Helicobacter i Gambia (del 1)

Det overordnede målet i dette pilotprosjektet er å implementere og evaluere en ny metode for å isolere Helicobacter pylori (H. pylori) stammer fra små barn, og å sammenligne disse isolatene med de som er oppnådd fra voksne fra samme populasjon. Dette er del I av studien, og del II er beskrevet i Divisjon for mikrobiologi og infeksjonssykdommer protokoll 06-0004. Overgangen fra barndomskolonisering til voksen sykdomstilstand kan påvirkes av flere faktorer, inkludert utvikling av genotyper av koloniserende H. pylori-stammer selv, delvis drevet av vertens respons på infeksjon. Hypotesen er at H. pylori-stammer fra gambiske barn vil avvike genetisk fra stammene til kronisk koloniserte voksne fra samme samfunn. Genetisk og fenotypisk karakterisering av pediatriske og voksne H. pylori-isolater vil teste for grunnleggende forskjeller mellom stammer som sirkulerer i disse 2 aldersgruppene, og dermed bidra til å evaluere viktigheten av stammeseleksjon og/eller genomevolusjon i slike høyrisikosamfunn. Spesifikke mål er: å sammenligne rekkevidden av genotyper oppnådd fra H. pylori dyrket fra gastriske biopsier fra gambiske voksne og barn som gjennomgår diagnostisk øvre endoskopi, med de oppnådd ved dyrking av magesaftaspirater fra de samme forsøkspersonene. Dette vil tillate tolkning av resultater oppnådd fra dyrking av nasogastriske aspirater fra barn som ikke krever diagnostisk endoskopi, sammenlignet med gastrisk biopsi-avledede H. pylori-isolater. Det meste av genotyping vil innebære polymerasekjedereaksjonstester for virulensmarkører, begrenset (fokusert) DNA-sekvensering og tester for mottakelighet for metronidazol og frekvens av forovermutasjon. Studiepopulasjonen vil bestå av innbyggere i Gambia, Vest-Afrika. Opptil syttifem voksne av begge kjønn og alle aldre, som gjennomgår diagnostisk endoskopi som en del av sin kliniske behandling, og 20 underernærte barn av begge kjønn og under 2 år, som gjennomgår diagnostisk endoskopi som en del av sin kliniske behandling , vil bli studert. Alle fag vil bli studert ved Medical Research Council of Great Britain forskningslaboratorier og kliniske anlegg i Fajara, Gambia. Hovedresultatmålet vil være graden av slektskap mellom bakterieisolater. Dette vil bli vurdert ved visuell sammenligning mellom tilfeldig amplifikasjon av polymorf DNA (RAPD) resultater, ved sammenligning av genotype for alleler av interesse, og definitivt ved sekvensering av husholdningsgener for å konstruere fylogenetiske slektskapstre, ved bruk av STAR-programmet (et dataprogram for setter DNA-sekvenser sammen for analyse) og multiple locus sequence typing (MLST) database. Det finnes ingen utfallsmål for mennesker. Alle laboratorieundersøkelser vil bli utført på bakterieisolater.