Helicobacter na Gâmbia (Parte 1)

O objetivo geral deste projeto piloto é implementar e avaliar um novo método para isolar Helicobacter pylori (H. pylori) de crianças pequenas e comparar esses isolados com os obtidos de adultos da mesma população. Esta é a parte I do estudo, e a parte II está descrita no protocolo da Divisão de Microbiologia e Doenças Infecciosas 06-0004. A transição da colonização infantil para o estado de doença adulta pode ser afetada por vários fatores, incluindo a evolução dos genótipos das próprias cepas colonizadoras de H. pylori, impulsionadas em parte pela resposta do hospedeiro à infecção. A hipótese é que as cepas de H. pylori de crianças gambianas diferirão geneticamente das cepas de adultos cronicamente colonizados da mesma comunidade. A caracterização genética e fenotípica de isolados pediátricos e adultos de H. pylori testará as diferenças fundamentais entre as cepas circulantes nesses dois grupos etários e, assim, ajudará a avaliar a importância da seleção da cepa e/ou evolução do genoma nessas sociedades de alto risco. Os objetivos específicos são: comparar a variedade de genótipos obtidos de H. pylori cultivados a partir de biópsias gástricas de adultos e crianças gambianas submetidos à endoscopia diagnóstica alta, com aqueles obtidos por cultura de suco gástrico aspirado dos mesmos indivíduos. Isso permitirá a interpretação dos resultados obtidos da cultura de aspirados nasogástricos de crianças que não necessitam de endoscopia diagnóstica, quando comparados com isolados de H. pylori derivados de biópsia gástrica. A maior parte da genotipagem envolverá testes de reação em cadeia da polimerase para marcadores de virulência, sequenciamento de DNA limitado (focado) e testes para suscetibilidade ao metronidazol e frequência de mutação direta. A população do estudo consistirá em residentes da Gâmbia, na África Ocidental. Até setenta e cinco adultos de ambos os sexos e de todas as idades, submetidos à endoscopia diagnóstica como parte de seu manejo clínico, e 20 crianças desnutridas de ambos os sexos e com menos de 2 anos de idade, submetidas à endoscopia diagnóstica como parte de seu manejo clínico , será estudado. Todos os indivíduos serão estudados nos laboratórios de pesquisa e instalações clínicas do Conselho de Pesquisa Médica da Grã-Bretanha em Fajara, Gâmbia. A principal medida de resultado será o grau de parentesco entre isolados bacterianos. Isso será avaliado por comparação visual entre resultados de amplificação aleatória de DNA polimórfico (RAPD), por comparação de genótipos para alelos de interesse e definitivamente por sequenciamento de genes de manutenção para construir árvores filogenéticas de parentesco, usando o programa STAR (um programa de computador para colocar sequências de DNA juntas para análise) e banco de dados de tipagem de sequências de locus múltiplos (MLST). Não há medidas de resultados para seres humanos. Todas as investigações laboratoriais serão conduzidas em isolados bacterianos.