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MITOMICS: un approccio multi-OMICS per la diagnosi delle malattie mitocondriali (MITOMICS)

11 gennaio 2024 aggiornato da: Centre Hospitalier Universitaire de Nice

Interesse dell'approccio Multi-omics (WES / RNA-Seq) per combattere lo stallo diagnostico nelle malattie mitocondriali

MITOMICS mira a determinare quali risultati di RNA-Seq (da muscoli o fibroblasti) sono i più informativi per l'interpretazione del VUS identificato da WES per i pazienti sospettati di miopatia mitocondriale. L'analisi dei risultati di RNA-Seq e WES sarà eseguita con un approccio computazionale utilizzando un metodo basato su autoencoder

Panoramica dello studio

Stato

Reclutamento

Descrizione dettagliata

Le malattie mitocondriali (MD) sono rare, clinicamente e geneticamente estremamente eterogenee, causate da un deficit di produzione di energia attraverso i mitocondri. I mitocondri dipendono dal DNA mitocondriale e dal DNA nucleare di 2 genomi e molte varianti patogene trasportate da questi 2 genomi sono responsabili delle malattie mitocondriali. Le strategie diagnostiche per i pazienti con MD si sono evolute in modo significativo con l'emergere del Next Generation Sequencing (NGS), accelerando anche l'identificazione del gene responsabile. Tuttavia, la resa diagnostica rimane limitata e richiede lo sviluppo di nuovi approcci. Precedenti studi hanno dimostrato che la combinazione WES e RNA-Seq migliora la diagnosi di MD, essenzialmente aiutando nell'interpretazione del VUS identificato.

Con il progetto MITOMICS, includeremo 66 pazienti sospettati di una miopatia mitocondriale (clinica, istologica o biochimica), con un mtDNA negativo e WES NGS in trio. Per ogni paziente verrà sequenziato l'RNA di muscolo e fibroblasti. Utilizzando una nuova metodologia innovativa di integrazione multi-OMICS determineremo quali dati RNA-Seq (da muscolo o fibroblasti) sono i più informativi per l'interpretazione del VUS identificato da WES per i pazienti sospettati di miopatia mitocondriale. I risultati ottenuti consentiranno l'interpretazione di VUS e l'identificazione di firme molecolari specifiche.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Stimato)

66

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Contatto studio

Luoghi di studio

      • Angers, Francia
        • Reclutamento
        • Chu Angers
        • Investigatore principale:
          • Vincent PROCACCIO, MD
      • Brest, Francia
        • Reclutamento
        • C.H.R.U. Brest
        • Investigatore principale:
          • Pascale Marcorelles, MD
        • Investigatore principale:
          • Jean Noury, MD
      • Marseille, Francia
        • Reclutamento
        • APHM
        • Investigatore principale:
          • Shahram ATTARIAN, MD
        • Investigatore principale:
          • Brigitte Chabrol, MD
      • Nantes, Francia
        • Reclutamento
        • CHU de Nantes
        • Investigatore principale:
          • Yann Pereon, MD
        • Investigatore principale:
          • Sandra Mercier, MD
    • Chu de Nice
      • Nice, Chu de Nice, Francia, 06003
        • Reclutamento
        • CHU de Nice
        • Contatto:
        • Investigatore principale:
          • Sylvie BANNWARTH, MD

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

1 anno e precedenti (Bambino, Adulto, Adulto più anziano)

Accetta volontari sani

No

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

I pazienti sono visti in consultazione dai medici genetici dei diversi centri come parte della normale gestione della loro malattia mitocondriale.

Descrizione

Criterio di inclusione:

  • Pazienti sospettati di una malattia mitocondriale con segni muscolari (clinici, istologici o biochimici)
  • Pazienti con mtDNA negativo e WES NGS in trio
  • Pazienti con biopsie muscolari e cutanee di routine disponibili
  • Prelievi di sangue da genitori e/o parenti disponibili per studi di segregazione
  • Consenso informato allo studio firmato dal paziente o dai rappresentanti legali del paziente minorenne o sotto tutela
  • Pazienti iscritti alla previdenza sociale

Criteri di esclusione:

  • Pazienti con sospetta malattia mitocondriale senza coinvolgimento muscolare
  • Pazienti per i quali non sono stati eseguiti il ​​mtDNA NGS e WES
  • Pazienti con sospetta malattia mitocondriale con variante causale identificata
  • Rifiuto di firmare il consenso informato per lo studio
  • Quantità insufficiente di materiale congelato o fallimento della coltura per i fibroblasti

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Modelli osservazionali: Coorte
  • Prospettive temporali: Altro

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Intervento / Trattamento
Malattie mitocondriali
analizzando con la metodologia dell'integrazione multi-OMICS determineremo quali dati RNA-Seq (da muscolo o fibroblasti) sono i più informativi per l'interpretazione del VUS identificato da WES per i pazienti sospettati di miopatia mitocondriale.
• Determinazione della presenza di firme molecolari specifiche a livello di RNA nei muscoli e nei fibroblasti dei pazienti

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
numero di variazioni interpretate come responsabili delle malattie mitocondriali
Lasso di tempo: linea di base
• Confronto del numero di varianti (variante di splicing, livello di espressione) o VUS, identificate in WES, interpretate come responsabili della malattia (varianti di classe 4 o 5) grazie (i) all'RNA-Seq effettuato a partire da una biopsia muscolare o (ii) RNA-Seq eseguito da fibroblasti
linea di base

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
RNA nelle malattie mitocondriali
Lasso di tempo: linea di base
Pazienti per i quali non è stato possibile eseguire l'RNA-Seq e motivo del fallimento
linea di base
variazione dell'RNA nelle malattie mitocondriali
Lasso di tempo: linea di base
Variazioni identificate da RNA-Seq, che consentono l'interpretazione dei dati WES (splicing aberranti, espressioni monoalleliche, ecc.)
linea di base
firme molecolari specifiche delle malattie mitocondriali
Lasso di tempo: linea di base
Determinazione della presenza di firme molecolari specifiche a livello di RNA nei muscoli e nei fibroblasti dei pazienti
linea di base

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Investigatori

  • Investigatore principale: SYLVIE BANNWARTH, Centre Hospitalier Universitaire de Nice

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

7 marzo 2022

Completamento primario (Effettivo)

7 marzo 2022

Completamento dello studio (Stimato)

7 settembre 2025

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

4 giugno 2021

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

4 giugno 2021

Primo Inserito (Effettivo)

10 giugno 2021

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

12 gennaio 2024

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

11 gennaio 2024

Ultimo verificato

1 gennaio 2024

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • 19-API-01
  • 2020-A02651-38 (Identificatore di registro: IDRCB)

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

NO

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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