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Mikrobielles Profiling in Taschen bei Patienten mit chronischer Parodontitis unter Verwendung von 16s-RNA-Metagenomik-Sequenzierung

9. Juni 2020 aktualisiert von: sudhir rama varma, Ajman University

Mikrobielles Profiling in Taschen im Zusammenhang mit Patienten mit chronischer Parodontitis in der Bevölkerung der Vereinigten Arabischen Emirate unter Verwendung von 16s-RNA-Metagenomik-Sequenzierung

Die Studie wurde in Übereinstimmung mit der Deklaration von Helsinki zur medizinischen Forschung unter Beteiligung der Ethikkommission der Universität Ajman (2017-A-DN-04) entwickelt. Vor der Teilnahme an der Studie wurde die informierte Zustimmung aller Teilnehmer eingeholt. Die Teilnehmer waren systemisch gesund und hatten in den letzten drei Monaten keine Antibiotika in der Vorgeschichte. Bei den für die Studie rekrutierten Patienten wurde eine generalisierte Parodontitis im Stadium II gemäß der Klassifikation des Weltworkshops 2017 zur „Klassifizierung von parodontalen und periimplantären Erkrankungen und Zuständen“ diagnostiziert. Parodontalstatus, der den Schweregrad des interdentalen klinischen Attachmentverlusts von 3–4 mm angibt, röntgenologischer Knochenverlust zwischen 15 %–33 % und kein Zahnverlust wurden eingeschlossen. Die Komplexität der Parodontitis mit einer maximalen Sondierungstiefe von ≤ 5 mm mit horizontalem Knochenverlust und einem Ausmaß und einer Verteilung mit > 30 % der betroffenen Zähne wurde in die Studie aufgenommen. Insgesamt wurden 80 Plaqueproben mit den klinischen Merkmalen der Patienten gesammelt, darunter Alter zwischen 25 und 39 Jahren, 36 Frauen und 44 Männer. Die subgingivale Plaque wurde unter Verwendung einer sterilen Kürette von der bukkalen Seite der oberen Molaren und der lingualen Seite der unteren Schneidezähne in einem Fläschchen gesammelt, das 200 &mgr;l Puffer CL enthielt.

Studienübersicht

Status

Abgeschlossen

Detaillierte Beschreibung

Die gesammelten Plaqueproben wurden dann mit ABIOpure TM Total DNA (Version 2.0) (Kat.-Nr.: M501DP100) nach Herstellerangaben frisch für die DNA-Isolierung aufbereitet. Alle Proben wurden für die DNA-Quantifizierung mittels Spektrophotometrie bewertet und weiter mit der fluorometrischen Methode quantifiziert. Dies wurde unter Verwendung von DeNovix DS-11 FX (DeNovix) durchgeführt. Nach der DNA-Quantifizierung wurde die Bewertung der DNA-Integrität auf einem 0,8 % Agarosegel mit Ethidiumbromid durchgeführt. Zur Vorbereitung der NGS-Bibliothek wurden alle Proben einer PCR-Amplifikation des 16S-rRNA-Gens in der isolierten Bakterien-DNA unterzogen. Die verwendeten Primer waren auf die V3-V4-Region des 16S-rRNA-Gens gerichtet. Die Primersequenzen in voller Länge unter Verwendung der Standard-IUPAC-Nukleotidnomenklatur, um dem Protokoll zu folgen, das auf diese Region abzielt, sind:

16SAmpliconPCRForwardPrimer=5' TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGGCWGCAG 16SAmpliconPCRReversePrimer=5' GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC Die Gelelektrophorese-Methode wurde für die Größenauswahl verwendet und die Bioinformatik-Pipeline zur Verarbeitung der Mikrobiom-16S-Sequenzdaten war QIIME

Studientyp

Interventionell

Einschreibung (Tatsächlich)

80

Phase

  • Unzutreffend

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

16 Jahre bis 58 Jahre (Erwachsene)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Beschreibung

Einschlusskriterien:

  • Bei den für die Studie rekrutierten Patienten wurde generalisierte Parodontitis im Stadium II diagnostiziert
  • Medizinisch fit

Ausschlusskriterien:

  • Patienten mit Gingivitis oder Parodontitis im Stadium III
  • Medizinisch untauglich

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

  • Hauptzweck: Versorgungsforschung
  • Zuteilung: Zufällig
  • Interventionsmodell: Einzelgruppenzuweisung
  • Maskierung: Single

Waffen und Interventionen

Teilnehmergruppe / Arm
Intervention / Behandlung
Experimental: Parodontitis, Erwachsener
Plaqueproben wurden aus der subgingivalen Tasche entnommen und zur metagenomischen Analyse an das Labor geschickt
Die subgingivale Plaque wurde unter Verwendung einer sterilen Kürette von der bukkalen Seite der oberen Molaren und der lingualen Seite der unteren Schneidezähne in einem Fläschchen gesammelt, das 200 &mgr;l Puffer CL enthielt.
Andere Namen:
  • DNA-Isolierung
Experimental: Metgenomische Analyse
Analyse auf Gesamtkeimzahl
Die subgingivale Plaque wurde unter Verwendung einer sterilen Kürette von der bukkalen Seite der oberen Molaren und der lingualen Seite der unteren Schneidezähne in einem Fläschchen gesammelt, das 200 &mgr;l Puffer CL enthielt.
Andere Namen:
  • DNA-Isolierung

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Mikrobielle taxonomische Zusammensetzung
Zeitfenster: Von der Grundlinie bis zu 3 Monaten
Die Zusammensetzung wurde unter Verwendung von subgingivalen Plaqueproben und Durchführung einer 16s-metagenomischen Sequenzierung bestimmt
Von der Grundlinie bis zu 3 Monaten

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Ermittler

  • Hauptermittler: Sudhir Varma, MDS, Assistant Professor

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

10. November 2017

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

15. September 2018

Studienabschluss (Tatsächlich)

7. Oktober 2019

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

7. Juni 2020

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

9. Juni 2020

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

11. Juni 2020

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

11. Juni 2020

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

9. Juni 2020

Zuletzt verifiziert

1. Juni 2020

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Andere Studien-ID-Nummern

  • F-H-17-11-03

Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)

Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?

Nein

Beschreibung des IPD-Plans

Mikrobielle taxonomische Zusammensetzung

Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

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Klinische Studien zur 16s-RNA-Metagenomik-Sequenzierung

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