Helicobacter i Gambia (del 1)

Det övergripande målet i detta pilotprojekt är att implementera och utvärdera en ny metod för att isolera Helicobacter pylori (H. pylori) stammar från små barn, och att jämföra dessa isolat med de som erhålls från vuxna från samma population. Detta är del I av studien, och del II beskrivs i Division of Microbiology and Infectious Diseases protokoll 06-0004. Övergången från barndomskolonisering till vuxensjukdomstillstånd kan påverkas av flera faktorer inklusive utveckling av genotyper av koloniserande H. pylori-stammar själva, delvis drivna av värdens svar på infektion. Hypotesen är att H. pylori-stammar från gambiska barn kommer att skilja sig genetiskt från stammar av kroniskt koloniserade vuxna från samma samhälle. Genetisk och fenotypisk karakterisering av pediatriska och vuxna H. pylori-isolat kommer att testa för grundläggande skillnader mellan stammar som cirkulerar i dessa 2 åldersgrupper, och därigenom hjälpa till att utvärdera vikten av stamselektion och/eller genomevolution i sådana högrisksamhällen. Specifika mål är: att jämföra utbudet av genotyper erhållna från H. pylori odlade från magbiopsier från gambiska vuxna och barn som genomgår diagnostisk övre endoskopi, med de som erhålls genom odling av magsaftaspirat från samma försökspersoner. Detta kommer att möjliggöra tolkning av resultat erhållna från odling av nasogastriska aspirat från barn som inte kräver diagnostisk endoskopi, jämfört med gastrisk biopsi-härledda H. pylori-isolat. De flesta genotypning kommer att innebära polymeraskedjereaktionstester för virulensmarkörer, begränsad (fokuserad) DNA-sekvensering och tester för känslighet för metronidazol och frekvens av framåtmutation. Studiepopulationen kommer att bestå av invånare i Gambia, Västafrika. Upp till sjuttiofem vuxna av båda könen och alla åldrar, som genomgår diagnostisk endoskopi som en del av sin kliniska hantering, och 20 undernärda barn av båda könen och under 2 år, som genomgår diagnostisk endoskopi som en del av sin kliniska hantering , kommer att studeras. Alla ämnen kommer att studeras vid Medical Research Council of Great Britains forskningslaboratorier och kliniska anläggningar i Fajara, Gambia. Det huvudsakliga utfallsmåttet kommer att vara graden av släktskap mellan bakterieisolat. Detta kommer att bedömas genom visuell jämförelse mellan slumpmässig amplifiering av polymorft DNA (RAPD) resultat, genom jämförelse av genotyp för alleler av intresse, och definitivt genom sekvensering av hushållningsgener för att konstruera fylogenetiska träd av släktskap, med hjälp av STAR-programmet (ett datorprogram för sätta ihop DNA-sekvenser för analys) och MLST-databas (multiple locus sequence typing). Det finns inga resultatmått för mänskliga försökspersoner. Alla laboratorieundersökningar kommer att utföras på bakterieisolat.