Helicobacter en Gambie (Partie 1)

L'objectif global de ce projet pilote est de mettre en œuvre et d'évaluer une nouvelle méthode pour isoler Helicobacter pylori (H. pylori) provenant de jeunes enfants, et de comparer ces isolats avec ceux obtenus à partir d'adultes de la même population. Il s'agit de la partie I de l'étude, et la partie II est décrite dans le protocole 06-0004 de la Division de la microbiologie et des maladies infectieuses. La transition de la colonisation de l'enfance à l'état pathologique adulte peut être affectée par de multiples facteurs, notamment l'évolution des génotypes des souches colonisatrices de H. pylori elles-mêmes, entraînée en partie par la réponse de l'hôte à l'infection. L'hypothèse est que les souches de H. pylori d'enfants gambiens différeront génétiquement des souches d'adultes chroniquement colonisés de la même communauté. La caractérisation génétique et phénotypique des isolats pédiatriques et adultes de H. pylori testera les différences fondamentales entre les souches circulant dans ces 2 groupes d'âge, et aidera ainsi à évaluer l'importance de la sélection des souches et/ou de l'évolution du génome dans ces sociétés à haut risque. Les objectifs spécifiques sont les suivants : comparer la gamme de génotypes obtenus à partir de H. pylori cultivés à partir de biopsies gastriques d'adultes et d'enfants gambiens subissant une endoscopie supérieure diagnostique, avec ceux obtenus par culture d'aspirations de suc gastrique des mêmes sujets. Cela permettra l'interprétation des résultats obtenus à partir de la culture d'aspirations nasogastriques d'enfants qui ne nécessitent pas d'endoscopie diagnostique, par rapport aux isolats de H. pylori dérivés d'une biopsie gastrique. La plupart des génotypages impliqueront des tests de réaction en chaîne par polymérase pour les marqueurs de virulence, un séquençage limité (focalisé) de l'ADN et des tests de sensibilité au métronidazole et de fréquence de mutation directe. La population étudiée sera composée de résidents de Gambie, Afrique de l'Ouest. Jusqu'à soixante-quinze adultes des deux sexes et de tous âges, qui subissent une endoscopie diagnostique dans le cadre de leur prise en charge clinique, et 20 enfants malnutris des deux sexes et de moins de 2 ans, qui subissent une endoscopie diagnostique dans le cadre de leur prise en charge clinique , sera étudiée. Tous les sujets seront étudiés dans les laboratoires de recherche et les installations cliniques du Medical Research Council of Great Britain à Fajara, en Gambie. La principale mesure de résultat sera le degré de parenté entre les isolats bactériens. Ceci sera évalué par comparaison visuelle entre les résultats d'amplification aléatoire d'ADN polymorphe (RAPD), par comparaison de génotype pour les allèles d'intérêt, et définitivement par séquençage de gènes domestiques pour construire des arbres phylogénétiques de parenté, en utilisant le programme STAR (un programme informatique pour assemblage de séquences d'ADN pour analyse) et base de données de typage de séquences à plusieurs locus (MLST). Il n'y a pas de mesures de résultats pour les sujets humains. Toutes les investigations de laboratoire seront menées sur des isolats bactériens.