De Oxford Pleural Infection Endotyperingsstudie (TORPIDS-2)

Pleurale infectie is een veel voorkomende en ernstige ziekte die wereldwijd steeds vaker voorkomt. De endotypes van pleurale infecties blijven onbekend. Een beter begrip van de variatie bij patiënten in de onderliggende biologische respons op infectie kan leiden tot verbeterde behandelingen en klinische resultaten. We hebben een onderzoek ontworpen met als doel de ziekte te endotyperen en de associatie tussen het fenotype van de patiënt, de microbiologie en de klinische uitkomst te beoordelen.

We hebben 80 pleurale vloeistofmonsters uit de PILOT-studie, een prospectieve studie naar pleurale infecties, onderworpen aan ongelabelde massaspectrometrie. Eiwitten bleven behouden als ze in ten minste 50% van de monsters werden gedetecteerd, wat resulteerde in een totaal van 449 eiwitten. Ongecontroleerde hiërarchische clustering en UMAP-analyses werden gebruikt om monsters te clusteren, Spearman- en exacte Fischer-methoden werden gebruikt voor correlatiebeoordeling en eiwitexpressie werd gecorreleerd met klinische resultaten.

UMAP-plots scheidden de monsters in twee verschillende en verschillende cohorten. Pathway-analyse van de differentieel tot expressie gebrachte eiwitten identificeerde degranulatie van neutrofielen, glycolyse, de pentosefosfaatroute en de activering van de lever- en retinoïde X-receptoren (LXR-RXR). Hogere degranulatie van neutrofielen ging gepaard met verhoogde glycolyse en pentosefosfaatactivering. Monsters gedomineerd door Streptococcus Pneumoniae vertoonden een hoge degranulatie van neutrofielen. Verhoogde activiteit van de LXR-RXR-route ging gepaard met een betere overleving.

Patiënten met een pleurale infectie vertonen proteomische kenmerken die wijzen op diverse reacties van door neutrofielen gemedieerde immuniteit, glycolyse en pentosefosfaatactivering die verband hielden met de microbiologie. Therapeutische targeting op de LXR-XRX-route met agonisten kan de overleving verbeteren.