Recherche et suivi des déterminants de la progression et des complications des maladies inflammatoires de l'intestin traitées ou non avec des immunosuppresseurs. (SUIVITHEQUE2)

Les maladies inflammatoires de l'intestin (MII) sont des conditions chroniques et invalidantes qui affectent les jeunes adultes ayant une prédilection pour les poussées entrecoupées de périodes de rémission. La maladie de Crohn (CD) et la colite ulcéreuse (UC) sont les deux principaux types de MII.

La MII est une maladie chronique, dont le cours est souvent marqué par des complications. Jusqu'à récemment, le traitement médical de la MII était basé sur l'utilisation d'immunosuppresseurs, en particulier les thiopurines. La gestion de la MII a été modifiée ces dernières années par l'apparition de nouveaux traitements dits «biologiques». Les anticorps anti-TNFA (tels que l'infliximab ou l'adalimumab) représentent une arme très efficace dans l'arsenal disponible pour le traitement des MII. Les traitements biologiques semblent avoir un effet synergique avec les thiopurines et leur administration est donc souvent concomitante. Ces traitements immunosuppresseurs et biologiques ne sont pas inoffensifs, d'autant plus qu'ils sont pris pendant des périodes prolongées par de jeunes patients. En particulier, l'utilisation de thiopurines est associée à une augmentation marquée du risque de cancers et de lymphomes cutanés non mélanomes. Les risques à long terme des traitements biologiques sont encore mal compris. Pour le traitement de la MII, il y a maintenant beaucoup plus de biologiques disponibles, notamment l'ustekinumab, le vedolizumab et également les petites molécules, telles que les inhibiteurs de JAK.

Malgré les avancées récentes, la cause de la MII reste inconnue. L'hypothèse actuellement dominante est celle d'une réponse immunitaire inappropriée au microbiote intestinal chez les individus génétiquement prédisposés.

Chez l'homme, un déséquilibre dans la composition du microbiote intestinal (dysbiose) a été démontré chez les patients atteints de CD et UC, avec une réduction des bactéries «bénéfiques» et une augmentation des bactéries potentiellement «nocives». Enfin, certaines bactéries du microbiote intestinal pourraient être utilisées comme marqueur de l'activité de la maladie ou comme facteur prédictif de progression, comme nous l'avons montré avec la bactérie Faecalibacterium prausnitzii et la récidive postopératoire de la maladie de Crohn.

Compte tenu de l'hétérogénéité phénotypique de la CU et du CD en termes de progression et de complications, il est essentiel d'identifier des facteurs prédictifs qui permettra aux patients à risque d'être identifiés le plus tôt possible afin que le traitement puisse être adapté à un stade précoce.

Compte tenu de l'hétérogénéité clinique et physiopathologique de la MII, il semblerait difficile d'utiliser les facteurs cliniques seuls pour prédire les résultats du patient. D'un autre côté, il serait également très important de pouvoir prédire la réponse ou les effets secondaires d'un traitement avant de le recommencer, ce qui permettrait à une fois de prendre des décisions appropriées sans perdre de temps. Il semble donc nécessaire de rechercher des déterminants biologiques du cours et des complications de la MII.

Les objectifs de l'étude sont (i) d'identifier les déterminants biologiques du cours, les complications et la réponse au traitement de la maladie inflammatoire chronique de l'intestin et (ii) pour mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques sous-jacents.

Le résultat principal est de décrire les paramètres biologiques de l'hôte et du microbiote comme un facteur de pronostic et de la réponse au traitement dans les MII.

Les résultats secondaires sont lister ci-dessous:

• Identification des polymorphismes génétiques
• Identification des marqueurs sériques
• Identification des caractéristiques Iimmunes du microbiote intestinal
• Identification des marqueurs du microbiote intestinal
• Caractéristiques muqueuses du microbiote intestinal
• Marqueurs muqueux du microbiote intestinal
• Analyse mécaniste: étude exploratoire sur la physiopathologie des interactions hôte-microbiote; Les interactions entre les cellules épithéliales, les cellules immunitaires et les micro-organismes et l'analyse omique, y compris le séquençage du microbiome, la transcriptomique, la métabolomique et le test fonctionnel, seront effectués pour analyser les interactions entre les cellules épithéliales ou immunitaires avec le microbiome gut