Helicobacter in Gambia (deel 1)

Het algemene doel van dit proefproject is het implementeren en evalueren van een nieuwe methode voor het isoleren van Helicobacter pylori (H. pylori) stammen van jonge kinderen, en om deze isolaten te vergelijken met die van volwassenen uit dezelfde populatie. Dit is deel I van het onderzoek en deel II wordt beschreven in protocol 06-0004 van de afdeling Microbiologie en Infectieziekten. De overgang van kolonisatie in de kindertijd naar de ziektetoestand van volwassenen kan worden beïnvloed door meerdere factoren, waaronder de evolutie van genotypen van koloniserende H. pylori-stammen zelf, gedeeltelijk aangedreven door de reactie van de gastheer op infectie. De hypothese is dat H. pylori-stammen van Gambiaanse kinderen genetisch zullen verschillen van de stammen van chronisch gekoloniseerde volwassenen uit dezelfde gemeenschap. Genetische en fenotypische karakterisering van pediatrische en volwassen H. pylori-isolaten zal testen op fundamentele verschillen tussen stammen die circuleren in deze 2 leeftijdsgroepen, en daardoor helpen bij het evalueren van het belang van stamselectie en/of genoomevolutie in samenlevingen met een hoog risico. Specifieke doelstellingen zijn: het vergelijken van het bereik van genotypen verkregen uit H. pylori gekweekt uit maagbiopten van Gambiaanse volwassenen en kinderen die diagnostische bovenste endoscopie ondergaan, met die verkregen door het kweken van maagsapaspiraten van dezelfde proefpersonen. Dit zal interpretatie mogelijk maken van resultaten die zijn verkregen uit het kweken van nasogastrische aspiraten van kinderen die geen diagnostische endoscopie nodig hebben, in vergelijking met H. pylori-isolaten uit maagbiopten. De meeste genotypering omvat polymerasekettingreactietests voor virulentiemarkers, beperkte (gerichte) DNA-sequencing en tests voor gevoeligheid voor metronidazol en frequentie van voorwaartse mutatie. De onderzoekspopulatie zal bestaan ​​uit inwoners van Gambia, West-Afrika. Maximaal vijfenzeventig volwassenen van beide geslachten en alle leeftijden, die diagnostische endoscopie ondergaan als onderdeel van hun klinische behandeling, en 20 ondervoede kinderen van beide geslachten en jonger dan 2 jaar, die diagnostische endoscopie ondergaan als onderdeel van hun klinische behandeling , zal worden bestudeerd. Alle onderwerpen zullen worden bestudeerd in de onderzoekslaboratoria en klinische faciliteit van de Medical Research Council van Groot-Brittannië in Fajara, Gambia. De belangrijkste uitkomstmaat is de mate van verwantschap tussen bacteriële isolaten. Dit zal worden beoordeeld door visuele vergelijking tussen willekeurige amplificatie van polymorfe DNA (RAPD) resultaten, door vergelijking van genotype voor allelen van belang, en definitief door sequentiebepaling van huishoudelijke genen om fylogenetische verwantschapsbomen te construeren, met behulp van het STAR-programma (een computerprogramma voor het samenstellen van DNA-sequenties voor analyse) en een MLST-database (multiple locus sequence typing). Er zijn geen uitkomstmaten voor proefpersonen. Alle laboratoriumonderzoeken worden uitgevoerd op bacteriële isolaten.