Bijdrage van Optical Genome Mapping (OGM) bij de Diagnose van Meerdere Aangeboren Afwijkingen met of zonder Verstandelijke Beperking zonder Genetische Afwijking (CARTOGEN-N)

Studiewerkstroom

Pre-analytische fase

Deelname aan de studie zal worden aangeboden aan alle patiënten die voldoen aan de inclusie- en non-inclusiecriteria door een onderzoeker van de afdeling Genetica, tijdens een medisch consult waarin het niet-bijdragende whole-genome sequencing (WGS)-resultaat zal zijn gecommuniceerd (Figuur 1). Informatie over de studieprocedures en doelstellingen zal op dat moment worden verstrekt. De informatiebrochure en toestemmingsformulier zullen worden gegeven aan de patiënt (indien volwassen) of aan de houders van ouderlijk gezag (indien de patiënt minderjarig is). Na het verkrijgen van toestemming voor zowel de genetische onderzoeken als deelname aan het onderzoeksproject, kan de patiënt worden ingeschreven in de studie. Bloedmonsters die nodig zijn voor de studie zullen worden afgenomen, overgebracht naar het laboratorium en beveiligd voor analyse volgens het volgende protocol:

Patiënt > 20 kg:

2 × 5 mL EDTA-bloedbuizen

1. × 5 mL geheparyniseerde bloedbuis

   Patiënt 12-20 kg:

2. × 5 mL EDTA-bloedbuizen

Patiënt 5-12 kg:

1 × 5 mL EDTA-bloedbuis

Monsters zullen worden verzonden naar de afdeling Cytogenetica, waar ze zullen worden gepseudonimiseerd en beveiligd. Ten minste drie aliquots van 1,5 mL EDTA-bloed en het resterende volume zullen worden ingevroren bij -80 °C voor DNA-extractie en lang-fragment DNA-extractie. Een celkweek (perifere bloedlymfocyten) zal ook worden uitgevoerd om een gefixeerd chromosomaal pellet te verkrijgen uit de geheparyniseerde buis, indien beschikbaar. Indien het geheparyniseerde monster niet beschikbaar is en de resultaten van optische genoommapping bevestiging van een chromosomale afwijking door karyotype of FISH vereisen (d.w.z. een bijdragend resultaat), zal een tweede bloedafname worden voorgesteld tijdens het consult voor terugkoppeling van klinische resultaten.

Analyse Ingevroren monsters van de afdeling Cytogenetica van het Universitair Ziekenhuis Clermont-Ferrand (één per patiënt) zullen via TSE worden overgebracht naar de afdeling Genetica van het Universitair Ziekenhuis Reims, aangewezen om optische genoommapping uit te voeren in afwachting van de installatie van de Saphyr-scanner in het Universitair Ziekenhuis Clermont-Ferrand (DAN 2025 aanvraag).

Extractie, labeling en beeldvorming van lange DNA-moleculen zullen worden uitgevoerd met behulp van de fabrikantkits, volgens de verstrekte instructies.

Resultaten en Interpretatie

Ruwe data zullen worden geanalyseerd en gevalideerd door cytogenetici van het Universitair Ziekenhuis Reims met behulp van Bionano Access en Solve®-software. Data zullen ook veilig worden gedeeld met de projectleider, verantwoordelijk voor:

Het uitvoeren van een tweede onafhankelijke analyse (met Bionano Access en Solve, beschikbaar in de afdeling Cytogenetica), gebruikmakend van expertise verworven door deelname aan eerdere projecten.

Het verstrekken van de uiteindelijke interpretatie van resultaten en het verspreiden van klinisch relevante bevindingen voor patiëntbeheer.

Elk monster zal dus profiteren van dubbele beoordeling en dubbele expertise, wat de betrouwbaarheid van de resultaten waarborgt.

Ouderlijke segregatiestudies kunnen worden voorgesteld om de biologische interpretatie te vergemakkelijken. Indien nodig zullen de verzameling van ouderlijke monsters en toestemmingsprocedures worden gecoördineerd door de afdeling Medische Genetica van het Universitair Ziekenhuis Clermont-Ferrand. Conclusieve resultaten zullen worden gecommuniceerd aan de clinicus die de WGS heeft voorgeschreven voor patiëntbeheer en genetische counseling.