Dynamique de transmission domestique des entérobactéries multirésistantes (HOME)

Entérobactéries multirésistantes (MDR-E), c'est-à-dire Les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (ESBL-E) et les entérobactéries productrices de carbapénèmases (CPE) se répandent dans le monde entier. Bien qu'initialement considérés comme un problème associé aux soins de santé, les rapports de portage de BLSE-E et d'infections chez des personnes sans aucune exposition antérieure aux soins de santé soulèvent des inquiétudes quant à leur diffusion alarmante dans la communauté. Très peu de rapports ont étudié la dynamique de transmission de l'E-MR des porteurs aux membres du ménage. Les facteurs de risque d'acquisition (liés à la souche, aux habitudes de vie, aux déplacements, aux activités professionnelles…) étaient mal évalués.

Quantifier et comprendre les mécanismes de transmission des ménages est d'une importance majeure pour élaborer des stratégies de contrôle spécifiquement conçues pour la communauté.

L'objectif principal est d'estimer le taux de transmissions confirmées de l'E-MR d'un cas index aux membres apparentés du ménage.

Le critère principal est défini par le taux d'attaque secondaire (SAR) pour les transmissions confirmées, c'est-à-dire la proportion d'acquisitions confirmées (basées sur l'analyse génétique des souches) de MDR-E chez tous les membres du ménage sur la période d'étude (trois mois).

Le dépistage des patients éligibles reposera sur une demande quotidienne automatisée de tous les échantillons positifs MDR-E qui est déjà mise en œuvre dans les centres participants.

Des informations sur l'étude seront données aux patients éligibles, ceux qui répondent aux critères d'éligibilité et désireux de participer seront invités à donner leur non-opposition.

Sept jours avant la sortie de l'hôpital, les patients index qui consentent à participer fourniront un échantillon fécal à dépister pour le portage MDR-E. Si le patient est toujours positif à la sortie pour le portage fécal MDR-E, il sera inclus dans la cohorte (= cas index). Les membres de son ménage (=membres du ménage) seront alors invités à participer et inclus après accord.

Après inclusion, les cas index et les membres du ménage seront suivis prospectivement pendant 3 mois (+/-7 jours) et invités à fournir des échantillons de selles auto-collectés et des questionnaires le jour 7, le jour 15, le jour 21, le jour 30, le mois 2 et le mois 3.

Les échantillons de selles auto-prélevés seront envoyés par courrier au laboratoire de microbiologie de référence (Bichat) avec des questionnaires auto-remplis.

De plus, dans le cadre de l'étude annexe :

Pour obtenir des données précises sur les interactions entre les membres du ménage, des systèmes Ultra Wide Band (UWB) seront utilisés. Pendant 4 jours, les cas index et les membres du ménage porteront un petit capteur sans fil qui enregistre en continu l'identité d'autres capteurs qui se trouvent à proximité. Pour chaque ménage, l'enregistrement sera effectué sur 2 jours de semaine et 2 jours de week-end (samedi et dimanche).

La proportion de transmissions dans tous les membres du ménage au cours de la période d'étude (SAR) et les intervalles de confiance à 95 % seront calculés à la fin du suivi pour les transmissions probables et confirmées et décrits en fonction de la taille du ménage et du type de population de cas index. L'analyse de survie de Kaplan Meier sera utilisée pour estimer le temps médian jusqu'à la (première) acquisition parmi les membres du ménage et un modèle de fragilité partagé de Cox pour étudier les variables associées aux expositions potentielles des cas index d'acquisition et des membres du ménage, les caractéristiques du ménage, l'abondance de MDR-E chez les cas index, diversité et composition du microbiote intestinal). De plus, un modèle individuel stochastique pour capturer les processus multifactoriels impliqués dans la transmission MDR-E sera développé. Plusieurs modèles de complexité croissante seront construits afin de comparer leur vraisemblance compte tenu des acquisitions observées au fil du temps dans les différents ménages. Le modèle sera intégré dans un cadre d'inférence pour analyser les données et estimer les paramètres du modèle (par exemple, les taux de transmission pour les différentes routes). Les techniques d'inférence impliqueront des statistiques bayésiennes, probablement Markov Chain Monte Carlo avec augmentation des données. Les différents modèles seront comparés sur la base de critères spécifiques, tels que le critère d'information sur la déviance (DIC). Le modèle paramétré sélectionné à l'étape précédente sera utilisé pour simuler et évaluer différentes stratégies de contrôle de l'émergence et de la transmission des MDR-E aux ménages.