Évaluation d'une nouvelle qPCR basée sur les selles pour le diagnostic de la tuberculose chez les enfants et les personnes vivant avec le VIH (Stool4TB)

La tuberculose (TB) continue d'être une cause majeure de morbidité et de mortalité chez les enfants et les personnes vivant avec le VIH (PVVIH). Malgré des progrès significatifs dans le diagnostic de la tuberculose, l'amélioration du diagnostic de la tuberculose chez l'enfant continue d'être un défi majeur et constitue un pilier essentiel de la « stratégie de lutte contre la tuberculose » de l'OMS. La confirmation en laboratoire de la tuberculose est particulièrement difficile chez les enfants et les PVVIH étant donné la difficulté d'obtenir des échantillons d'expectoration et la nature pauci-bacillaire de la maladie. En conséquence, la confirmation bactériologique de la tuberculose pulmonaire chez les jeunes enfants et les PVVIH immunodéprimés reste décevante. L'incapacité à confirmer bactériologiquement la tuberculose entraîne à la fois i) un sous-diagnostic, ce qui entraîne de pires résultats, notamment une augmentation de la mortalité, et ii) un sur ou un sous-diagnostic, et une mauvaise allocation des ressources. Compte tenu des limites des tests de diagnostic basés sur les expectorations actuellement disponibles dans ces populations vulnérables, il est nécessaire de développer de nouveaux outils et d'identifier des échantillons non respiratoires faciles à collecter qui, combinés, pourraient améliorer la confirmation bactériologique. Les données préliminaires suggèrent qu'une nouvelle plate-forme, une méthode innovante d'homogénéisation des selles et d'isolement de l'ADN, ajoute de la valeur aux diagnostics existants basés sur les expectorations en augmentant les taux de confirmation bactériologique, et pourrait également être utile comme outil de surveillance de la réponse au traitement. Cette plate-forme a le potentiel d'être adaptée à un diagnostic au point de service (POC) et donc facilement mise en œuvre dans les centres de soins de santé de base aux ressources limitées.

Objectif : Le but de ce projet est d'évaluer les performances diagnostiques de la plateforme de PCR quantitative en temps réel (qPCR) basée sur les billes de selles pour le diagnostic de la tuberculose chez les enfants et les PVVIH. Cela sera évalué dans les contextes à forte charge de tuberculose et de VIH du Mozambique, d'Eswatini et d'Ouganda, sous l'hypothèse qu'il réduira l'important écart de détection des cas de tuberculose en améliorant les taux de confirmation de la tuberculose chez les enfants et les PVVIH, tout en s'avérant faisable et acceptable.

Objectif principal:

• Évaluer la précision diagnostique d'une PCR quantitative en temps réel basée sur les selles pour la détection de l'ADN de Mycobacterium tuberculosis (MTB qPCR), par rapport à un standard de référence composite (expectoration et selles Xpert Ultra, culture d'expectoration et TB-LAM urinaire).

Objectifs secondaires :

• Évaluez la précision diagnostique de la qPCR Mtb basée sur les selles par rapport aux résultats individuels des expectorations et des selles Xpert Ultra, LAM urinaire, frottis d'expectoration et culture d'expectoration (MGIT) en utilisant une définition de cas clinique consensuelle comme norme de référence.
• Évaluer l'utilité de la plateforme quantitative MTB qPCR basée sur les selles en tant qu'outil de suivi de la réponse au traitement pour les enfants et les PVVIH.
• Créer un biodépôt d'échantillons pédiatriques bien caractérisés sur chacun des sites d'étude pour soutenir le développement et l'évaluation futurs de la recherche sur de nouveaux biomarqueurs.

Méthodologie : Il s'agit d'une étude d'évaluation diagnostique prospective avec une évaluation de cohorte longitudinale emboîtée. Au cours d'une période de recrutement de 30 mois, les personnes atteintes de tuberculose présumée s'inscriront consécutivement pour faire partie de deux groupes d'étude : les enfants de moins de 8 ans, quel que soit leur statut VIH (N=1295) et les adultes vivant avec le VIH, quel que soit leur statut immunologique ( n=650). Soixante personnes supplémentaires participeront en tant que témoins sains (asymptomatiques). Après une évaluation clinique, radiologique et bactériologique, les cas de tuberculose seront traités conformément aux directives nationales. Les participants diagnostiqués avec la tuberculose seront suivis pendant 6 mois depuis le début du traitement afin d'évaluer la réponse au traitement et les résultats. Une définition de cas clinique sera établie comme norme de référence et définie comme tout participant chez qui une décision est prise de commencer l'ATT (les cas de tuberculose seront classés comme confirmés ou non confirmés). Plus précisément, les enfants seront classés en 3 catégories pédiatriques distinctes (TB confirmée, TB non confirmée et TB improbable) sur la base de critères bactériologiques, radiologiques et cliniques, conformément aux directives consensuelles internationales.