Helicobacter w Gambii (część 1)

Ogólnym celem tego projektu pilotażowego jest wdrożenie i ocena nowej metody izolacji Helicobacter pylori (H. pylori) od małych dzieci i porównanie tych izolatów z tymi uzyskanymi od dorosłych z tej samej populacji. Jest to część I badania, a część II jest opisana w protokole Oddziału Mikrobiologii i Chorób Zakaźnych 06-0004. Na przejście od kolonizacji w dzieciństwie do stanu chorobowego u dorosłych może wpływać wiele czynników, w tym ewolucja genotypów samych kolonizujących szczepów H. pylori, częściowo napędzana przez reakcję gospodarza na infekcję. Hipoteza jest taka, że ​​szczepy H. pylori pochodzące od dzieci z Gambii będą różnić się genetycznie od szczepów przewlekle skolonizowanych dorosłych z tej samej społeczności. Charakterystyka genetyczna i fenotypowa izolatów H. pylori u dzieci i dorosłych pozwoli sprawdzić fundamentalne różnice między szczepami krążącymi w tych dwóch grupach wiekowych, a tym samym pomoże ocenić znaczenie selekcji szczepów i/lub ewolucji genomu w społeczeństwach wysokiego ryzyka. Celami szczegółowymi są: porównanie zakresu genotypów uzyskanych z H. pylori wyhodowanych z biopsji żołądka dorosłych i dzieci z Gambii poddawanych diagnostycznej endoskopii górnego odcinka żołądka z genotypami uzyskanymi z hodowli aspiratów soku żołądkowego od tych samych osób. Pozwoli to na interpretację wyników uzyskanych z posiewu aspiratów nosowo-żołądkowych od dzieci niewymagających endoskopii diagnostycznej w porównaniu do izolatów H. pylori pochodzących z biopsji żołądka. Większość genotypowania będzie obejmować testy reakcji łańcuchowej polimerazy na markery wirulencji, ograniczone (skoncentrowane) sekwencjonowanie DNA oraz testy wrażliwości na metronidazol i częstość mutacji w przód. Badana populacja będzie składać się z mieszkańców Gambii w Afryce Zachodniej. Maksymalnie siedemdziesięciu pięciu dorosłych obojga płci iw każdym wieku, którzy są poddawani endoskopii diagnostycznej w ramach postępowania klinicznego oraz 20 niedożywionych dzieci obojga płci w wieku poniżej 2 lat, którzy są poddawani endoskopii diagnostycznej w ramach postępowania klinicznego , będzie studiowany. Wszystkie przedmioty będą badane w laboratoriach badawczych Medical Research Council of Great Britain i placówce klinicznej w Fajara w Gambii. Główną miarą wyniku będzie stopień pokrewieństwa między izolowanymi bakteriami. Zostanie to ocenione poprzez wizualne porównanie wyników losowej amplifikacji polimorficznego DNA (RAPD), przez porównanie genotypu dla interesujących alleli i definitywnie przez sekwencjonowanie genów podstawowych w celu skonstruowania filogenetycznych drzew pokrewieństwa, przy użyciu programu STAR (program komputerowy do składanie sekwencji DNA do analizy) i bazy danych typowania sekwencji wielu locus (MLST). Nie ma miar wyników dla ludzi. Wszystkie badania laboratoryjne będą prowadzone na izolatach bakteryjnych.