埃塞俄比亚扩大抗逆转录病毒治疗时代的艾滋病毒传播 (THESA)

背景 在抗逆转录病毒治疗 (ART) 期间病毒抑制不完全的人可能携带具有继续传播能力的耐药病毒。 我们假设以前或现在接触过 ART 的个体会导致 HIV 传播，这包括耐药病毒的传播。 这一假设是通过对新诊断的 HIV 感染者和在 ART 期间进行病毒复制的人的病毒序列进行分子流行病学分析，并结合传播风险行为的数据来解决的。 此外，根据我们上述的发现，我们将在此分析中包括社会人口状况的数据。

对于在 ART 期间检测到病毒血症的人，在治疗调整后实现病毒抑制的机会经常受到耐药突变、依从性问题或不规则药物供应的存在的影响。 关于多替拉韦（目前推荐作为撒哈拉以南非洲地区第一和第二线 ART 方案的一部分）作为低收入环境中 ART 方案组成部分的疗效的数据有限。 我们假设在先前的 ART 期间病毒抑制不完全的人在基于多替拉韦的治疗期间出现耐药突变的风险增加，包括赋予多替拉韦耐药性的突变。 我们将通过纵向随访期间检测到的 HIV RNA 的深度测序来探索这一假设，特别考虑到以前的 ART 经验。

方法 将在位于埃塞俄比亚主要交通公路沿线的阿达玛市及周边地区（人口 > 600 000 居民）的公共卫生设施（医院和保健中心）招募和跟踪参与者。 该地区的艾滋病病毒感染率大大高于全国平均水平（孕妇为 9.3%）。

如果满足不同类别的特定标准（如下所述）并提供书面知情同意书，则年龄 >16 岁的两类 HIV 阳性男性和女性有资格纳入。

一世。初诊者；因 HIV 检测和/或首次就诊而被招募，目前或之前没有接触过 ART。

二.当前或之前接触过 ART 的患者；在 ART 诊所确定并招募。 在这些诊所中，所有 ART 接受者每年都会接受病毒载量检测（VL；根据国家指南）。 将包括所有具有可检测病毒血症的患者，并从同一队列中选择具有病毒抑制的对照。

将包括大约 800 名新诊断的人和 1600 名 ART 接受者（估计参与者总数约为 2400 人）。 研究调查将由项目雇用的研究护士进行。 所有符合条件的参与者都将收到有关该研究的口头和书面信息。 跟踪将由专门的跟踪器完成。 研究源数据将保存在各自的医疗机构中。 它将被项目雇用的工作人员编码并连续记录到 REDCAP 数据库中。

参与者将接受结构化问卷调查，内容包括人口统计、社会经济、行为和医疗细节，以及 HIV 检测和 ART 的详细信息。 对于之前和/或当前有 HIV 护理史的患者，将检索之前的 VL 和 CD4 细胞检测结果。 将进行身体检查。 具有急性或慢性疾病症状和/或体征的个体将根据临床表现进行进一步调查。 关于 ART 方案的决定将按照埃塞俄比亚的指导方针进行。

将获得与纳入有关的静脉血样本，用于 VL、CD4 细胞和全血细胞计数、梅毒血清学、乙型肝炎和丙型肝炎。此外，将从所有参与者（无论临床表现如何）获得痰液样本进行细菌学检测用于结核分枝杆菌（包括液体培养和 GeneXpert PCR）。 粪便样本将在显微镜下进行分析，以检测肠道蠕虫和寄生虫。 将根据临床表现对其他机会性感染进行调查。 血浆等分试样将储存在-80°C。

参与者将在入选后随访 2 年，第一年每 3​​ 个月进行一次研究访问，第二年每 6 个月进行一次研究访问。 在所有访问中，将对参与者进行访谈和检查，并如上所述重复采血以进行 VL 和 CD4 细胞计数测试和血浆储存。

分析 为了表征 HIV 传播模式，来自病毒序列系统发育分析的数据将与耐药突变和社会人口特征的存在相关联。 具有可检测 VL（>150 拷贝/ml）的样品将进行整个蛋白酶-聚合酶区域（包含与耐药性相关的三个主要区域；蛋白酶、聚合酶和整合酶区域）的 PCR 扩增，然后使用第 3 代进行测序测序技术。 这些序列将用于系统发育分析，以及确定 HIV 亚型、重组形式和耐药突变的存在。 为了进一步表征 HIV 传播动态，将对来自新诊断个体的样本进行亲和力测试，以估计 HIV 感染的持续时间，并确定最近感染 HIV 的人。

为了分析治疗结果，参与者将在入组后随访 2 年。 纳入后 >3 个月获得的所有具有可检测 VL 的样品将进行测序以检测耐药突变。 病毒抑制率（定义为 VL