Dynamika przenoszenia w gospodarstwie domowym wielolekoopornych Enterobacterales (HOME)

Wielolekooporne Enterobacterales (MDR-E), tj. Enterobacterales wytwarzające beta-laktamazy o rozszerzonym spektrum (ESBL-E) i Enterobacterales wytwarzające karbapenemazy (CPE) rozprzestrzeniają się na całym świecie. Chociaż początkowo uważano je za problem związany z opieką zdrowotną, doniesienia o nosicielstwie ESBL-E i zakażeniach u osób bez wcześniejszego kontaktu z opieką zdrowotną budzą obawy co do ich alarmującego rozpowszechniania się w społeczności. Bardzo nieliczne doniesienia dotyczyły dynamiki transmisji MDR-E od nosicieli do domowników. Czynniki ryzyka nabycia (związane ze stresem, nawykami domowymi, podróżami, aktywnością zawodową…) zostały źle ocenione.

Kwantyfikacja i zrozumienie mechanizmów transmisji z gospodarstw domowych ma ogromne znaczenie dla opracowania strategii kontroli specjalnie zaprojektowanych dla społeczności.

Głównym celem jest oszacowanie wskaźnika potwierdzonych transmisji MDR-E z przypadku indeksowego do powiązanych członków gospodarstwa domowego.

Pierwszorzędowy punkt końcowy definiowany jest przez współczynnik wtórnych ataków (SAR) dla potwierdzonych transmisji, tj. odsetek potwierdzonych (na podstawie analizy genetycznej szczepów) nabycia MDR-E u wszystkich członków gospodarstwa domowego w okresie badania (trzy miesiące).

Badanie przesiewowe kwalifikujących się pacjentów będzie polegać na automatycznym codziennym żądaniu wszystkich próbek MDR-E-pozytywnych, które jest już wdrożone w uczestniczących ośrodkach.

Informacje na temat badania zostaną przekazane kwalifikującym się pacjentom, osoby spełniające kryteria kwalifikacyjne i chcące wziąć udział zostaną poproszone o wyrażenie sprzeciwu.

Siedem dni przed wypisem ze szpitala pacjenci z indeksu, którzy wyrażą zgodę na udział, dostarczą próbkę kału do badania przesiewowego pod kątem nosicielstwa MDR-E. Jeśli przy wypisie pacjent nadal ma dodatni wynik testu na nosicielstwo kału MDR-E, zostanie włączony do kohorty (= przypadek indeksowy). Członkowie jego/jej gospodarstwa domowego (=członkowie HH) zostaną następnie zaproszeni do udziału i włączeni po uzgodnieniu.

Po włączeniu przypadki z indeksu i członkowie gospodarstwa domowego będą prospektywnie obserwowani przez 3 miesiące (+/-7 dni) i poproszeni o dostarczenie samodzielnie pobranych próbek kału i kwestionariuszy w dniu 7, dniu 15, dniu 21, dniu 30, miesiącu 2 i miesiącu 3.

Samodzielnie pobrane próbki kału zostaną przesłane pocztą do referencyjnego laboratorium mikrobiologicznego (Bichat) wraz z samodzielnie wypełnionymi kwestionariuszami.

Ponadto w kontekście badania pomocniczego:

Do uzyskania dokładnych danych o interakcjach między domownikami wykorzystane zostaną systemy Ultra Wide Band (UWB). Przez 4 dni osoby z indeksami i domownicy będą nosić mały czujnik bezprzewodowy, który stale rejestruje tożsamość innych czujników znajdujących się w pobliżu. Dla każdego gospodarstwa domowego rejestracja będzie prowadzona przez 2 dni powszednie i 2 dni weekendowe (sobota i niedziela).

Odsetek transmisji u wszystkich członków gospodarstwa domowego w okresie badania (SAR) i 95% przedziały ufności zostaną obliczone na koniec obserwacji zarówno dla prawdopodobnych, jak i potwierdzonych transmisji i opisane zgodnie z wielkością gospodarstwa domowego i typem populacji indeksowej. Analiza przeżycia Kaplana-Meiera zostanie wykorzystana do oszacowania mediany czasu do (pierwszego) nabycia wśród członków gospodarstwa domowego oraz wspólny model słabości Coxa do zbadania zmiennych związanych z indeksem nabycia-przypadkiem i potencjalną ekspozycją członków gospodarstwa domowego, charakterystyką gospodarstwa domowego, liczebnością MDR-E w indeksie przypadków-pacjentów, różnorodność i skład mikroflory jelitowej). Ponadto opracowany zostanie indywidualny model stochastyczny, który uchwyci wieloczynnikowe procesy związane z transmisją MDR-E. Zostanie zbudowanych kilka modeli o rosnącej złożoności w celu porównania ich prawdopodobieństwa, biorąc pod uwagę nabytki obserwowane w czasie w różnych gospodarstwach domowych. Model zostanie zintegrowany ze strukturą wnioskowania w celu analizy danych i oszacowania parametrów modelu (np. szybkości transmisji dla różnych tras). Techniki wnioskowania będą obejmowały statystykę bayesowską, prawdopodobnie łańcuch Markowa Monte Carlo z augmentacją danych. Różne modele zostaną porównane w oparciu o określone kryterium, takie jak Kryterium Informacji o Odchyłce (DIC). Sparametryzowany model wybrany w poprzednim kroku posłuży do symulacji i oceny różnych strategii kontroli powstawania i przenoszenia MDR-E do gospodarstw domowych.