Dépistage métabolomique des taches de sang et des urines appliqué aux maladies rares (BUSARD)

CONCEPTION DE L'ENQUÊTE CLINIQUE

Étude interventionnelle multicentrique utilisant la spectrométrie de masse à haute résolution appliquée à des taches de sang séché et à des échantillons d'urine, générant des données métabolomiques.

L'étude débutera par la mise en place d'une biobanque selon la description du groupe.

Les échantillons (taches de sang séché (DBS) et échantillons d'urine pour chaque sujet) seront collectés dans les centres co-investigateurs respectifs, avant d'être expédiés à la biobanque centrale des Cliniques universitaires Saint Luc (CUSL). Les DBS peuvent être conservés à température ambiante (secs et protégés de la lumière) s’ils sont expédiés au CUSL dans les 2 semaines suivant l’échantillonnage.

La procédure d'échantillonnage, effectuée dans chaque centre de co-investigation, comprendra dans l'ordre suivant :

• Informations sur l'étude (explications de l'investigateur ou de son délégué)
• Collecte de formulaires de consentement éclairé pour participer, y compris l'inscription/la désinscription
• Accord d'échantillonnage multiple à un autre moment (pour les groupes II et III uniquement)
• Un questionnaire médical/CRF confidentiel sera collecté (forme réduite pour les sujets du groupe 1-contrôle)
• DBS et prélèvement d’urine. Les sujets pour lesquels seul le DBS néonatal est disponible seront également acceptés.

L'identité et la participation des sujets à l'expérimentation resteront strictement confidentielles conformément au Règlement général européen sur la protection des données du 27 avril 2016 (en application depuis le 25 mai 2018), à la loi belge du 30 juillet 2018 relative à la protection des données. la vie privée à l'égard du traitement des données personnelles, ainsi que la loi du 22 août 2002 relative aux droits des patients. Les données personnelles seront codées. Les sujets ne seront pas identifiés par leur nom ou de toute autre manière reconnaissable dans les dossiers, résultats ou publications liés à l'expérimentation.

Les enquêteurs de l'étude identifieront les sujets potentiels qui semblent répondre aux critères d'éligibilité.

Le médecin ou le délégué expliquera l'étude. Ensuite, si le sujet et/ou les parents sont d'accord, le consentement éclairé sera signé avant tout prélèvement.

Des échantillonnages multiples à différents moments seront autorisés pour un seul formulaire de consentement éclairé (ICF).

Les centres co-investigateurs conserveront temporairement des échantillons pseudonymisés et enverront périodiquement les échantillons accumulés (congelés) au laboratoire du CUSL (pour biobanque). Les échantillons seront conservés à -80°C dans la biobanque CUSL avant et après analyse. L'heure de réception et de transfert à -80°C au CUSL sera enregistrée dans REDCAP.

Plus tard, la génération d'ensembles de données représentatifs du métabolome dans les échantillons de DBS et d'urine par chromatographie liquide couplée à une analyse par spectrométrie de masse à haute résolution (LC-MS-q-TOF) sera effectuée.

L'analyse métabolomique par LC-MS-q-TOF utilisera un instrument SYNAPT-XS de Waters. Plusieurs colonnes seront utilisées dans les modes d'acquisition par électrospray négatif et positif, permettant la génération d'ensembles de données métabolomiques complémentaires contenant plusieurs milliers de caractéristiques classées par masse exacte (m/z) (y compris les spectres après collision énergétique) et par mesures de temps de rétention. Les contrôles de qualité et les échantillons regroupés seront analysés à chaque lot d'analyse au cours de l'étude métabolomique.

Après analyse des données à l'aide de progenesis QI, Unifi et R-package pour l'analyse métabolomique, les résultats seront discutés et partagés avec les co-investigateurs et les résultats attendus seront, espérons-le, publiés dans une revue à comité de lecture. Si nécessaire (c'est-à-dire pour confirmer génétiquement un profil métabolomique inhabituel ou un résultat secondaire) et si le consentement est obtenu du patient, tests biochimiques complémentaires sur des échantillons initiaux de DBS et/ou d'urine ; et des tests génétiques du DBS seront effectués, après discussion et accord avec les co-investigateurs de l'étude. Si nécessaire (c'est-à-dire si un nouveau diagnostic est suspecté biochimiquement et/ou génétiquement), les sujets seront contactés après accord des co-investigateurs de l'étude.

Les échantillons nécessaires à cette étude seront répartis en 3 groupes principaux détaillés ci-dessous, chacun subdivisé selon les catégories d'âge ; le premier groupe est le principal groupe sain (Groupe 1) permettant de générer une base de données métabolomique de référence. Les deux autres groupes correspondent à des groupes de patients présentant des pathologies dont le diagnostic est soit confirmé (Groupe 2), soit suspecté (Groupe 3).

Total attendu : 3366 sujets

• 30 pour l'optimisation technique (en plus du DBS et de l'urine, des tubes de sang total seront échantillonnés)
• 1080 matériels corporels humains résiduels (RHBM) provenant des centres de dépistage néonatal (groupe 1)
• 1056 contrôles (groupe 1)
• 1200 patients (groupes 2 et 3)

Le nombre minimum d'échantillons nécessaires pour générer un intervalle de référence à l'aide d'une méthode non paramétrique est de 120 échantillons selon les directives CLSI28-A3C (voir également Y Ozarda et Al. Chimie clinique et médecine de laboratoire 2018, Vol 57, Numéro 1). Par conséquent, les enquêteurs ont fixé un objectif d'au moins 120 échantillons collectés par catégorie d'âge. Les échantillons seront équitablement répartis par sexe, saison et centres participants (donc, origine géographique). Pour les catégories de nouveau-nés, étant donné la disponibilité plus facile d'un grand nombre d'échantillons de contrôle utilisant des échantillons résiduels anonymisés provenant des centres de dépistage néonatal, le nombre cible d'échantillons de contrôle sera plus grand. En revanche, les échantillons d'urines ne seront pas collectés pour les sujets des catégories nouveau-nés.

Le groupe 2 comprend les individus présentant une pathologie connue dont le diagnostic est confirmé par un test génétique (variante(s) génétique(s) considérée(s) comme pathogènes ou probablement pathogènes selon la classification de l'American College of Human Genetics) ou un test biochimique de référence associé à un aspect clinique typique. Pour les troubles du spectre autistique, les patients recrutés doivent être inclus selon la classification V du Manuel diagnostique et statistique (DSM). Des sous-groupes sont définis en fonction de la pathologie touchant chaque individu (classification selon le gène atteint, le mode de transmission et le type de mutation) ; les pathologies principalement cibles considérées sont les maladies génétiques métaboliques, mais d'autres maladies rares et troubles du spectre autistique sont également ciblés.

Le groupe 3 comprend les individus pour lesquels une maladie rare est suspectée sur la base des données cliniques mais non confirmée (y compris les patients pour lesquels les tests génétiques et biochimiques sont encore en cours ou non concluants). Si le statut d'un individu change avant la fin de l'étude après la confirmation d'un diagnostic communiqué de manière anonyme par le co-investigateur recruteur (en raison de résultats obtenus de manière indépendante en dehors de l'étude) ou en raison des résultats de l'étude (biomarqueurs spécifiques et/ ou notation et/ou confirmation génétique à l'aide de tests de deuxième niveau), le sujet sera ensuite transféré vers son groupe 2 correspondant. Ces patients seront recrutés dans tous les centres participants.