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Profilage microbien dans les poches liées aux patients atteints de parodontite chronique à l'aide du séquençage métagénomique de l'ARN 16s

9 juin 2020 mis à jour par: sudhir rama varma, Ajman University

Profilage microbien dans les poches liées aux patients atteints de parodontite chronique dans la population des Émirats arabes unis à l'aide du séquençage métagénomique de l'ARN 16s

L'étude a été développée conformément à la Déclaration d'Helsinki sur la recherche médicale impliquant le Comité d'éthique de l'Université d'Ajman (2017-A-DN-04). Le consentement éclairé de tous les participants a été obtenu avant la participation à l'étude. Les participants étaient en bonne santé systémique sans antécédents d'antibiotiques au cours des trois derniers mois. Les patients recrutés pour l'étude ont été diagnostiqués comme étant une parodontite généralisée de stade II selon la classification de l'atelier mondial de 2017 sur la « classification des maladies et affections parodontales et péri-implantaires ». L'état parodontal indiquant la gravité de la perte d'attache clinique interdentaire de 3 à 4 mm, la perte osseuse radiographique entre 15 % et 33 % et sans perte de dent ont été inclus. La complexité de la parodontite avec une profondeur de sondage maximale de ≤ 5 mm avec une perte osseuse horizontale et ayant une étendue et une distribution avec > 30 % de dents impliquées a été incluse dans l'étude. Un total de 80 échantillons de plaque ont été recueillis avec les caractéristiques cliniques du patient comprenant l'âge entre 25 et 39 ans, 36 femmes et 44 hommes. La plaque sous-gingivale a été collectée à l'aide d'une curette stérile de la face vestibulaire des molaires maxillaires et de la face linguale des incisives mandibulaires, dans un flacon contenant 200 µl de tampon CL.

Aperçu de l'étude

Statut

Complété

Les conditions

Description détaillée

Les échantillons de plaque collectés ont ensuite été fraîchement préparés pour l'isolement de l'ADN à l'aide d'ABIOpure TM Total DNA (version 2.0) (Cat No: M501DP100) conformément aux instructions du fabricant. Tous les échantillons ont été évalués pour la quantification de l'ADN à l'aide de la spectrophotométrie et ensuite quantifiés à l'aide de la méthode fluorimétrique. Cela a été réalisé à l'aide de DeNovix DS-11 FX (DeNovix). Suite à la quantification de l'ADN, l'évaluation de l'intégrité de l'ADN a été résolue sur un gel d'agarose à 0,8 % avec du bromure d'éthidium. Pour la préparation de la bibliothèque NGS, tous les échantillons ont subi une amplification par PCR du gène de l'ARNr 16S dans l'ADN bactérien isolé. Les amorces utilisées avaient ciblé la région V3-V4 du gène de l'ARNr 16S. Les séquences d'amorces pleine longueur, utilisant la nomenclature nucléotidique standard IUPAC, pour suivre le protocole ciblant cette région sont :

16SAmpliconPCRForwardPrimer=5' TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAGCCTACGGGNGCWGCAG 16SAmpliconPCRReversePrimer=5' GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGACAGGACTACHVGGGTATCTAATCC La méthode d'électrophorèse sur gel a été utilisée pour la sélection de la taille et le pipeline bioinformatique utilisé pour le traitement des données de séquence 16S du microbiome était QIIME

Type d'étude

Interventionnel

Inscription (Réel)

80

Phase

  • N'est pas applicable

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Lieux d'étude

      • Ajman, Emirats Arabes Unis, 009716
        • Ajman University of Science and Technology

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

14 ans à 56 ans (Adulte)

Accepte les volontaires sains

Non

Sexes éligibles pour l'étude

Tout

La description

Critère d'intégration:

  • Les patients recrutés pour l'étude ont reçu un diagnostic de parodontite généralisée de stade II
  • Médicalement en forme

Critère d'exclusion:

  • Patients souffrant de gingivite ou de parodontite de stade III
  • Médicalement inapte

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

  • Objectif principal: Recherche sur les services de santé
  • Répartition: Randomisé
  • Modèle interventionnel: Affectation à un seul groupe
  • Masquage: Seul

Armes et Interventions

Groupe de participants / Bras
Intervention / Traitement
Expérimental: Parodontite, adulte
Des échantillons de plaque ont été prélevés dans la poche sous-gingivale et envoyés au laboratoire pour analyse métagénomique
La plaque sous-gingivale a été collectée à l'aide d'une curette stérile de la face vestibulaire des molaires maxillaires et de la face linguale des incisives mandibulaires, dans un flacon contenant 200 µl de tampon CL.
Autres noms:
  • Isolement de l'ADN
Expérimental: Analyse metgénomique
Analyse pour le nombre total de bactéries
La plaque sous-gingivale a été collectée à l'aide d'une curette stérile de la face vestibulaire des molaires maxillaires et de la face linguale des incisives mandibulaires, dans un flacon contenant 200 µl de tampon CL.
Autres noms:
  • Isolement de l'ADN

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Composition taxonomique microbienne
Délai: De la ligne de base à 3 mois
La composition a été déterminée à l'aide d'échantillons de plaque sous-gingivale et en effectuant un séquençage métagénomique 16s
De la ligne de base à 3 mois

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Sudhir Varma, MDS, Assistant Professor

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

10 novembre 2017

Achèvement primaire (Réel)

15 septembre 2018

Achèvement de l'étude (Réel)

7 octobre 2019

Dates d'inscription aux études

Première soumission

7 juin 2020

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

9 juin 2020

Première publication (Réel)

11 juin 2020

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

11 juin 2020

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

9 juin 2020

Dernière vérification

1 juin 2020

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Autres numéros d'identification d'étude

  • F-H-17-11-03

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

Non

Description du régime IPD

Composition taxonomique microbienne

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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