Helicobacter i Gambia (del 1)

Det overordnede mål i dette pilotprojekt er at implementere og evaluere en ny metode til isolering af Helicobacter pylori (H. pylori) stammer fra små børn, og at sammenligne disse isolater med dem opnået fra voksne fra samme population. Dette er del I af undersøgelsen, og del II er beskrevet i Afdelingen for Mikrobiologi og Infektionssygdomme protokol 06-0004. Overgangen fra barndomskolonisering til voksensygdomstilstand kan påvirkes af flere faktorer, herunder udvikling af genotyper af selve koloniserende H. pylori-stammer, delvist drevet af værtens respons på infektion. Hypotesen er, at H. pylori-stammer fra gambiske børn vil adskille sig genetisk fra stammerne af kronisk koloniserede voksne fra samme samfund. Genetisk og fænotypisk karakterisering af pædiatriske og voksne H. pylori-isolater vil teste for grundlæggende forskelle mellem stammer, der cirkulerer i disse 2 aldersgrupper, og derved hjælpe med at evaluere vigtigheden af ​​stammeselektion og/eller genomevolution i sådanne højrisikosamfund. Specifikke mål er: at sammenligne rækken af ​​genotyper opnået fra H. pylori dyrket fra gastriske biopsier fra gambiske voksne og børn, der gennemgår diagnostisk øvre endoskopi, med dem opnået ved dyrkning af mavesaftaspirater fra de samme forsøgspersoner. Dette vil tillade fortolkning af resultater opnået fra dyrkning af nasogastriske aspirater fra børn, som ikke kræver diagnostisk endoskopi, sammenlignet med gastrisk biopsi-afledte H. pylori-isolater. De fleste genotypebestemmelser vil omfatte polymerasekædereaktionstests for virulensmarkører, begrænset (fokuseret) DNA-sekventering og tests for modtagelighed for metronidazol og hyppighed af fremadgående mutation. Undersøgelsespopulationen vil bestå af indbyggere i Gambia, Vestafrika. Op til 75 voksne af begge køn og alle aldre, som gennemgår diagnostisk endoskopi som en del af deres kliniske behandling, og 20 underernærede børn af begge køn og under 2 år, som gennemgår diagnostisk endoskopi som en del af deres kliniske behandling , vil blive undersøgt. Alle emner vil blive studeret på Medical Research Council of Great Britains forskningslaboratorier og kliniske anlæg i Fajara, Gambia. Det vigtigste resultatmål vil være graden af ​​slægtskab mellem bakterieisolater. Dette vil blive vurderet ved visuel sammenligning mellem tilfældig amplifikation af polymorf DNA (RAPD) resultater, ved sammenligning af genotype for alleler af interesse, og endeligt ved sekventering af husholdningsgener for at konstruere fylogenetiske træer af beslægtethed, ved hjælp af STAR-programmet (et computerprogram til at sætte DNA-sekvenser sammen til analyse) og multiple locus-sekvenstypebestemmelse (MLST) database. Der er ingen resultatmål for mennesker. Alle laboratorieundersøgelser vil blive udført på bakterieisolater.