Оценка анализа Sentinel™ PCC4 для диагностики, прогнозирования и мониторинга рака предстательной железы в Пуэрто-Рико

Sentinel™ PCC4 Assay — это новая технология молекулярной классификации, которая обеспечивает оценку риска запущенного заболевания на основе экспрессии когорты из 442 малых некодирующих РНК.

В начале исследования miR Scientific запланирует телеконференцию со всеми участвующими врачами в Пуэрто-Рико (больница Сан-Хуан-Баутиста), чтобы обрисовать в общих чертах исследование, основу для теста и объяснить различия между этим Sentinel™ PCC4 Assay. и калькуляторы, обычно используемые при оценке риска рака предстательной железы (калькуляторы риска CAPRA и/или D'Amico и любые другие методологии оценки риска, которые уро-онкологи используют на регулярной основе).

После того, как клинические данные (см. форму CRF) и результаты Sentinel™ будут собраны для каждого из первых 50 пациентов, отвечающих критериям включения/исключения, CSO и/или медицинский директор miR Scientific проведет одну или несколько телеконференций с участвующим врачам, чтобы сравнить результаты анализа Sentinel™ PCC4 и CAPRA и других калькуляторов оценки риска, обсудить относительные сильные и слабые стороны тестов и ответить на любые вопросы, касающиеся эффективности анализа Sentinel™ и несоответствий (если таковые имеются) между результаты теста. Важно отметить, что хотя клинические данные и Sentinel Score связаны с определенными штрих-кодами, эти данные полностью анонимны и не могут быть связаны с конкретными пациентами. Помимо сохранения конфиденциальности PHI, это также гарантирует, что информация, связанная с Sentinel™ PCC4 Score, не повлияет на текущий стандарт лечения этих пациентов.

В конце каждого занятия участвующие врачи заполняют анкету, предназначенную для оценки качества обучения и информации, связанной с результатами теста (см. Приложение 1). Этот процесс будет повторяться для каждых 50 новых пациентов, зарегистрированных для первых 200 пациентов, а затем снова после того, как станут доступны данные для 350 пациентов. Анализ полного набора данных для когорты из 500 пациентов также будет представлен по завершении исследования, и будет введена окончательная анкета.

Чтобы подтвердить эффективность анализа miR Sentinel™ PCC4 для выявления пациентов с раком предстательной железы у мужчин с подозрением на рак предстательной железы, которым проводится биопсия толстой иглы, результаты теста miR Sentinel™ PCC4 с низким, средним и высоким риском рак предстательной железы (группа гистопатологической степени 1, 2 или 3-5) будет сравниваться с результатами оценки CAPRA. Будут установлены чувствительность, специфичность, положительные и отрицательные прогностические значения (PPV, NPV).

Это исследование клинической полезности является обсервационным, проверочным исследованием. Пациенты с подозрением на рак предстательной железы, отвечающие критериям включения/исключения, перечисленным ниже, будут зарегистрированы для сдачи образца мочи во время визита в офис перед толстоигольной биопсией. Система групп патологической степени, включающая результаты каждой биопсии, будет сгруппирована патологами в участвующих центрах как отсутствие рака, низкий, средний или высокий риск CAPRA.

Эффективность анализа miR Sentinel™ PCC4 для классификации статуса заболевания у будущего пациента как рака предстательной железы или отсутствия рака предстательной железы, а также для пациентов с раком предстательной железы как имеющих рак предстательной железы низкого риска (номинально группа 1) и промежуточного риска ( номинально группа степени 2) или рак предстательной железы высокого риска (номинально группа степени 3-5). Отчеты об испытаниях будут предоставлены консультирующим урологам, у которых также будут клинические отчеты, связанные с зарегистрированными субъектами.

Расхождения между биопсией центральной иглы и анализом Sentinel™ PCC4 хорошо задокументированы в Wang et al. (2020 г.), см. таблицу ниже. В начале исследования урологов проинформируют об интерпретации анализа Sentinel™ PCC4, а затем их попросят сравнить и сопоставить информацию, предоставленную Sentinel™ PCC4 и SOC (PSA +/- DRE и/или отчет о патологии), используя утвержденный вопросник (см. прилагаемый инструмент, приложение 1). Чтобы гарантировать, что урологи, связанные с проектом, понимают платформу Sentinel™ PCC4, обзор сравнительных результатов будет проведен после того, как будут набраны первые 50 пациентов, учитывая, что более 50% пациентов (> 25 пациентов) прошли подтверждающую основную пункционная биопсия и снова для каждых дополнительных 50 пациентов (независимо от процента пациентов с биопсией) до тех пор, пока не будет набрано 200 пациентов, а когда будет набрано 350 и 500 пациентов, в это время включение в исследование будет завершено. Инструмент опроса будет применяться после каждого обзора, чтобы определить, придает ли знакомство с анализом Sentinel™ PCC4 уверенность в оценке риска.

Статистический анализ:

Определения. Общее обозначение P (A | B) = P(A, B)/P(B) — это вероятность события A при условии, что событие B произошло; это вероятность (распространенность) события А среди подгруппы пациентов в популяции, охватывающей всех, у кого есть событие В.

1. Чувствительность = P (скрининговый тест + | истинное заболевание).
2. Специфичность = P (скрининговый тест - | действительно нет заболевания).
3. PPV = P (истинно болезнь | скрининг + тест).
4. NPV = P (действительно нет болезни | скрининг-тест -).

Оценка размера выборки. Предлагаемое проспективное исследование будет служить для определения эффективности анализа miR Sentinel™ PCC4 на репрезентативной выборке пациентов с любым подозрением на рак предстательной железы, которым назначена пункционная биопсия. Анализ miR Sentinel™ PCC4 обучается на ретроспективных данных, как описано выше.

Текущее предлагаемое исследование предназначено для включения 500 субъектов, которые посетили урологические клиники из-за подозрений на рак простаты для клинического обследования в рамках SOC и сдали образец мочи во время посещения офиса перед биопсией.

Для любой подгруппы с минимум 100 зарегистрированными участниками, если наблюдаемая (эмпирическая) чувствительность анализа PCC4 для этой подгруппы составляет 95%, то односторонний верхний 95% доверительный интервал для истинной популяционной чувствительности будет 90% или выше. .

В это проспективное исследование будет продолжаться набор участников до тех пор, пока не будет зарегистрирован первый из 500 участников или пока не будет зачислено не менее 100 участников в каждую из четырех групп: NEPC; Группа 1; Группа 2; Группа 3 и выше.

Статистическая методология. Как указано ниже, в это клиническое исследование будут включены пациенты, посещающие урологические клиники для клинического обследования на основании любого подозрения на рак предстательной железы. В исследовании будут оцениваться свойства теста Sentinel™ PCC4, основанного на использовании запатентованного алгоритма классификации для выявления будущих пациентов с раком простаты и классификации риска пациентов с раком простаты.

Используемый запатентованный алгоритм классификации контролирует чувствительность как для выявления пациентов с раком предстательной железы, так и для выявления рака предстательной железы высокого риска на предварительно заданном уровне или выше, обозначенном 1-α; например, значение, принятое в этом плане, равно α=0,05, так что чувствительность в популяции составляет не менее 95%. Обратите внимание, что значение α представляет собой ложноотрицательный уровень анализа.

Чтобы описать, как рассчитываются пороговые значения для анализа Sentinel™ PCC4 для контроля чувствительности, для каждого участника набора обучающих данных результат анализа Sentinel™ PCC4 будет рассчитываться с использованием оставшихся членов набора обучающих данных и только sncRNA текущего участника. последовательность; то есть истинный статус заболевания каждого участника обучающего набора данных будет скрыт, тем самым имитируя настройку для классификации будущего пациента. Параметры настройки, используемые в анализе miR Sentinel™ PCC4, затем рассчитываются таким образом, чтобы эмпирическая чувствительность для участников обучающего набора данных с раком предстательной железы и раком предстательной железы высокой степени соответствовала значению, которое обеспечивает верхний односторонний 95% доверительный интервал. для соответствующей популяционной чувствительности для будущего пациента не ниже 1-α.

С этими пороговыми значениями для анализа Sentinel™ PCC4, определенными априори из обучающего набора данных, будут рассчитаны соответствующие значения чувствительности, специфичности, положительных и отрицательных прогностических значений вместе с соответствующими верхними 95% доверительными интервалами для предполагаемого пациента. данные, накопленные в этом предлагаемом исследовании, с каждым слепым результатом биопсии, то есть с использованием только последовательности sncRNA участника. Обратите внимание, что эти частоты ошибок относятся к классификации будущего пациента с неизвестным статусом заболевания.

Статистический анализ накопленных проспективных данных, который скрывает метку группы от биопсии, позволит оценить долю пациентов, которые неправильно маркированы биопсией в проспективном наборе данных. Например, пациенты, которым биопсия показала, что у них нет рака предстательной железы, и у которых слепой результат анализа miR Sentinel™ PCC4 указывает на то, что рак предстательной железы может быть пациентом, который потенциально дал ложноотрицательный результат при биопсии толстой иглой (отрицательная метка биопсии). Проверка этого несоответствия и других расхождений рассматривается ниже в разделе последующего анализа данных. Для вторичного анализа проспективных данных, полученных в когорте пациентов с «отказом от биопсии простаты», клиническое влияние классификации Sentinel™ PCC4 рака простаты низкого, среднего и высокого риска будет оцениваться на основе установленных данных эффективности от Основная цель исследования № 2 и отзывы уроонкологов.

Последующий анализ данных. Если последующая биопсия запланирована для участников с отрицательными результатами биопсии в рамках их стандартной клинической помощи, последующий анализ Sentinel и результаты биопсии будут считаться клинически достоверными для анализа результатов.