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16s RNA メタゲノミクス シーケンスを使用した慢性歯周炎患者に関連するポケット内の微生物プロファイリング

2020年6月9日 更新者：sudhir rama varma、Ajman University

16s RNA メタゲノミクス シーケンスを使用した UAE 人口の慢性歯周炎患者に関連するポケット内の微生物プロファイリング

この研究は、アジュマーン大学の倫理委員会が関与する医学研究に関するヘルシンキ宣言 (2017-A-DN-04) に準拠して開発されました。 研究に参加する前に、すべての参加者からインフォームドコンセントを得た。 参加者は全身的に健康で、過去 3 か月間の抗生物質の使用歴はありませんでした。 研究のために募集された患者は、「歯周およびインプラント周囲の疾患および状態の分類」に関する2017年の世界ワークショップの分類に従って、ステージIIの全身性歯周炎と診断されました。 3～4mmの歯間臨床アタッチメント損失の重症度を示す歯周状態、15%～33%のX線写真による骨損失、および歯の損失がないことを示します。 水平方向の骨損失を伴う最大プロービング深度が 5mm 以下で、範囲と分布が 30% を超える歯が関与する歯周炎の複雑性が研究に含まれていました。 合計 80 のプラーク サンプルが収集され、患者の臨床的特徴は 25 ～ 39 歳、女性 36 人、男性 44 人で構成されていました。 歯肉縁下のプラークは、上顎大臼歯の頬側および下顎切歯の舌側から滅菌キュレットを使用して、200µl の Buffer CL を含むバイアルに収集されました。

調査の概要

状態

完了

条件

介入・治療

詳細な説明

次に、収集したプラークサンプルを、メーカーの指示に従って、ABIOpure TM Total DNA (バージョン 2.0) (カタログ番号: M501DP100) を使用して DNA 分離用に新たに調製しました。 すべてのサンプルは、分光光度法を使用して DNA の定量化について評価され、蛍光分析法を使用してさらに定量化されました。 これは、DeNovix DS-11 FX (DeNovix) を使用して実行されました。 DNA の定量化に加えて、DNA の完全性の評価は、臭化エチジウムを含む 0.8% アガロースゲルで解決されました。 NGS ライブラリーの調製のために、すべてのサンプルは、分離された細菌 DNA の 16S rRNA 遺伝子の PCR 増幅を受けました。 使用したプライマーは、16S rRNA 遺伝子の V3-V4 領域をターゲットにしていました。 この領域をターゲットとするプロトコルに従うための、標準的な IUPAC ヌクレオチド命名法を使用した全長プライマー配列は次のとおりです。

16SAmpliconPCRForwardPrimer=5' TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG 16SAmpliconPCRReversePrimer=5' GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC サイズの選択にはゲル電気泳動法を使用し、マイクロバイオーム 16S シーケンス データの処理に使用したバイオインフォマティクス パイプラインは QIIME でした。

研究の種類

介入

入学 (実際)

80

段階

  • 適用できない

連絡先と場所

このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。

研究場所

参加基準

研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。

適格基準

就学可能な年齢

14年～56年 (大人)

健康ボランティアの受け入れ

いいえ

受講資格のある性別

全て

説明

包含基準:

  • 研究のために募集された患者は、ステージIIの全身性歯周炎と診断されました
  • 医学的に適合

除外基準:

  • 歯肉炎またはステージIIIの歯周炎を患っている患者
  • 医学的に不適格

研究計画

このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。

研究はどのように設計されていますか？

デザインの詳細

  • 主な目的：ヘルスサービス研究
  • 割り当て：ランダム化
  • 介入モデル：単一グループの割り当て
  • マスキング：独身

武器と介入

参加者グループ / アーム
介入・治療
実験的：歯周病、成人
プラークサンプルは歯肉縁下のポケットから採取され、メタゲノム解析のために研究室に送られました
遺伝的：16s RNA メタゲノミクス シーケンス
歯肉縁下のプラークは、上顎大臼歯の頬側および下顎切歯の舌側から滅菌キュレットを使用して、200µl の Buffer CL を含むバイアルに収集されました。
他の名前：
  • DNA 分離
実験的：メトゲノム解析
全菌数の分析
遺伝的：16s RNA メタゲノミクス シーケンス
歯肉縁下のプラークは、上顎大臼歯の頬側および下顎切歯の舌側から滅菌キュレットを使用して、200µl の Buffer CL を含むバイアルに収集されました。
他の名前：
  • DNA 分離

この研究は何を測定していますか？

主要な結果の測定

結果測定
メジャーの説明
時間枠
微生物の分類学的構成
時間枠：ベースラインから 3 か月まで
組成は、歯肉縁下のプラークサンプルを使用し、16sメタゲノムシーケンスを実行して決定されました
ベースラインから 3 か月まで

協力者と研究者

ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。

スポンサー

Ajman University

捜査官

  • 主任研究者：Sudhir Varma, MDS、Assistant Professor

研究記録日

これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。

主要日程の研究

研究開始 (実際)

2017年11月10日

一次修了 (実際)

2018年9月15日

研究の完了 (実際)

2019年10月7日

試験登録日

最初に提出

2020年6月7日

QC基準を満たした最初の提出物

2020年6月9日

最初の投稿 (実際)

2020年6月11日

学習記録の更新

投稿された最後の更新 (実際)

2020年6月11日

QC基準を満たした最後の更新が送信されました

2020年6月9日

最終確認日

2020年6月1日

詳しくは

本研究に関する用語

キーワード

追加の関連 MeSH 用語

その他の研究ID番号

  • F-H-17-11-03

個々の参加者データ (IPD) の計画

個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?

いいえ

IPD プランの説明

微生物の分類学的構成

医薬品およびデバイス情報、研究文書

米国FDA規制医薬品の研究

いいえ

米国FDA規制機器製品の研究

いいえ

この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。

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