Helicobacter en Gambia (Parte 1)

El objetivo general de este proyecto piloto es implementar y evaluar un nuevo método para aislar Helicobacter pylori (H. pylori) de niños pequeños, y comparar estos aislamientos con los obtenidos de adultos de la misma población. Esta es la parte I del estudio y la parte II se describe en el protocolo 06-0004 de la División de Microbiología y Enfermedades Infecciosas. La transición de la colonización infantil al estado de enfermedad del adulto puede verse afectada por múltiples factores, incluida la evolución de los genotipos de las propias cepas colonizadoras de H. pylori, impulsada en parte por la respuesta del huésped a la infección. La hipótesis es que las cepas de H. pylori de niños gambianos diferirán genéticamente de las cepas de adultos colonizados crónicamente de la misma comunidad. La caracterización genética y fenotípica de aislamientos de H. pylori pediátricos y adultos probará las diferencias fundamentales entre las cepas que circulan en estos 2 grupos de edad y, por lo tanto, ayudará a evaluar la importancia de la selección de cepas y/o la evolución del genoma en sociedades de alto riesgo. Los objetivos específicos son: comparar la gama de genotipos obtenidos de H. pylori cultivados a partir de biopsias gástricas de adultos y niños gambianos sometidos a endoscopia digestiva alta diagnóstica, con los obtenidos por cultivo de jugos gástricos aspirados de los mismos sujetos. Esto permitirá la interpretación de los resultados obtenidos del cultivo de aspirados nasogástricos de niños que no requieren endoscopia diagnóstica, en comparación con aislados de H. pylori derivados de biopsia gástrica. La mayoría de los genotipados implicarán pruebas de reacción en cadena de la polimerasa para marcadores de virulencia, secuenciación de ADN limitada (enfocada) y pruebas de susceptibilidad al metronidazol y frecuencia de mutación directa. La población del estudio consistirá en residentes de Gambia, África Occidental. Hasta setenta y cinco adultos de ambos sexos y todas las edades, a quienes se les realiza endoscopia diagnóstica como parte de su manejo clínico, y 20 niños desnutridos de ambos sexos y menores de 2 años, a quienes se les realiza endoscopia diagnóstica como parte de su manejo clínico , será estudiado. Todos los temas se estudiarán en los laboratorios de investigación y las instalaciones clínicas del Consejo de Investigación Médica de Gran Bretaña en Fajara, Gambia. La principal medida de resultado será el grado de relación entre los aislados bacterianos. Esto se evaluará mediante la comparación visual entre los resultados de la amplificación aleatoria de ADN polimórfico (RAPD), mediante la comparación del genotipo para los alelos de interés y, definitivamente, mediante la secuenciación de genes domésticos para construir árboles filogenéticos de relación, utilizando el programa STAR (un programa informático para juntar secuencias de ADN para el análisis) y la base de datos de tipificación de secuencias de múltiples locus (MLST). No hay medidas de resultado para sujetos humanos. Todas las investigaciones de laboratorio se realizarán sobre aislamientos bacterianos.