Helicobacter in Gambia (Teil 1)

Das übergeordnete Ziel dieses Pilotprojekts ist es, eine neue Methode zur Isolierung von Helicobacter pylori (H. pylori)-Stämme von kleinen Kindern zu untersuchen und diese Isolate mit denen zu vergleichen, die von Erwachsenen derselben Population stammen. Dies ist Teil I der Studie, und Teil II ist im Protokoll 06-0004 der Abteilung für Mikrobiologie und Infektionskrankheiten beschrieben. Der Übergang von der Besiedelung im Kindesalter zum Krankheitszustand des Erwachsenen kann durch mehrere Faktoren beeinflusst werden, einschließlich der Evolution der Genotypen der besiedelnden H. pylori-Stämme selbst, die teilweise durch die Reaktion des Wirts auf die Infektion angetrieben wird. Die Hypothese ist, dass sich H. pylori-Stämme von gambischen Kindern genetisch von den Stämmen chronisch kolonisierter Erwachsener aus derselben Gemeinschaft unterscheiden. Die genetische und phänotypische Charakterisierung von pädiatrischen und erwachsenen H. pylori-Isolaten wird auf grundlegende Unterschiede zwischen den in diesen beiden Altersgruppen zirkulierenden Stämmen testen und dadurch helfen, die Bedeutung der Stammselektion und/oder Genomentwicklung in solchen Gesellschaften mit hohem Risiko zu bewerten. Spezifische Ziele sind: Vergleich der Reihe von Genotypen, die von H. pylori erhalten wurden, die aus Magenbiopsien von gambischen Erwachsenen und Kindern kultiviert wurden, die sich einer diagnostischen oberen Endoskopie unterziehen, mit denen, die durch Kultur von Magensaftaspiraten derselben Probanden erhalten wurden. Dies ermöglicht die Interpretation der Ergebnisse, die aus der Kultur von nasogastrischen Aspiraten von Kindern gewonnen wurden, die keine diagnostische Endoskopie benötigen, im Vergleich zu H. pylori-Isolaten, die aus einer Magenbiopsie gewonnen wurden. Die meisten Genotypisierungen umfassen Polymerase-Kettenreaktionstests für Virulenzmarker, begrenzte (fokussierte) DNA-Sequenzierung und Tests auf Empfindlichkeit gegenüber Metronidazol und Häufigkeit von Vorwärtsmutationen. Die Studienpopulation besteht aus Einwohnern von Gambia, Westafrika. Bis zu 75 Erwachsene beiderlei Geschlechts und jeden Alters, die sich einer diagnostischen Endoskopie im Rahmen ihrer klinischen Behandlung unterziehen, und 20 unterernährte Kinder beiderlei Geschlechts und unter 2 Jahren, die sich einer diagnostischen Endoskopie als Teil ihrer klinischen Behandlung unterziehen , wird studiert. Alle Fächer werden in den Forschungslabors und klinischen Einrichtungen des Medical Research Council of Great Britain in Fajara, Gambia, studiert. Das wichtigste Ergebnismaß wird der Grad der Verwandtschaft zwischen Bakterienisolaten sein. Dies wird durch visuellen Vergleich zwischen Ergebnissen der zufälligen Amplifikation polymorpher DNA (RAPD), durch Vergleich des Genotyps für interessierende Allele und definitiv durch Sequenzierung von Housekeeping-Genen zur Erstellung phylogenetischer Stammbäume der Verwandtschaft unter Verwendung des STAR-Programms (ein Computerprogramm für Zusammenstellen von DNA-Sequenzen für die Analyse) und Multiple Locus Sequence Typing (MLST)-Datenbank. Es gibt keine Ergebnismaße für menschliche Probanden. Alle Laboruntersuchungen werden an Bakterienisolaten durchgeführt.