Profilage protéogénomique de l'immunité et du microenvironnement pour classer les patients atteints d'un cancer du poumon

L'accumulation excessive de liquide entre les membranes entourant le poumon, une condition clinique communément appelée « épanchement pleural », est causée par l'un des trois facteurs suivants : une production accrue de liquide pleural, une capacité réduite à réabsorber le liquide pleural ou un mélange des deux.

La base de l'accumulation d'épanchement pleural peut provenir de multiples pathologies : des affections bénignes et extrapulmonaires à la pathologie pleurale intrinsèque (inflammatoire ou néoplasique primaire ou métastatique) dans laquelle l'accumulation de liquide dans l'espace pleural est principalement due à des modifications de la structure de la plèvre. membrane (perte d'intégrité et/ou infiltration par des cellules néoplasiques).

Un exemple d'affections extrapulmonaires est l'épanchement pleural observé chez les patients souffrant d'insuffisance cardiaque congestive chez qui il y a une augmentation de la pression capillaire hydrostatique, due à une défaillance de la pompe cardio-circulatoire.

La distinction entre causes bénignes et malignes est actuellement un défi diagnostique qui nécessite le plus souvent le prélèvement de matériel (cellules immergées dans le liquide pleural voire un prélèvement histologique).

La première étape de cette investigation est actuellement l'évaluation cytologique du liquide pleural, c'est-à-dire l'observation des cellules, d'un premier échantillon de liquide pleural. Cette procédure est associée à une sensibilité moyenne de 62% tandis qu'un second prélèvement par thoracentèse améliore la sensibilité du diagnostic de 10%. Dans certains cas, cependant, il n'est pas possible de diagnostiquer en analysant le liquide pleural et, en règle générale, une méthode de diagnostic plus invasive est recommandée, telle que la biopsie pleurale (prélevée par ponction avec une aiguille "aveugle", échoguidée ou informatisée tomographie guidée ou obtenue par visualisation directe de la cavité pleurale par pleuroscopie).

Le rendement diagnostique de cette approche peut atteindre jusqu'à 97 % (dans le cas d'une biopsie pleurale obtenue par thoracoscopie médicale). Cependant, cela implique une plus grande morbidité et une plus grande consommation de ressources (matérielles et humaines). Le développement d'une méthode de diagnostic plus sensible et spécifique et en même temps moins invasive pour le liquide pleural peut contribuer à un dépistage plus efficace des patients, limitant l'utilisation de méthodes plus invasives, uniquement pour les patients présentant un risque plus élevé de pathologie maligne.

Objectifs de l'étude :

Ce projet consiste en une étude préclinique où nous explorerons de nouvelles méthodologies d'évaluation clinique, basées sur l'analyse protéomique des caractéristiques immunologiques et du microenvironnement de la tumeur dans le liquide pleural de patients dont le diagnostic n'a pas été confirmé. Les résultats obtenus seront utilisés dans la mise en œuvre d'un algorithme pour la classification du liquide pleural dans les groupes suivants : a) à faible risque ou bénigne ; b) à haut risque ou malin. Si l'algorithme a une bonne sensibilité et spécificité pour les diagnostics malins, il peut être utile de distinguer les patients dans les groupes : a) reporter le test invasif et faire une surveillance active par imagerie ; b) procéder à des tests invasifs.

Évaluation des avantages/risques :

La collecte du liquide pleural sera effectuée par des procédures utilisées dans les soins standard et le diagnostic de la maladie, ne constituant donc pas de risques supplémentaires pour les participants. Les résultats de cette enquête n'apportent pas d'effets cliniques directement applicables aux participants concernés. Cependant, à l'avenir, les résultats obtenus pourraient bénéficier à d'autres utilisateurs grâce à une meilleure compréhension du microenvironnement tumoral.

Modalités de recrutement :

A travers un entretien avec le médecin investigateur, le participant à cette étude prend connaissance des modalités de traitement de ses données personnelles dans le cadre du projet de recherche. De plus, les personnes concernées signent un consentement éclairé pour participer à l'étude. La notification comprend une explication des procédures impliquées dans l'enquête et le rôle des données personnelles collectées dans le cadre de l'enquête. Lors d'un entretien avec le médecin investigateur et en signant le consentement éclairé pour la participation à l'étude, la personne concernée prend connaissance de son droit de se retirer de l'étude et/ou de retirer son consentement éclairé.

La collecte d'échantillons biologiques pour l'étude de cohorte prospective comparative sera réalisée dans tous les hôpitaux collaborateurs de ce projet sur une période de deux à trois ans. Sur la base de la variance et de la puissance statistique observées dans une étude précédente du protéome de l'exosome du liquide pulmonaire, 200 échantillons ont été estimés comme le nombre minimum pour la classification des échantillons biologiques. L'analyse de la puissance statistique est basée sur la variance observée dans 10 échantillons dans lesquels environ 3500 protéines ont été identifiées et quantifiées dans les fluides pulmonaires. L'analyse de puissance statistique considère la correction pour plusieurs tests en fonction du nombre de protéines identifiées et quantifiées.

Spécifications de collecte de données :

Lors de la consultation, un entretien clinique sera réalisé, qui permettra de recueillir des données personnelles, à savoir des données génétiques, des données liées à la santé et à l'origine raciale ou ethnique. Un examen objectif sera également effectué pour évaluer le poids, la taille, la tension artérielle et la fréquence cardiaque. Des données relatives aux résultats d'examens diagnostiques complémentaires seront recueillies, à savoir : 1. Radiographie thoracique (localisation, étendue et caractéristiques de l'épanchement pleural) ; 2. échographie thoracique (localisation, étendue, caractérisation de l'écostructure - homogène / hétérogène ; avec / sans septations visibles) ; 3. Tomodensitométrie thoracique (localisation, étendue, aspect morphologique de la plèvre - augmentation de l'épaisseur, nodules, etc.) ; 4. Évaluation cytologique du liquide pleural ; 5. Etude biochimique sérique : glycémie ; dosage des protéines totales et de l'albumine sérique ; taux de lactate déshydrogénase.

La méthode de diagnostic de référence sera basée sur l'évaluation histologique du tissu. Les résultats de l'analyse protéomique obtenus dans ce projet ne seront pas pris en compte pour le diagnostic final des participants.

Spécification de la collecte et de la destination finale des échantillons biologiques :

Selon la décision du clinicien, du liquide pleural sera prélevé pour le diagnostic (par thoracentèse ou au cours d'une biopsie pleurale ou d'une pleuroscopie). L'échantillon obtenu suivra la voie d'investigation clinique habituelle (évaluation cytologique et/ou histopathologique, évaluation biochimique, évaluation microbiologique) telle qu'enregistrée dans chaque établissement. Pour les patients qui acceptent de participer à l'étude, seul un échantillon supplémentaire de liquide pleural sera envoyé pour l'étude que nous proposons de réaliser. Ces derniers échantillons seront conservés au CEDOC.

Texte d'information à fournir aux bénévoles :

L'étude pour laquelle nous demandons votre consentement vise à développer une méthode de diagnostic avec une plus grande spécificité et sensibilité dans l'identification de différentes pathologies associées à une accumulation excessive de liquide pleural (une condition communément appelée épanchement pleural). Actuellement, l'évaluation cytologique, c'est-à-dire l'observation des cellules, d'un premier prélèvement de liquide pleural a une sensibilité moyenne de 62 % tandis qu'un second prélèvement par thoracentèse (consiste en l'aspiration du liquide de la plèvre par la ponction de la paroi thoracique) améliore la sensibilité du diagnostic de 10 %. Dans certains cas, il n'est pas possible de diagnostiquer en analysant le liquide pleural et en règle générale, une méthode de diagnostic plus invasive est recommandée, comme la biopsie pleurale ou la pleuroscopie (technique chirurgicale qui permet de voir directement l'intérieur de la cage thoracique) avec pleural biopsie (sensibilité 98%). Le développement d'une méthode de diagnostic avec une plus grande spécificité et sensibilité du liquide pleural, évitant ainsi les méthodes invasives, peut améliorer l'efficacité du dépistage des patients présentant un épanchement pleural, en limitant l'étude invasive à une partie sélectionnée de patients présentant un risque effectivement plus élevé de pathologie maligne . Votre participation à cette étude n'implique pas de procédures supplémentaires au-delà de celles que votre médecin considère nécessaires pour le diagnostic de la maladie ou la prescription de médicaments spécifiques pour l'étude en question. Les échantillons collectés seront anonymisés avec un code, c'est-à-dire qu'il ne sera pas possible pour les chercheurs de faire correspondre les échantillons avec les données personnelles des patients respectifs. Toutes les données collectées seront confidentielles, conformément au nouveau règlement général sur la protection des données (RGPD) entré en vigueur en mai 2018 (Règlement (UE) n° 2016/679).

CONSENTEMENT ÉCLAIRÉ DU PATIENT :

(NOM) ________________________________________________________________, J'accepte volontairement de participer au projet de recherche intitulé « Étude clinique dans le cadre du diagnostic des patients atteints d'épanchement pleural ».

Je déclare avoir été informé des objectifs et de la méthodologie de cette étude, ainsi que des conditions de participation, avoir reçu des informations orales et écrites, que j'ai entendues, lues et comprises.

Ce document a été signé après clarification de tous les doutes avec le médecin investigateur et après réflexion sur cette proposition de participation à durée illimitée.

Les échantillons et les données seront cryptés, pour protéger mon identité. Je suis libre de refuser de donner mes échantillons et, même après avoir donné mon consentement, je pourrai le retirer à tout moment si tel est mon souhait. Ma décision n'affectera en rien la qualité de mon suivi clinique ni ne modifiera mes droits en tant que patient du ________________________________________________________ (unité hospitalière).

À tout moment, je peux demander des informations génériques sur l'étude pour laquelle des échantillons sont utilisés. Cependant, je ne serai pas informé des résultats concrets obtenus sur mes prélèvements, ces données n'étant pas pertinentes pour mon suivi clinique.

J'autorise également l'utilisation d'échantillons biologiques et de données recueillies, de manière anonyme et confidentielle, dans des projets de recherche ultérieurs, à condition qu'ils soient autorisés par le comité d'éthique approprié.

Signature du Participant : ______________________________________

Date: __ / __ / _____

Signature de l'enquêteur : ______________________________________

Date: __ / __ / _____

Propriété et protection des données des participants / confidentialité :

Les mesures de sécurité dans la protection des données personnelles qui seront mises en œuvre comprennent 1. La pseudonymisation et le cryptage des données personnelles ; 2. Capacité à restaurer la disponibilité et l'accès aux données personnelles en temps opportun en cas d'incident ; 3. Processus de test, d'évaluation et d'évaluation régulière de l'efficacité des mesures techniques et organisationnelles pour assurer la sécurité du traitement des données.