Helicobacter in Gambia (Parte 1)

L'obiettivo generale di questo progetto pilota è implementare e valutare un nuovo metodo per isolare l'Helicobacter pylori (H. pylori) da bambini piccoli e confrontare questi isolati con quelli ottenuti da adulti della stessa popolazione. Questa è la parte I dello studio e la parte II è descritta nel protocollo 06-0004 della divisione di microbiologia e malattie infettive. La transizione dalla colonizzazione dell'infanzia allo stato di malattia dell'adulto può essere influenzata da molteplici fattori, tra cui l'evoluzione dei genotipi degli stessi ceppi colonizzanti di H. pylori, guidata in parte dalla risposta dell'ospite all'infezione. L'ipotesi è che i ceppi di H. pylori dei bambini gambiani differiranno geneticamente dai ceppi di adulti cronicamente colonizzati della stessa comunità. La caratterizzazione genetica e fenotipica degli isolati di H. pylori pediatrici e adulti testerà le differenze fondamentali tra i ceppi circolanti in questi 2 gruppi di età, e quindi aiuterà a valutare l'importanza della selezione del ceppo e/o dell'evoluzione del genoma in società ad alto rischio. Obiettivi specifici sono: confrontare la gamma di genotipi ottenuti da H. pylori coltivati ​​da biopsie gastriche di adulti e bambini gambiani sottoposti a endoscopia diagnostica superiore, con quelli ottenuti dalla coltura di aspirati di succo gastrico dagli stessi soggetti. Ciò consentirà l'interpretazione dei risultati ottenuti dalla coltura di aspirati nasogastrici da bambini che non richiedono l'endoscopia diagnostica, rispetto agli isolati di H. pylori derivati ​​da biopsia gastrica. La maggior parte della genotipizzazione comporterà test di reazione a catena della polimerasi per marcatori di virulenza, sequenziamento del DNA limitato (focalizzato) e test per la suscettibilità al metronidazolo e la frequenza della mutazione diretta. La popolazione dello studio sarà composta da residenti in Gambia, Africa occidentale. Fino a settantacinque adulti di entrambi i sessi e di tutte le età, sottoposti a endoscopia diagnostica come parte della loro gestione clinica, e 20 bambini malnutriti di entrambi i sessi e di età inferiore a 2 anni, sottoposti a endoscopia diagnostica come parte della loro gestione clinica , sarà studiato. Tutte le materie saranno studiate presso i laboratori di ricerca e la struttura clinica del Consiglio di ricerca medica della Gran Bretagna a Fajara, in Gambia. La principale misura di esito sarà il grado di parentela tra gli isolati batterici. Ciò sarà valutato mediante confronto visivo tra i risultati dell'amplificazione casuale del DNA polimorfico (RAPD), mediante confronto del genotipo per gli alleli di interesse, e definitivamente mediante il sequenziamento dei geni housekeeping per costruire alberi filogenetici di parentela, utilizzando il programma STAR (un programma per computer per mettere insieme sequenze di DNA per l'analisi) e il database di tipizzazione di sequenze multiple di loci (MLST). Non ci sono misure di esito per i soggetti umani. Tutte le indagini di laboratorio saranno condotte su isolati batterici.