres de réglage utilisés dans le test miR Sentinel™ PCC4 sont ensuite calculés de sorte que la sensibilité empirique sur les participants à l'ensemble de données d'entraînement avec un cancer de la prostate et avec un cancer de la prostate de haut grade corresponde à la valeur qui fournit un intervalle de confiance unilatéral supérieur de 95 %. pour la sensibilité de la population correspondante pour un futur patient d'au moins 1-α.

Avec ces seuils pour le Sentinel™ PCC4 Assay déterminés a priori à partir de l'ensemble de données de formation, les valeurs correspondantes de sensibilité, de spécificité, de valeurs prédictives positives et négatives seront calculées, ainsi qu'un intervalle de confiance supérieur à 95 % correspondant, sur le patient potentiel les données accumulées dans cette étude proposée, avec chaque résultat de biopsie en aveugle, c'est-à-dire en utilisant uniquement la séquence sncRNA du participant. Notez que ces taux d'erreur se réfèrent à la classification d'un futur patient dont le statut de la maladie est inconnu.

L'analyse statistique des données prospectives accumulées qui aveugle l'étiquette de groupe de la biopsie fournira une estimation de la proportion de patients mal étiquetés par la biopsie dans l'ensemble de données prospectives. Par exemple, les patients étiquetés comme n'ayant pas de cancer de la prostate par biopsie et dont le résultat en aveugle du test miR Sentinel™ PCC4 indique un cancer de la prostate peuvent être un patient potentiellement faux négatif par biopsie au trocart (étiquette de biopsie négative). La validation de cette discordance et d'autres sont abordées ci-dessous dans la section d'analyse des données de suivi. Pour une analyse secondaire des données prospectives accumulées dans la cohorte de sujets « déclin de la biopsie de la prostate », l'impact clinique de la classification Sentinel™ PCC4 du cancer de la prostate à faible risque, à risque intermédiaire et à haut risque sera évalué sur la base des données de performance établies de Objectif principal de l'étude n° 2 et commentaires de l'uro-oncologue.

Analyse des données de suivi. Si une biopsie de suivi est prévue pour les participants avec des biopsies négatives dans le cadre de leurs soins cliniques standard, les résultats du test Sentinel et de la biopsie de suivi seront considérés comme la vérité clinique pour l'analyse des résultats.