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Un essai randomisé de NGS métagénomique pour le diagnostic de la pneumonie

16 novembre 2025 mis à jour par: National Taiwan University Hospital

Impact de l'incorporation du séquençage métagénomique de nouvelle génération dans la prise en charge de la pneumonie sur l'efficacité et les résultats du diagnostic : un essai contrôlé randomisé

Dans cet essai contrôlé randomisé, nous visons à évaluer l'efficacité de l'incorporation de mNGS dans la prise en charge de la pneumonie sur l'efficacité et la précision de l'identification des agents pathogènes responsables, la proportion de participants bénéficiant d'un traitement antimicrobien efficace, la durée de l'hospitalisation et la mortalité.

Aperçu de l'étude

Statut

Actif, ne recrute pas

Les conditions

Intervention / Traitement

Description détaillée

Il s'agit d'une étude ouverte, randomisée, multicentrique de phase 2 qui évaluera l'efficacité de l'incorporation de mNGS dans la prise en charge de la pneumonie sévère sur la précision et l'efficacité de l'obtention d'un diagnostic définitif de l'identification des agents pathogènes responsables de la pneumonie, de la thérapie antimicrobienne appropriée et du patient. résultats. Le diagnostic de pneumonie nécessite des preuves radiologiques de pneumonie et au moins deux des critères cliniques suivants : toux nouvelle ou aggravée, expectoration de crachats nouvelle ou aggravée, dyspnée nouvelle ou aggravation, hémoptysie, douleur thoracique pleurétique et fièvre (≥ 38,0 °C ). La pneumonie sévère est définie comme une pneumonie avec hypoxémie nécessitant une intubation orotrachéale et une ventilation mécanique.

Un consentement éclairé écrit est requis des sujets éligibles ou de leur tuteur légal au moment du recrutement. Après avoir obtenu le consentement éclairé, les sujets seront randomisés avec un ratio d'allocation de 1: 1 via un système de randomisation basé sur le Web pour recevoir la norme de soins (SOC) en utilisant la culture et la sérologie pour la détection d'agents pathogènes ou SOC avec une méthode mNGS supplémentaire utilisant APGseq ® (Asia Pathogenomics, New Taipei City, Taiwan) pour la détection des agents pathogènes. Le traitement de la pneumonie est suggéré conformément aux directives de Taiwan pour la gestion de la pneumonie publiées en 2018. Après la randomisation, les sujets seront suivis jusqu'à leur décès, leur sortie de l'hôpital ou 28 jours après la randomisation, selon la première éventualité. La durée totale de l'étude devrait être de deux ans, du premier sujet inscrit à l'analyse finale.

Type d'étude

Interventionnel

Inscription (Réel)

114

Phase

  • N'est pas applicable

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Lieux d'étude

  • Taïwan
      • Taipei, Taïwan
        • National Taiwan University Hospital

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

  • Adulte
  • Adulte plus âgé

Accepte les volontaires sains

Non

La description

Critère d'intégration:

  1. Se présenter à l'unité de soins intensifs avec un diagnostic de pneumonie (remplit les critères radiographiques et cliniques)
  2. Adultes âgés de ≥18 ans
  3. Intubation orotrachéale
  4. Admission aux soins intensifs pendant <24 heures
  5. Score APACHE II <35 à l'admission en USI

Critère d'exclusion:

  1. Espérance de vie inférieure à 4 semaines
  2. Avec une directive existante pour suspendre les traitements de maintien de la vie
  3. Patients ne voulant pas ou ne pouvant pas fournir un échantillon des voies respiratoires inférieures à l'admission aux soins intensifs
  4. Un bilan antérieur a identifié des agents pathogènes spécifiques qui peuvent expliquer l'événement index de la pneumonie
  5. Des tests multiplex PCR ou NGS ont été effectués pour la détection des agents pathogènes avant le dépistage

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

  • Objectif principal: Diagnostique
  • Répartition: Randomisé
  • Modèle interventionnel: Affectation parallèle
  • Masquage: Aucun (étiquette ouverte)

Armes et Interventions

Groupe de participants / Bras
Intervention / Traitement
Comparateur actif: Groupe de soins standard
Des aspirations endotrachéales, des échantillons de sang, des échantillons d'urine et des écouvillons nasopharyngés ont été obtenus des patients dès que possible après leur admission aux soins intensifs. La culture bactérienne a été réalisée, avec l'utilisation de techniques standard, sur des échantillons de sang et des aspirations endotrachéales. La détection des antigènes urinaires a été réalisée pour la détection de L. pneumophila et S. pneumoniae. Un test PCR a été réalisé sur des écouvillons nasopharyngés pour la détection des virus de la grippe A et B et des virus SARS-CoV-2. Les détections fongiques ou mycobactériennes, et l'opportunité d'utiliser la PCR multiplex pour la détection d'agents pathogènes, comme le système FilmArray, ont été déterminées à la discrétion des médecins.
Test diagnostique: Bilan standard pour la pneumonie
Des aspirations endotrachéales, des échantillons de sang, des échantillons d'urine et des écouvillons nasopharyngés ont été obtenus des patients dès que possible après leur admission aux soins intensifs. La culture bactérienne a été réalisée, avec l'utilisation de techniques standard, sur des échantillons de sang et des aspirations endotrachéales. La détection des antigènes urinaires a été réalisée pour la détection de L. pneumophila et S. pneumoniae. Un test PCR a été réalisé sur des écouvillons nasopharyngés pour la détection des virus de la grippe A et B et des virus SARS-CoV-2. Les détections fongiques ou mycobactériennes, et l'opportunité d'utiliser la PCR multiplex pour la détection d'agents pathogènes, comme le système FilmArray, ont été déterminées à la discrétion des médecins.
Expérimental: groupe mNGS
Les sujets affectés au groupe mNGS recevront un bilan étiologique suivi du protocole utilisé dans le groupe de soins standard et des tests mNGS supplémentaires pour deux échantillons de mini-lavage bronchoalvéolaire et un échantillon d'échantillons de sang récupérés en même temps que le bilan standard.
Test diagnostique: Séquençage métagénomique de nouvelle génération
Des tests NGS métagénomiques pour l'identification des agents pathogènes seront effectués pour les échantillons de voies respiratoires et de sang à l'aide d'APGseq ® (Asia Pathogenomics, New Taipei City, Taiwan). La préparation de l'échantillon pour le test mNGS était la suivante : 5 à 10 mL de sang total ont été centrifugés à 1 600 g pendant 10 min à 4 °C pour séparer le plasma. Les échantillons de plasma ont été transférés dans des tubes stériles de 2 ml pour l'extraction d'ADN ou d'ARN suivante. En général, 300 ul d'échantillon de plasma ont été utilisés pour l'extraction de l'ADN. L'ADN génomique total des échantillons a été extrait à l'aide de la méthode sur colonne (par ex. Kit QIAamp DNA Microbiome, Qiagen pour l'extraction d'ADN ; ou QIAamp Viral RNA Mini Kit, Qiagen pour l'extraction d'ARN, respectivement), en suivant le manuel d'utilisation du fabricant. L'ARN a été rétrotranscrit et synthétisé en ADN complémentaire double brin (ADNc ds) avec le kit de transcription inverse SuperScript II (Invitrogen).

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Temps nécessaire pour obtenir un diagnostic définitif dans l'analyse en intention de traiter modifiée (mITT).
Délai: 7 jours
Probabilité cumulée d'obtenir un diagnostic définitif en termes d'identification précise des agents pathogènes responsables de la pneumonie, estimée par la méthode de Kaplan-Meier dans un laps de temps de 7 jours dans l'analyse en intention de traiter modifiée (mITT).
7 jours

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Temps nécessaire à l'obtention d'un diagnostic définitif dans l'analyse en intention de traiter.
Délai: 7 jours
Tester la robustesse de l'analyse mITT pour le critère d'évaluation principal de l'étude par rapport à l'analyse ITT standard. (Analyse de sensibilité)
7 jours
Taux de détection d'agents pathogènes entre deux groupes à la 72e heure.
Délai: 72 heures
Proportion de participants avec un diagnostic précis des agents pathogènes responsables de la pneumonie à la 72e heure après la randomisation dans l'analyse mITT.
72 heures
Taux de détection d'agents pathogènes entre deux groupes à la fin de l'étude.
Délai: 28 jours
Proportion de participants avec un diagnostic précis des agents pathogènes responsables de la pneumonie au jour 28 après la randomisation dans l'analyse mITT.
28 jours
Impact du mNGS sur la prescription d'antibiotiques appropriés.
Délai: 72 heures
Proportion de participants sous traitement antimicrobien efficace à la 72e heure après la randomisation dans l'analyse mITT.
72 heures
Mortalité à 28 jours dans l'analyse mITT.
Délai: 28 jours
Courbes de Kaplan-Meier de la survie à 28 jours en utilisant la cohorte mITT. Les tests de log-rank sont utilisés pour tester la signification statistique.
28 jours
Mortalité à 28 jours en analyse ITT (cohorte totale).
Délai: 28 jours
Courbes de Kaplan-Meier de la survie à 28 jours en utilisant la cohorte totale. Les tests de log-rank sont utilisés pour tester la signification statistique.
28 jours
Impact du mNGS sur la durée du séjour en USI
Délai: Sortie des soins intensifs ou 28 jours
Courbes de sortie vivante d'USI en 28 jours après randomisation à l'aide du modèle Fine-Gray. La mort sera traitée comme un risque concurrent.
Sortie des soins intensifs ou 28 jours
Impact du mNGS sur les résultats respiratoires et la mortalité.
Délai: 28 jours
Jours sans ventilation sur 28 jours en utilisant la cohorte mITT. Le test de la somme des rangs de Wilcoxon est utilisé pour tester la signification statistique.
28 jours

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

National Taiwan University Hospital

Collaborateurs

Far Eastern Memorial Hospital
National Taiwan University Hospital Hsin-Chu Branch

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Sheng-Yuan Ruan, MD, National Taiwan University Hospital

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

7 août 2023

Achèvement primaire (Réel)

20 mai 2025

Achèvement de l'étude (Estimé)

30 novembre 2025

Dates d'inscription aux études

Première soumission

30 juillet 2023

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

30 juillet 2023

Première publication (Réel)

7 août 2023

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

19 novembre 2025

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

16 novembre 2025

Dernière vérification

1 novembre 2025

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Mots clés

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • 202305104RINB

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

NON

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

produit fabriqué et exporté des États-Unis.

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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