Transmisja HIV w dobie zwiększania skali terapii antyretrowirusowej w Etiopii (THESA)

Tło Osoby z niepełną supresją wirusową podczas terapii przeciwretrowirusowej (ART) mogą być nosicielami wirusów lekoopornych, które mają zdolność do dalszego przenoszenia. Stawiamy hipotezę, że osoby z wcześniejszą lub obecną ekspozycją na ART przyczyniają się do przenoszenia wirusa HIV i obejmuje to przenoszenie wirusów lekoopornych. Hipotezę tę rozwiązuje się za pomocą molekularnej analizy epidemiologicznej sekwencji wirusowych od osób, u których niedawno zdiagnozowano wirusa HIV, oraz osób z trwającą replikacją wirusa podczas ART, w połączeniu z danymi dotyczącymi ryzyka przenoszenia. Ponadto, w oparciu o nasze ustalenia opisane powyżej, uwzględnimy w tej analizie dane dotyczące warunków społeczno-demograficznych.

Szansa na osiągnięcie supresji wirusa po modyfikacji leczenia u osób z wykrywalną wiremią podczas ART jest często zagrożona przez obecność mutacji oporności na leki, problemy z przestrzeganiem zaleceń lub nieregularną podaż leków. Istnieją ograniczone dane dotyczące skuteczności dolutegrawiru (obecnie zalecanego jako część schematów ART pierwszego i drugiego rzutu w Afryce Subsaharyjskiej) jako składnika schematów ART w warunkach o niskich dochodach. Stawiamy hipotezę, że osoby z niepełną supresją wirusa podczas wcześniejszej ART są narażone na zwiększone ryzyko pojawienia się mutacji oporności na leki podczas leczenia opartego na dolutegrawirze, w tym mutacji powodujących oporność na dolutegrawir. Zbadamy tę hipotezę za pomocą głębokiego sekwencjonowania RNA HIV wykrytego podczas obserwacji podłużnej, ze szczególnym uwzględnieniem wcześniejszych doświadczeń ART.

Metody Uczestnicy będą rekrutowani i obserwowani w placówkach zdrowia publicznego (szpitale i ośrodki zdrowia) w mieście Adama i okolicach (populacja >600 000 mieszkańców), położonych wzdłuż głównej autostrady transportowej w Etiopii. Częstość występowania HIV na tym obszarze jest znacznie wyższa niż średnia krajowa (9,3% wśród kobiet w ciąży).

Dwie kategorie mężczyzn i kobiet zakażonych wirusem HIV w wieku >16 lat kwalifikują się do włączenia, jeśli spełnione są określone kryteria dla różnych kategorii (wyjaśnione poniżej) i wyrażono pisemną świadomą zgodę.

i. Osoby nowo zdiagnozowane; rekrutowani w związku z testem na obecność wirusa HIV i/lub pierwszym zgłoszeniem się do opieki, bez aktualnego lub wcześniejszego kontaktu z ART.

II. Pacjenci z obecną lub wcześniejszą ekspozycją na ART; zidentyfikowanych i rekrutowanych w klinikach ART. W tych klinikach wszyscy biorcy ART są corocznie badani pod kątem miana wirusa (VL; zgodnie z krajowymi wytycznymi). Wszyscy pacjenci z wykrywalną wiremią zostaną włączeni, z wybranymi kontrolami z supresją wirusa z tej samej kohorty.

Uwzględnionych zostanie około 800 nowo zdiagnozowanych osób i 1600 odbiorców ART (całkowita szacunkowa liczba uczestników to około 2400 osób). Badania naukowe będą przeprowadzane przez pielęgniarki zatrudnione w ramach projektu. Wszyscy kwalifikujący się uczestnicy otrzymają ustne i pisemne informacje o badaniu. Śledzenie będzie wykonywane przez dedykowane znaczniki. Dane źródłowe badań będą przechowywane w odpowiedniej placówce opieki zdrowotnej. Będzie on kodowany i stale rejestrowany w bazie danych REDCAP przez personel zatrudniony w projekcie.

Z uczestnikami zostaną przeprowadzone wywiady za pomocą ustrukturyzowanych kwestionariuszy obejmujących szczegóły demograficzne, społeczno-ekonomiczne, behawioralne i medyczne, a także szczegółowe informacje na temat testów na obecność wirusa HIV i ART. W przypadku pacjentów z wcześniejszą i/lub obecną historią leczenia HIV, zostaną odzyskane poprzednie wyniki testów komórek VL i CD4. Zostanie przeprowadzone badanie fizykalne. Osoby z objawami i/lub oznakami ostrej lub przewlekłej choroby będą dalej badane, w zależności od obrazu klinicznego. Decyzje dotyczące schematu ART zostaną podjęte zgodnie z wytycznymi etiopskimi.

Krew żylna zostanie pobrana w związku z włączeniem, w kierunku VL, komórek CD4 i morfologii krwi, serologii w kierunku kiły, wirusowego zapalenia wątroby typu B i C. Dodatkowo od wszystkich uczestników (niezależnie od objawów klinicznych) zostanie pobrana próbka plwociny do badań bakteriologicznych w kierunku Mycobacterium tuberculosis (w tym hodowla płynna i GeneXpert PCR). Próbki kału zostaną poddane analizie mikroskopowej w celu wykrycia robaków jelitowych i pasożytów. Badanie w kierunku innych zakażeń oportunistycznych zostanie przeprowadzone w zależności od obrazu klinicznego. Porcje osocza będą przechowywane w temperaturze -80°C.

Uczestnicy będą obserwowani przez 2 lata po włączeniu, z wizytami studyjnymi w odstępach 3-miesięcznych w pierwszym roku i w odstępach 6-miesięcznych w drugim roku. Podczas wszystkich wizyt uczestnicy będą przesłuchiwani i badani, z wielokrotnym pobieraniem krwi w celu oznaczenia liczby komórek VL i CD4 oraz przechowywania osocza, jak opisano powyżej.

Analizy W celu scharakteryzowania wzorców transmisji HIV dane z analiz filogenetycznych sekwencji wirusowych zostaną skorelowane z obecnością mutacji lekooporności i cechami społeczno-demograficznymi. Próbki z wykrywalnymi VL (>150 kopii/ml) zostaną poddane amplifikacji PCR całego regionu proteaza-polimeraza (zawierającego trzy główne regiony związane z lekoopornością; regiony proteazy, polimerazy i integrazy), a następnie sekwencjonowaniu przy użyciu trzeciej generacji technologia sekwencjonowania. Sekwencje te zostaną wykorzystane do analizy filogenetycznej oraz do określenia podtypu HIV, form rekombinowanych i obecności mutacji lekoopornych. W celu dalszego scharakteryzowania dynamiki transmisji HIV, testy awidności zostaną wykonane na próbkach od nowo zdiagnozowanych osób, w celu oszacowania czasu trwania zakażenia wirusem HIV i zidentyfikowania osób z niedawno nabytym zakażeniem wirusem HIV.

W celu analizy wyników leczenia uczestnicy będą obserwowani przez 2 lata po włączeniu. Wszystkie próbki z wykrywalną VL uzyskaną >3 miesiące po włączeniu zostaną poddane sekwencjonowaniu w celu wykrycia mutacji lekooporności. Wskaźniki supresji wirusa (zdefiniowane jako VL