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MITOMICS : une approche multi-OMICS pour le diagnostic des maladies mitochondriales (MITOMICS)

11 janvier 2024 mis à jour par: Centre Hospitalier Universitaire de Nice

Intérêt de l'approche multi-omique (WES/RNA-Seq) pour lutter contre l'impasse diagnostique dans les maladies mitochondriales

MITOMICS vise à déterminer quels résultats RNA-Seq (de muscle ou de fibroblastes) sont les plus informatifs pour l'interprétation des VUS identifiés par WES pour les patients suspectés de myopathie mitochondriale. L'analyse des résultats RNA-Seq et WES sera effectuée avec une approche informatique utilisant une méthode basée sur l'auto-encodeur

Aperçu de l'étude

Statut

Recrutement

Les conditions

Intervention / Traitement

Description détaillée

Les maladies mitochondriales (MD) sont rares, cliniquement et génétiquement extrêmement hétérogènes, causées par un déficit de production d'énergie via les mitochondries. Les mitochondries sont dépendantes de 2 génomes ADN mitochondrial et ADN nucléaire, et de nombreux variants pathogènes portés par ces 2 génomes sont responsables de maladies mitochondriales. Les stratégies de diagnostic pour les patients MD ont beaucoup évolué avec l'émergence du séquençage de nouvelle génération (NGS) accélérant également l'identification du gène responsable. Cependant, le rendement diagnostique reste limité et nécessite le développement de nouvelles approches. Des études antérieures ont montré que la combinaison WES et RNA-Seq améliore le diagnostic de MD, essentiellement en aidant à l'interprétation des VUS identifiés.

Avec le projet MITOMICS, nous allons inclure 66 patients suspectés d'une myopathie mitochondriale (clinique, histologique ou biochimique), avec un ADNmt négatif et WES NGS en trio. Pour chaque patient, nous séquencerons l'ARN des muscles et des fibroblastes. En utilisant une nouvelle méthodologie innovante d'intégration multi-OMICS, nous déterminerons quelles données RNA-Seq (provenant de muscles ou de fibroblastes) sont les plus informatives pour l'interprétation des VUS identifiés par WES pour les patients suspectés de myopathie mitochondriale. Les résultats obtenus permettront l'interprétation des VUS et l'identification de signatures moléculaires spécifiques.

Type d'étude

Observationnel

Inscription (Estimé)

66

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Coordonnées de l'étude

Lieux d'étude

  • France
      • Angers, France
        • Recrutement
        • CHU angers
        • Chercheur principal:
          • Vincent PROCACCIO, MD
      • Brest, France
        • Recrutement
        • C.H.R.U. Brest
        • Chercheur principal:
          • Pascale Marcorelles, MD
        • Chercheur principal:
          • Jean Noury, MD
      • Marseille, France
        • Recrutement
        • APHM
        • Chercheur principal:
          • Shahram ATTARIAN, MD
        • Chercheur principal:
          • Brigitte Chabrol, MD
      • Nantes, France
        • Recrutement
        • CHU de Nantes
        • Chercheur principal:
          • Yann Pereon, MD
        • Chercheur principal:
          • Sandra Mercier, MD
    • Chu de Nice
      • Nice, Chu de Nice, France, 06003
        • Recrutement
        • CHU de Nice
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Sylvie BANNWARTH, MD

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

1 an et plus (Enfant, Adulte, Adulte plus âgé)

Accepte les volontaires sains

Non

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

Les patients sont vus en consultation par les médecins généticiens des différents centres dans le cadre de la prise en charge habituelle de leur maladie mitochondriale.

La description

Critère d'intégration:

  • Patients suspectés d'une maladie mitochondriale avec des signes musculaires (cliniques, histologiques ou biochimiques)
  • Patients avec ADNmt négatif et WES NGS en trio
  • Patients avec des biopsies musculaires et cutanées de routine disponibles
  • Échantillons sanguins des parents et/ou proches disponibles pour les études d'isolement
  • Consentement éclairé de l'étude signé par le patient ou les représentants légaux du patient mineur ou sous tutelle
  • Patients affiliés à la sécurité sociale

Critère d'exclusion:

  • Patients suspects de maladie mitochondriale sans atteinte musculaire
  • Patients pour lesquels l'ADNmt NGS et WES n'ont pas été réalisés
  • Patients suspects d'une maladie mitochondriale avec variante causale identifiée
  • Refus de signer le consentement éclairé pour l'étude
  • Quantité insuffisante de matériel congelé ou échec de culture pour les fibroblastes

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

  • Modèles d'observation: Cohorte
  • Perspectives temporelles: Autre

Cohortes et interventions

Groupe / Cohorte
Intervention / Traitement
Maladies mitochondriales
En analysant avec la méthodologie d'intégration multi-OMICS, nous déterminerons quelles données RNA-Seq (provenant de muscles ou de fibroblastes) sont les plus informatives pour l'interprétation des VUS identifiés par WES pour les patients suspectés de myopathie mitochondriale.
Génétique: diagnostic de myopathie mitochondriale
• Détermination de la présence de signatures moléculaires spécifiques au niveau de l'ARN dans les muscles et les fibroblastes des patients

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
nombre de variations interprétées comme responsables des maladies mitochondriales
Délai: ligne de base
• Comparaison du nombre de variations (variant d'épissage, niveau d'expression) ou VUS, identifiées en WES, interprétées comme responsables de la maladie (variants de classe 4 ou 5) grâce (i) au RNA-Seq réalisé à partir d'une biopsie musculaire ou (ii) RNA-Seq effectué à partir de fibroblastes
ligne de base

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
ARN dans les maladies mitochondriales
Délai: ligne de base
Patients pour lesquels le RNA-Seq n'a pas pu être effectué et raison de l'échec
ligne de base
variation de l'ARN dans les maladies mitochondriales
Délai: ligne de base
Variations identifiées par RNA-Seq, permettant l'interprétation des données WES (épissage aberrant, expressions monoalléliques, etc.)
ligne de base
signatures moléculaires spécifiques des maladies mitochondriales
Délai: ligne de base
Détermination de la présence de signatures moléculaires spécifiques au niveau de l'ARN dans les muscles et les fibroblastes de patients
ligne de base

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Centre Hospitalier Universitaire de Nice

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: SYLVIE BANNWARTH, Centre Hospitalier Universitaire de Nice

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

7 mars 2022

Achèvement primaire (Réel)

7 mars 2022

Achèvement de l'étude (Estimé)

7 septembre 2025

Dates d'inscription aux études

Première soumission

4 juin 2021

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

4 juin 2021

Première publication (Réel)

10 juin 2021

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

12 janvier 2024

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

11 janvier 2024

Dernière vérification

1 janvier 2024

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • 19-API-01
  • 2020-A02651-38 (Identificateur de registre: IDRCB)

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

NON

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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