Encéphalopathies développementales et épileptiques diagnostiquées par séquençage génomique à lecture longue (EEPILOG)
Encéphalopathies Épileptiques et du Développement Diagnostiquées par Séquençage du Génome en Lecture Longue - EEPILOG
Cette étude se concentre sur les enfants atteints d'encéphalopathie épileptique et développementale (DEE), une forme sévère d'épilepsie qui a souvent une origine génétique. Actuellement, les outils de diagnostic standards - connus sous le nom de séquençage génomique par lecture courte - ne parviennent pas à fournir un diagnostic pour plus de 50 % des patients concernés car ils ne peuvent pas détecter certaines anomalies ADN complexes.
L'objectif de cette étude est d'évaluer l'efficacité d'une technologie plus récente et plus avancée appelée séquençage génomique par lecture longue (lrWGS). Contrairement aux méthodes traditionnelles, cette technologie analyse de très longs fragments d'ADN, permettant aux chercheurs d'identifier des erreurs génétiques qui étaient auparavant « invisibles ».
L'étude vise à déterminer si le séquençage par lecture longue peut identifier avec succès la cause génétique de l'épilepsie chez les patients qui ont déjà obtenu un résultat négatif avec les tests standards. En trouvant ces réponses manquantes, la recherche cherche à permettre des traitements médicaux personnalisés, à améliorer le conseil génétique pour les familles et à faire progresser notre compréhension du développement de ces affections neurologiques complexes.
Aperçu de l'étude
Statut
Intervention / Traitement
Description détaillée
Cette étude évalue l'utilité clinique du séquençage du génome entier en lecture longue (lrWGS) comme outil de diagnostic secondaire pour les encéphalopathies développementales et épileptiques (DEEs). Alors que le séquençage standard actuel en « lecture courte » (srWGS) est efficace pour identifier de petites mutations génétiques, il échoue souvent à détecter des changements structurels complexes, laissant plus de 50 % des patients sans diagnostic.
Techniquement, le lrWGS surmonte ces limitations en analysant des fragments d'ADN longs de milliers de bases. Cela permet aux chercheurs de cartographier les « régions sombres » du génome et d'identifier des variants structurels (SVs), tels que de grandes insertions, délétions ou expansions de répétitions, qui sont souvent les causes cachées de l'épilepsie sévère.
En identifiant ces facteurs génétiques insaisissables, l'étude vise à aller au-delà d'un simple diagnostic vers une médecine de précision. Un résultat moléculaire clair peut influencer directement les décisions cliniques, comme la sélection de médicaments ciblés, l'évitement de médicaments contre-indiqués ou la détermination de l'éligibilité aux thérapies géniques émergentes. De plus, le projet évalue la faisabilité d'intégrer cette technologie dans la pratique clinique de routine en évaluant la complexité bio-informatique et les délais de diagnostic.
Type d'étude
Inscription (Estimé)
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: Sarah BAER
- Numéro de téléphone: +33 +333.88.12.84.98
- E-mail: sarah.baer@chru-strasbourg.fr
Lieux d'étude
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Besançon, France, 25000
- Chu Jean Minjoz
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Contact:
- Joanna BELLEVILLE
- Numéro de téléphone: +33 +333.81.21.81.46
- E-mail: jgoffeney@chu-besancon.fr
-
Reims, France, 51092
- American Memorial Hospital
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Contact:
- Mélanie JENNESON
- Numéro de téléphone: +33 +333.26.78.78.99
- E-mail: Mjennesson-lyver@chu-reims.fr
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Strasbourg, France, 67098
- Hôpitaux Universitaires de Strasbourg
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Contact:
- Sarah BAER
- Numéro de téléphone: +33 +333.88.12.84.98
- E-mail: sarah.baer@chru-strasbourg.fr
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Vandœuvre-lès-Nancy, France, 54511
- CHU de Nancy - hôpital d'enfant
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Contact:
- Mathieu KUCHENBUCH
- Numéro de téléphone: +33 +333.83.15.50.85
- E-mail: m.kuchenbuch@chru-nancy.fr
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
- Adulte
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La population de l'étude est issue des services spécialisés de neurologie pédiatrique et de génétique au sein du réseau hospitalo-universitaire français (CHU).
Les participants sont spécifiquement recrutés parmi la base de patients existante de la plateforme AURAGEN, l'un des deux pôles nationaux de séquençage établis dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025). Ces individus représentent une sous-population très sélectionnée d'enfants à travers la France ayant déjà bénéficié d'un phénotypage clinique approfondi et d'un dépistage génomique de « première ligne », mais restant sans diagnostic moléculaire.
Le recrutement s'effectue principalement au Centre Hospitalier Universitaire de Strasbourg (Hôpitaux Universitaires de Strasbourg) et dans les sites cliniques collaborateurs. Ces centres servent de points de référence régionaux et nationaux pour les épilepsies rares et réfractaires de l'enfant, garantissant que la population de l'étude inclut les cas les plus complexes et diagnostiquement difficiles d'Encéphalopathie Épileptique et Développementale (EED) dans le pays.
La description
Critères d'inclusion :
Participants pédiatriques :
- Âge < 18 ans.
- Diagnostic d'Encéphalopathie Épileptique et Développementale (EED) selon les critères ILAE 2022 (épilepsie sévère, EEG encéphalopathique, crises multirésistantes aux médicaments et trouble neurodéveloppemental).
- IRM cérébrale sans marqueurs d'anoxie périnatale.
- Diagnostic moléculaire négatif après séquençage complet du génome par lectures courtes (srWGS) via le Plan France Médecine Génomique 2025 (AURAGEN).
- ADN bancarisé disponible dans un centre participant.
Parents / Représentants légaux :
- Âge ≥ 18 ans.
- Capacité à comprendre les objectifs et les risques de l'étude.
- Consentement éclairé signé et daté.
- Affilié ou bénéficiaire d'un régime de sécurité sociale.
Critères d'exclusion :
Participants pédiatriques :
- Résultats d'IRM cérébrale en faveur d'une anoxie cérébrale périnatale.
- Maladies intercurrentes empêchant la réalisation des examens du protocole.
- Sujet actuellement en période d'exclusion d'une autre étude.
Parents / Représentants légaux :
- Incapacité à recevoir ou comprendre les informations éclairées (ex. : urgence vitale).
- Sujet sous protection judiciaire, tutelle ou curatelle.
- Barrières linguistiques sans interprète officiel disponible.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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DEE Long-read
Cette cohorte est composée de patients pédiatriques (moins de 18 ans) atteints d'Encéphalopathie Épileptique et Développementale (EED) selon les critères ILAE 2022. Le groupe est spécifiquement caractérisé par un diagnostic moléculaire préalablement négatif malgré une analyse par séquençage du génome entier en lecture courte (srWGS) via le Plan France Médecine Génomique 2025 (plateforme AURAGEN). La sélection suit une stratégie de priorisation clinique : bien que l'étude inclut tous les patients EDD éligibles sans réponse génétique, la priorité est donnée à ceux présentant des formes à début précoce, des cas familiaux, ou une impasse thérapeutique actuelle (patients pour lesquels les traitements standards ont échoué). L'étude exclut les cas où une cause non génétique claire est identifiée, telle qu'une lésion cérébrale périnatale, concentrant ainsi la cohorte sur des étiologies génétiques "cachées" à haute probabilité. |
Séquençage du génome entier en lecture longue (lrWGS) utilisant de l'ADN de haut poids moléculaire précédemment extrait et stocké lors du bilan clinique initial du patient.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Nombre de variants génétiques pathogènes et probablement pathogènes identifiés par séquençage du génome entier en lecture longue (lrWGS)
Délai: À la visite de livraison des résultats (Visite 1), jusqu'à 15 mois après l'inclusion.
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Évaluer l'efficacité du séquençage du génome entier en lecture longue (lrWGS) dans l'identification des causes génétiques chez les patients atteints d'encéphalopathie développementale et épileptique qui n'ont pas obtenu de diagnostic moléculaire malgré une analyse préalable de séquençage du génome entier en lecture courte (srWGS) dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025).
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À la visite de livraison des résultats (Visite 1), jusqu'à 15 mois après l'inclusion.
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Collaborateurs et enquêteurs
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Estimé)
Achèvement primaire (Estimé)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
- Séquençage de nucléotides à haut débit
- Épilepsie résistante aux médicaments
- Séquençage à lecture longue
- Encéphalopathie Épileptique et du Développement (EED)
- Séquençage du génome entier en lecture longue (lrWGS)
- Séquençage par lecture courte négatif
- Diagnostic génétique
- Neurologie pédiatrique
- Épilepsie à Début Précoce
- Épilepsie génétique
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- 9964
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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