16s RNA Metagenomics 시퀀싱을 사용한 만성 치주염 환자와 관련된 주머니의 미생물 프로파일링

그런 다음 수집된 플라크 샘플을 제조업체의 지침에 따라 ABIOpure TM Total DNA(버전 2.0)(Cat No: M501DP100)를 사용하여 DNA 분리를 위해 새로 준비했습니다. 모든 샘플은 분광광도계를 사용하여 DNA 정량화를 위해 평가되었고 형광측정법을 사용하여 추가로 정량화되었습니다. 이것은 DeNovix DS-11 FX(DeNovix)를 사용하여 수행되었습니다. DNA 정량화에 더하여, DNA 완전성 평가는 에티디움 브로마이드를 포함하는 0.8% 아가로스 겔에서 해결되었습니다. NGS 라이브러리 준비를 위해 모든 샘플은 분리된 박테리아 DNA에서 16S rRNA 유전자의 PCR 증폭을 거쳤습니다. 사용된 프라이머는 16S rRNA 유전자의 V3-V4 영역을 표적으로 했습니다. 표준 IUPAC 뉴클레오티드 명명법을 사용하여 이 영역을 대상으로 하는 프로토콜을 따르는 전장 프라이머 서열은 다음과 같습니다.

16SAmpliconPCRForwardPrimer=5' TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG 16SAmpliconPCRReversePrimer=5' GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC 크기 선택을 위해 Gel 전기영동 방법을 사용하였고 미생물 16S 서열 데이터 처리를 위해 사용된 생물정보학 파이프라인은 QIIME