Transmission du VIH à l'ère de l'extension de la thérapie antirétrovirale en Éthiopie (THESA)

Contexte Les personnes dont la suppression virale est incomplète pendant la thérapie antirétrovirale (ART) peuvent héberger des virus résistants aux médicaments, qui ont la capacité de se transmettre. Nous émettons l'hypothèse que les personnes ayant déjà ou actuellement été exposées au TARV contribuent à la transmission du VIH, et que cela inclut la transmission de virus résistants aux médicaments. Cette hypothèse est abordée par l'utilisation de l'analyse épidémiologique moléculaire des séquences virales de personnes nouvellement diagnostiquées avec le VIH et de celles dont la réplication virale est en cours pendant le TAR, combinée à des données sur les comportements à risque de transmission. De plus, sur la base de nos constatations décrites ci-dessus, nous inclurons des données sur les conditions sociodémographiques dans cette analyse.

La possibilité d'obtenir une suppression virale après modification du traitement pour les personnes présentant une virémie détectable pendant le TAR est souvent compromise par la présence de mutations de résistance aux médicaments, de problèmes d'observance ou d'un approvisionnement irrégulier en médicaments. Il existe des données limitées sur l'efficacité du dolutégravir (actuellement recommandé dans le cadre des schémas thérapeutiques de TAR de 1ère et de 2ème ligne en Afrique subsaharienne) en tant que composant des schémas thérapeutiques de TAR dans les milieux à faible revenu. Nous émettons l'hypothèse que les personnes présentant une suppression virale incomplète au cours d'un TAR antérieur courent un risque accru d'émergence de mutations de résistance aux médicaments pendant le traitement à base de dolutégravir, y compris des mutations conférant une résistance au dolutégravir. Nous explorerons cette hypothèse avec un séquençage en profondeur de l'ARN du VIH détecté lors du suivi longitudinal, en tenant compte en particulier de l'expérience antérieure en ART.

Méthodes Les participants seront recrutés et suivis dans des établissements de santé publics (hôpitaux et centres de santé) de la ville d'Adama et de ses environs (population > 600 000 habitants), situés le long de la principale autoroute de transport en Éthiopie. La prévalence du VIH dans cette zone est considérablement plus élevée que la moyenne nationale (9,3% chez les femmes enceintes).

Deux catégories d'hommes et de femmes séropositifs âgés de plus de 16 ans sont éligibles à l'inclusion si les critères spécifiques pour les différentes catégories (expliqués ci-dessous) sont remplis et qu'un consentement éclairé écrit est fourni.

je. Personnes nouvellement diagnostiquées ; recrutés dans le cadre du dépistage du VIH et/ou de la première présentation aux soins, sans exposition actuelle ou antérieure au TAR.

ii. Patients ayant une exposition actuelle ou antérieure au TAR ; identifiés et recrutés dans les cliniques de TAR. Dans ces cliniques, tous les receveurs de TAR sont testés chaque année pour la charge virale (CV ; selon les directives nationales). Tous les patients présentant une virémie détectable seront inclus, avec une sélection de témoins avec suppression virale de la même cohorte.

Environ 800 personnes nouvellement diagnostiquées et 1 600 bénéficiaires de TAR seront inclus (nombre total estimé de participants d'environ 2 400 personnes). Les investigations de l'étude seront effectuées par des infirmières de recherche employées par le projet. Tous les participants éligibles recevront des informations orales et écrites sur l'étude. Le traçage sera effectué par des traceurs dédiés. Les données sources de l'étude seront conservées dans l'établissement de santé respectif. Il sera codé et enregistré en continu dans une base de données REDCAP par le personnel employé par le projet.

Les participants seront interrogés à la suite de questionnaires structurés couvrant des détails démographiques, socio-économiques, comportementaux et médicaux, ainsi que des détails sur le dépistage du VIH et le TAR. Pour les patients ayant des antécédents de soins antérieurs et/ou actuels pour le VIH, les résultats des tests antérieurs de CV et de cellules CD4 seront récupérés. Un examen physique sera effectué. Les personnes présentant des symptômes et/ou des signes de maladie aiguë ou chronique feront l'objet d'examens plus approfondis, en fonction de la présentation clinique. Les décisions sur le régime de TAR seront prises conformément aux directives éthiopiennes.

Des échantillons de sang veineux seront obtenus dans le cadre de l'inclusion, pour la LV, les cellules CD4 et la formule sanguine complète, la sérologie pour la syphilis, l'hépatite B et C. De plus, des échantillons d'expectoration seront obtenus de tous les participants (indépendamment des manifestations cliniques) pour les tests bactériologiques pour Mycobacterium tuberculosis (y compris culture liquide et PCR GeneXpert). Des échantillons de selles seront analysés au microscope pour la détection de vers et de parasites intestinaux. La recherche d'autres infections opportunistes sera effectuée en fonction de la présentation clinique. Des aliquotes de plasma seront conservées à -80°C.

Les participants seront suivis pendant 2 ans après l'inclusion, avec des visites d'étude à intervalles de 3 mois pendant la première année et à intervalles de 6 mois pendant la deuxième année. Lors de toutes les visites, les participants seront interrogés et examinés, avec des prélèvements sanguins répétés pour les tests de numération de la LV et des cellules CD4 et le stockage du plasma comme décrit ci-dessus.

Analyses Pour caractériser les schémas de transmission du VIH, les données des analyses phylogénétiques des séquences virales seront corrélées à la présence de mutations de résistance aux médicaments et aux caractéristiques sociodémographiques. Les échantillons avec VL détectable (> 150 copies/ml) seront soumis à une amplification par PCR de l'ensemble de la région protéase-polymérase (contenant les trois principales régions associées à la résistance aux médicaments ; les régions protéase, polymérase et intégrase), suivie d'un séquençage à l'aide de la 3e génération technologie de séquençage. Ces séquences seront utilisées pour l'analyse phylogénétique et pour la détermination du sous-type du VIH, des formes recombinantes et de la présence de mutations de résistance aux médicaments. Pour une caractérisation plus poussée de la dynamique de transmission du VIH, des tests d'avidité seront effectués sur des échantillons de personnes nouvellement diagnostiquées, afin d'estimer la durée de l'infection par le VIH et d'identifier les personnes récemment infectées par le VIH.

Pour l'analyse des résultats du traitement, les participants seront suivis pendant 2 ans après l'inclusion. Tous les échantillons avec CV détectable obtenus > 3 mois après l'inclusion seront soumis à un séquençage pour la détection des mutations de résistance aux médicaments. Taux de suppression virale (défini comme CV