Sequenziamento del trio dell'intero genoma come test di routine standard nei pazienti con malattie rare - "IL PRIMO APPROCCIO AL GENOMA"

Nel progetto GENOME FIRST APPROACH (monocentric, prospective, open-label diagnostic), i pazienti con malattie molecolarmente non diagnosticate saranno analizzati diagnosticamente mediante l'analisi del trio dell'intero genoma (WGS). Le seguenti domande guideranno il progetto:

Primario:

• Efficacia dell'analisi del trio WGS in diverse indicazioni cliniche

Secondario:

• Confrontare sistematicamente l'analisi WGS per rilevare variazioni genetiche rispetto a WES e analisi di array di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP),
• Espandere l'analisi dalla codifica di varianti a singolo nucleotide (SNV) a mutazioni regolatorie, varianti strutturali (SV) e regioni a bassa complessità,
• Convalidare l'efficacia del sequenziamento clinico del trio del genoma in un contesto diagnostico di routine,
• Analizzare se la copertura 42x ha il potenziale per scoprire il mosaicismo come meccanismo che causa la malattia,
• Sviluppare ulteriormente algoritmi per analisi integrative dei dati Trio-WGS con sequenziamento dell'acido ribonucleico (RNA-seq),
• Identificare alterazioni de novo e nuovi meccanismi patologici,
• Ottieni nuove conoscenze fondamentali sui meccanismi delle malattie e sulla biologia cellulare,
• Combina WGS con altri metodi Omics per migliorare la diagnostica genetica dei futuri pazienti affetti da malattie rare e
• Esplora i costi finanziari complessivi e il tempo necessario per riportare i dati conclusivi ai pazienti dell'approccio Trio-WGS rispetto ai tradizionali approcci diagnostici multifase che utilizzano il sequenziamento di un singolo gene, pannello, intero esoma (WES) e microarray cromosomico (CMA) (array SNP, array analisi di ibridazione genomica comparativa (arrayCGH)).

Inoltre, i genitori sani dei soggetti saranno inclusi nel progetto per eseguire analisi genitore-figlio (trio).